DDI - Posters/abstracts em congressos nacionais
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- Pesquisa de antigénio HBs e anticorpo HCV: avaliação de dois testes rápidos.Publication . Manita Ferreira, Carla; Almeida Santos, João; Lourenço, Teresa; Cortes Martins, HelenaObjectivo: Avaliar o desempenho de dois testes rápidos, um para detecção do antigénio de superfície do HBV (AgHBs) e outro para detecção de anticorpos para HCV (AcHCV). Metodologia: Os dois testes avaliados (Rapidan® Tester HBsAg e Rapidan® Tester Anti-HCV – Türklab) utilizam como metodologia a imunocromatografia em fase sólida. O estudo incidiu sobre 100 soros, 50 para cada teste, previamente estudadas por ensaio imunoenzimático de micropartículas (Abbott AxSYM® HCV 3.0 e HBsAg v2.0). Como teste confirmatório para AcHCV foi utilizado o método de RIBA (INNO-LIA™ HCV Score). Todos os testes foram executados de acordo com as instruções do fabricante. Resultados: Relativamente à detecção do AgHBs pelo teste rápido, o estudo de 28 soros positivos e 22 negativos, revelou uma sensibilidade de 85.7%, especificidade de 100.0%, valor preditivo positivo (VPP) de 100.0% e valor preditivo negativo (VPN) de 84,6%. Os resultados da sensibilidade e VPN reflectem a ocorrência de quatro resultados falso negativos. Os 50 soros submetidos a ensaio para AcHCV, consistiam em 27 amostras positivas, dos quais 14 com fraca reactividade, e 23 negativas. Na avaliação do teste rápido surgiram três resultados falso negativos, o que se traduziu numa sensibilidade de 88.9%, especificidade de 100.0%, VPP de 100.0% e VPN de 88,5%. Conclusões: Os testes avaliados no presente trabalho, embora pese o número reduzido de amostras estudadas, apresentaram uma especificidade e VPP elevados (100%). A ocorrência de resultados falso negativos em ambos os testes levou a que os valores de sensibilidade e VPN fossem inferiores ao esperado. Os testes rápidos têm um lugar importante no rastreio de diferentes doenças infecciosas, pela sua facilidade de execução e implementação, no entanto, como reflectem os resultados obtidos nesta avaliação, o seu uso deve ser criterioso.
- Gastroenterite aguda em crianças hospitalizadas na área de LisboaPublication . Escobar, Carlos; Silva, Tiago; Costa, Beatriz; Oliveira, Maria Marisa; Correia, Paula; Ferreira, Gonçalo; Costa, Inês; Júlio, Cláudia; Rodrigues, João; Machado, Jorge; Correia, Cristina; Simões, Maria João; Oleastro, Mónica; Brito, Maria JoãoIntrodução: A Gastroenterite Aguda (GEA) é a segunda causa de internamento na idade pediátrica. Objetivo: Caracterizar a GEA, em crianças internadas em dois hospitais da área de Lisboa. Métodos: Estudo prospectivo de Maio 2011 a Junho 2012 (14 meses). Foram pesquisados potenciais agentes etiológicos (vírus, bactérias e parasitas) nas fezes por técnicas convencionais e de biologia molecular e analisados dados epidemiológicos, clínicos e demográficos. Resultados: Total de 140 crianças com GEA, 64.3% de etiologia viral, 27.9% parasitaria e 21.4% bacteriana. Em 16.4% não se identificou microorganismo. Os agentes mais frequentes foram rotavirus (26.4%), norovirus II (13.6%), enterovirus (12.1%), Microsporidium (11.4%), Escherichia coli (9.3%), Campylobacter jejuni (7.9%), Giardia spp. (5.7%), Cryptosporidium spp. (5%) e Salmonella spp. (4.3%). Registaram‑se co‑infecção (2 ou mais agentes) em 40 (28.6%) doentes. Com diferentes distribuições nos dois hospitais, ocorreram picos sazonais em Fevereiro e Março para o rotavirus e entre Agosto a Outubro para o norovirus. Nas infecções bacterianas se identificou um contexto epidemiológico (casa‑20% e escola‑10%). A mediana das idades foi 1,4 anos (min‑5 dias; max‑17anos) sendo as infecções virais mais frequentes em ≤3 anos (OR:5.6, p<0.01) e o rotavirus em idades mais precoces (média=1.8±0.3anos). A presença de sangue nas fezes (p=0.02) e febre (p=0.039) foram mais frequentes nas infecções bacterianas, a dor abdominal (p=0.045) nas infecções virais e os vómitos (p<0.01) e sintomas respiratórios (p=0.046) nas infecções por rotavirus. Registaram‑se complicações em 50 (35,7%) doentes: desidratação (44), insuficiência renal (3), invaginação ileo‑cecal (1), adenite mesentérica (1) e apendicite fleimonosa (1). A desidratação grave ocorreu em três doentes (idade média 3 anos) registando co‑infecção em 2/3 casos por Cryptosporidium (3), adenovirus 41 (1), enterovirus (1), parechovirus (1) e ECEA (1). Apenas 10 (7,1%) doentes estavam vacinados para o rotavirus mas nenhum com o esquema completo teve esta infecção. Comentários: A GEA cursou com elevada morbilidade sendo o rotavirus e norovirus os agentes que mais motivaram hospitalização sobretudo na criança pequena. O numero de coinfecções foi significativo e associou‑se a doença grave. A percentagem de amostras sem identificação de agente, reflete a necessidade de haver outros meios de diagnóstico ou a existência de agentes atípicos ou de novos agentes na etiologia da GEA.
- Vigilância de Vectores em Portugal - REVIVE Agentes infecciosos identificados e sua importância em Saúde PúblicaPublication . Alves, M.J.; Osório, H.; Zé-Zé, Líbia; Carvalho, I.L.; Sousa, R.; Santos Silva, M; Núncio, M.S.; REVIVE, Equipa
- Hepatite E: diagnóstico serológico em hepatites de etiologia desconhecidaPublication . Manita Ferreira, Carla; Almeida Santos, João; Água-Doce, Ivone; Lourenço, Teresa; Benoliel, Camalavati; Matos, Rita; Cortes Martins, HelenaIntrodução A infeção por VHE tem maior incidência nos países em desenvolvimento, nomeadamente no sudoeste asiático, como por exemplo a Índia e a China, surgindo nos restantes países como casos importados. Recentemente foram descritos casos de hepatite E em países desenvolvidos sem que estivesse presente o principal fator de risco, viagens recentes a zonas endémicas, sugerindo a existência de reservatórios do VHE nestes países. O crescente número de casos de VHE autóctone alerta para um potencial problema de saúde pública em áreas não endémicas para este agente, no qual Portugal se encontra incluído. Este trabalho teve como objetivo a análise retrospetiva (2000/2011) de infeção por VHE em casos de hepatite de etiologia desconhecida. Material e Métodos Entre Janeiro de 2000 e Dezembro de 2011, foram recebidos no Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge, 241 amostras de soro de indivíduos com diagnóstico de hepatite de etiologia desconhecida, nos quais foi realizada a pesquisa de anticorpos VHE (IgG/IgM), por ensaio imunoenzimático. Resultados De entre as amostras estudadas, 12.9% (n=31) revelaram a presença de VHE IgM (infeção aguda/recente), 8.3% (n=20) foram positivos apenas para VHE IgG (infeção antiga/convalescença) e 78.8% (n=190) não apresentaram anticorpos VHE. A distribuição de resultados positivos para anticorpos VHE (IgG/IgM) foi a seguinte: n=1 entre 2000 e 2005; n=2 em 2006; n=6 em 2007; n=9 em 2008, 2009 e 2010; n=15 em 2011. Conclusões A relevância da infeção por VHE, como possível causa de hepatite, é evidenciada pelo facto de 51 indivíduos (21.2%) apresentarem anticorpos VHE, dos quais 31 (12.9%) revelaram a presença de VHE IgM, resultado compatível com infeção aguda ou recente. O aumento gradual do número de pedidos, para deteção de anticorpos VHE, bem como de resultados positivos, poderá ser o reflexo não só do aumento real de número de infeções, mas também de uma maior sensibilização dos clínicos para a existência de casos de infeção por VHE, em Portugal. Não foi possível determinar se os casos de infeção encontrados seriam importados ou autóctones, por ausência de informação, evidenciando a necessidade de uma melhor colaboração entre os clínicos e o laboratório, de forma a conhecer o padrão epidemiológico da hepatite E, em Portugal.
- Prevalência de Marcadores de Hepatites Víricas numa População UniversitáriaPublication . Almeida Santos, João; Manita Ferreira, Carla; Cortes Martins, HelenaINTRODUÇÃO As hepatites permanecem um problema de saúde pública à escala mundial, apresentando grande impacto económico e social. Existem várias causas de hepatite, sendo as mais conhecidas as provocadas por vírus das hepatites A, B, C e E. Alguns destes vírus partilham formas de transmissão, como o VHB e VHC em que a transmissão sexual e parentérica são as formas mais frequentes, e o VHE e VHA, onde a transmissão fecal-oral é a principal forma de disseminação. A vacina está disponível para o VHA e VHB, mas apenas a vacina contra o VHB integra, desde o ano 2000, o PNV. Este estudo teve como objetivo determinar a prevalência de anticorpos contra as hepatites A, B, C e E num grupo de estudantes universitários e avaliar o seu enquadramento no padrão epidemiológico nacional. MATERIAL E MÉTODOS Entre Janeiro e Abril de 2012, foram recolhidas e estudadas 70 amostras de soro para anticorpos VHA (Total/IgM), VHB (anti-HBs), VHC (Total) e VHE (IgG/IgM), no Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge. RESULTADOS De entre as 70 amostras estudadas, 12 (17%) foram positivas para VHA total (todas VHA IgM negativas), 63 (90%) apresentavam o marcador serológico anti-HBs, e nenhuma das amostras avaliadas apresentou título de anticorpos detetável contra VHC. Quatro (5.7%) amostras revelaram a presença de VHE IgG mas em nenhuma foi detetada VHE IgM. CONCLUSÕES A prevalência da infeção por VHA foi inferior à descrita em outros estudos, para a mesma faixa etária, reforçando a tendência decrescente desta infeção em Portugal. Em 10% (n=7) das amostras não foi detetado anti-HBs, situação que pode significar uma não resposta à vacina (apesar desta induzir proteção em 95-99% dos casos) ou que a resposta imunológica ficou abaixo do limiar de deteção dos imunoensaios. A ausência de resultados positivos para o VHC está de acordo com os dados epidemiológicos existentes em Portugal, que apontam para uma seroprevalência de 1.5% na população saudável. Em relação à hepatite E, apesar de outros estudos apresentarem uma prevalência de 4.2%, no presente trabalho esta foi superior (5.7%). Estudos envolvendo outros grupos populacionais serão necessários para melhor conhecer a real prevalência destas hepatites em Portugal.
- Caracterização da infeção a Haemophilus influenzae em crianças após a introdução da vacina para o Haemophilus influenzae serótipo b no Programa Nacional de VacinaçãoPublication . Bajanca-Lavado, Maria Paula; Betencourt, Célia; Cristóvão, Paula; Portuguese Laboratory Network for the Surveillance of Haemophilus influenzae InfectionsIntrodução: O Haemophilus influenzae (Hi) é um microrganismo Gram negativo cujo nicho ecológico é o trato respiratório humano. É responsável por infeções respiratórias e infeções invasivas graves como a meningite e septicemia, principalmente nas crianças. O Hi apresenta seis serotipos capsulares distintos: a, b, c, d, e, f. Até ao início do seculo XXI o serótipo b (Hib) era responsável pela maior parte dos casos de infeção invasiva. Assim, no ano 2000, foi introduzida a vacina para o Hib no Programa Nacional de Vacinação, para crianças até aos 5 anos de idade. O objectivo deste estudo é caracterizar as estirpes de Hi isoladas entre 2001 e 2010, de crianças em idade pré-escolar (≤ 5 anos), dando destaque ao serotipo capsular e à resistência aos antibióticos. Material e Métodos: Caracterizaram-se 1550 estirpes de Hi isoladas no período pós vacinal, de 26 Laboratórios Hospitalares em Portugal. A produção de β-lactamase foi pesquisada com nitrocefin. A determinação da concentração inibitória mínima (CIM, mg/L) foi realizada pelo método de microdiluição em placa; os “breakpoints” utilizados foram os estabelecidos pelo CLSI. Foi efetuada a pesquisa de cápsula e caracterizado o serotipo capsular por “Polymerase Chain Reaction”. Resultados: As infeções mais comuns foram: infeção respiratória: 51%; conjuntivite: 29,9%; otite: 11,6% e infeção invasiva: 3,4%; A resistência à ampicilina por produção de beta-lactamase foi caracterizada em 12,6% da amostra. Entre as estirpes não produtoras de β-lactamase detetaram-se 2,9% com diminuição da susceptibilidade à ampicilina (CIM ≥2 mg/L). Estas estirpes designam-se por BLNAR (β-lactamase negativas e resistentes à ampicilina). Trimetoprim/Sulfametoxasol (SXT) foi o antibiótico que apresentou resistência (I+R) mais elevada, com 29% das estirpes. Em relação ao serotipo capsular, 98,5% das estirpes não apresentavam cápsula, sendo caracterizadas como não capsuladas (NC). Conclusão: Os nossos resultados revelam uma alteração na epidemiologia da infeção a Hi após a introdução da vacina, com um aumento de estirpes NC e a caracterização de outros serotipos, como a, d, e, f. Na resistência aos antibióticos há a salientar um aumento das estirpes BLNAR. Os resultados apresentados demonstram a importância de dar continuidade a esta monitorização através de mais e melhores estudos de vigilância.
- Carcinoma espino-celular verrucoso da mão em doente com infecção HIVPublication . Vasconcelos, Pedro; Lopez, D.; Verdasca, Nuno; Esteves, R.; Tapadinhas, C.
- Molecular epidemiology of HIV-1 circulating among injecting drug users in the great LisbonPublication . Sousa, Carina; Videira e Castro, Sandra; Pádua, Elizabeth; Parreira, Ricardo; Esteves, Aida; Piedade, JoãoMolecular epidemiology of HIV-1 circulating among injecting drug users in the Greater Lisbon Carina Sousa1; Sandra Videira e Castro1; Elizabeth Pádua3; Ricardo Parreira1,2; Aida Esteves1,2; João Piedade1,2 1Grupo de Virologia, UEI de Microbiologia Médica; 2Unidade de Parasitologia e Microbiologia Médicas (UPMM) Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Universidade Nova de Lisboa Rua da Junqueira nº100, 1349-008 Lisboa, Portugal 3Laboratório de Referência da Sida, Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge Avenida Padre Cruz, 1649-016 Lisboa, Portugal Background and Objectives HIV/AIDS is recognized as a public health problem partly because of the high degree of viral genetic diversity that poses a major challenge for diagnosis, prevention by vaccination and treatment. Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) genetic variants are classified in 4 phylogenetic groups: M, N, O and P. Group M, responsible for the great majority of HIV-1 infections worldwide, can be further subdivided into 9 phylogenetic subtypes (A–D, F–H, J and K) and, at least, 6 sub-subtypes (A1–A4 and F1–F2). Genetic recombination events, during infection with multiple subtypes, continuously give rise to mosaic viruses (unique recombinant forms, URFs), some of which can gain epidemic proportions (circulating recombinant forms, CRFs). According to their cellular coreceptor (CCR5 or CXCR4), HIV-1 variants can be also classified as R5-tropic, X4-tropic or dual/mixed (R5X4). Besides recombination, the main causes that contribute to HIV-1 impressive genetic heterogeneity are the lack of proof-reading ability by reverse transcriptase, the rapid viral turnover in vivo and host selective immune and drug pressures. These mechanisms, taken together, lead to the rapid formation, at the individual level, of distinct viral micropopulations, genetically related to each other, known globally as quasispecies, providing evidence for the ongoing evolution of HIV-1. In order to achieve an update picture of the molecular epidemiology of HIV-1 strains circulating among intravenous drug users (IDUs) from the Greater Lisbon, the aims of this study were: • to assess the genetic diversity of pol protease (PR), reverse transcriptase (RT), integrase (IN) and env C2V3C3 coding sequences; • to estimate the frequency of coreceptor usage (CCR5 and/or CXCR4). Results and Discussion RNA extracted from plasma taken from 61 HIV-1 seropositive IDUs, collected between 1998 and 2009, was amplified by nested PCR, after in vitro reverse transcription, to originate PR, RT, IN and C2V3C3 amplicons of 460, 650, 906 and 565 bp, respectively. A total of 158 DNA sequences was obtained, from 49 samples successfully amplified for, at least, one of the regions, by sequencing of PCR products or plasmid clones. Following sequence editing using BioEdit v.7.0.9.0 (Hall, 1999), subtype characterization was performed by manual phylogenetic analysis with MEGA4 (Tamura et al., 2007) and recombinant analysis was carried out by bootscanning using SimPlot v.3.5.1 (Lole et al., 1999). This study revealed a significant degree of HIV-1 diversity, suggesting the existence of a heterogeneous epidemic among the IDUs studied. On the whole, HIV-1 non-B subtypes were identified in 58.9% (93/158) of the sequences obtained: PR in this population comprehend mainly subtypes B and G, with a clear indication of the presence of a significant proportion of recombinants, mostly comprising unique mosaic structures of these two subtypes, CRF02_AG and CRF14_BG. Finally, 35 putative amino acid V3 sequences were obtained and coreceptor usage prediction (genotypic) was accomplished using the 11/25 (Fouchier et al., 1992) and the V3 net charge empiric rules (De Jong et al., 1992) and also the programs Fortinbras PSSM [matrix: subtype B X4/R5 (Poveda2009)] (at http://fortinbras.us/cgi-bin/fssm/fssm.pl) and geno2pheno[coreceptor] v.1.2. (at http://coreceptor.bioinf.mpi-inf.mpg.de/index.php), with a significance level of 20%. Considering the discrepant results obtained for some of the sequences, we considered as X4/R5X4-tropic all the sequences with coincident previsions with at least two of the algorithms used. Therefore, 30 sequences were identified as R5-tropic and five as X4 or dual/mixed-tropic. Overall, the prediction discrepancies were more frequent in non-B subtypes and in sequences with shorter V3 loops (34 amino acids), which may reflect a lower suitability of the matrices used in these cases 12 B, 1 F1, 17 G/G(14_BG), 5 CRF02_AG, 6 URFs; n=41; RT 17 B, 1 F1, 13 G/G(14_BG), 5 G(02_AG), 5 URFs; n=41; IN 13 B, 1 F1, 12 G/G(14_BG), 1 CRF02_AG, 14 URFs; n=41; and C2V3C3 [8 A, 23 B, 1 F1, 3 G; n=35]. It is also significant that 45.2% (19/42) of the PR/RT/IN/C2V3C3 concatenated sequences were derived from inter-genotype recombinants. Overall, the viral forms circulating Conclusions This study represents a contribution to a more complete understanding of the molecular epidemiology of the HIV/AIDS epidemic in IDUs of the Greater Lisbon. Our data confirm that this HIV-1 epidemic is dominated by B and G subtypes, and their recombinant forms. However, other subtypes (A, F1) and recombinant forms (CRF02_AG) were also found. This finding confirms our previous data and suggests that the HIV-1 epidemic in Portugal may be evolving to a unique epidemiological pattern, in which subtypes B, G and their recombinant forms prevail. The high prevalence of patients infected with R5-tropic viruses makes a CCR5 antagonist-based therapeutic regimen an option to be considered in this population, if necessary. However, the genotypic methods for coreceptor prediction still present limitations, especially when analysing non-B or genetically divergentstrains. Anyway, these methods are viable alternatives whenever phenotypic testing is not possible and they should be optimized in order to improve the sensibility and specificity of their predictions References Hall, Thomas. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, v.41, p.95-98. (1999). Tamura, Koichiro, et al. MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution, v.24, p.1596-1599. (2007). Lole, Kavita, et al. Full-length human immunodeficiency virus type 1 genomes from subtype Cinfected seroconverters in India, with evidence of intersubtype recombination. Journal of Virology, v.73, p.152-160. (1999). Fouchier, Ron, et al. Phenotype-Associated Sequence Variation in the Third Variable Domain of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 gpl20 Molecule. Journal of Virology, v.66, p.3183-3187. (1992). De Jong, Jean-Jacques, et al. Minimal Requirements for the Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Domain To Support the Syncytium-Inducing Phenotype: Analysis by Single Amino Acid Substitution. Journal of Virology, v.66, p. 6777-6780. (1992).
- Genotypic resistance profiles to antiretroviral drugs in HIV-1 circulating among injecting drug users in the great LisbonPublication . Videira e Castro, Sandra; Sousa, Carina; Pádua, Elizabeth; Esteves, Aida; Parreira, Ricardo; Piedade, JoãoGenotypic resistance profiles to antiretroviral drugs in HIV-1 circulating among injecting drug users in the Greater Lisbon Sandra Videira e Castro1; Carina Sousa1; Elizabeth Pádua3; Aida Esteves1,2; Ricardo Parreira1,2; João Piedade1,2 1Grupo de Virologia, UEI de Microbiologia Médica; 2Unidade de Parasitologia e Microbiologia Médicas (UPMM) Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Universidade Nova de Lisboa Rua da Junqueira nº100, 1349-008 Lisboa, Portugal 3Laboratório de Referência da Sida, Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge Avenida Padre Cruz, 1649-016 Lisboa, Portugal Background and Objectives The introduction of highly active antiretroviral therapy has significantly improved the ability to maintain human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) replication to very low levels for an extended period of time, providing a better quality of life to infected patients. The acquisition and transmission of HIV-1 drug resistance mutations is a major public health concern, so the search for better antiretroviral (ARV) therapeutic agents is a constant challenge. In recent years, in an effort to target other functions at the virus replication cycle beyond those carried out by the viral enzymes protease (PR), reverse transcriptase (RT) and integrase (IN), some novel agents have emerged, e.g. CCR5 coreceptor antagonists, as maraviroc (MVC), the first directed to a cellular target. Nevertheless, the discovery and licensing of new ARVs is followed by descriptions of the rapid emergence of resistant and multidrug-resistant viral variants (Hartman and Buckheit, 2012). Therefore, resistance information is useful in the clinical setting, as it can guide the choice of ARVs in therapy, also providing a repository of data on the extent of circulation of resistant viral strains (Vandamme et al., 2011). Monitoring of HIV-1 resistance to ARVs can be performed with genotypic tests. These assays are based on the direct nucleotide sequencing of target genes and the identification of mutations associated to resistance (and of other genetic polymorphisms) is made through the use of algorithms that allow the reporting of associations of mutation patterns with different levels of susceptibility to ARVs. Thus, the aims of this study were: • to identify PR, RT and IN mutations associated to different levels of resistance to currently licensed enzymatic inhibitors, in HIV-1 strains circulating among injecting drug users (IDUs) from the Greater Lisbon; • to describe, in the same population, natural genetic polymorphisms putatively associated with reduced susceptibility to MVC. Results and Discussion RNA extracted from plasma taken from 61 HIV-1 seropositive IDUs, collected from 1998 to 2009, was amplified by RT-nested PCR using the Titan One Tube RT-PCR kit (Roche Applied Science, Germany), followed by the illustra™ puReTaq Ready-To-Go PCR Beads (GE Healthcare, England) according to the manufacturers’ instructions. HIV-1 DNA sequences for PR (n=41), RT (n=41), IN (n=41) of pol gene and C2V3C3-gp120 (n=35) of env gene were generated by sequencing, in both directions, of PCR products or plasmid clones. PR, RT, IN and C2V3C3 nucleotide sequences were edited with BioEdit v.7.0.9.0 (Hall, 1999) to originate fragments of 297, 598, 813 and 516 bp, respectively. The analysis of mutations associated with decreased susceptibility to currently licensed ARV enzymatic inhibitors was performed using the HIVdb program, implemented through the Genotypic Resistance Interpretation Algorithm from the Stanford University HIV Drug Resistance Database (at http://hivdb.stanford.edu). The analysis for PR, RT, IN coding regions revealed a total of 15 resistance associated mutations, present in 50.0% (22/44) of the subjects, with a distribution of 1-3 mutations/sequence (4 minor mutations in PR; 3 high-level and one low-level resistance mutations and 2 polymorphisms in RT; 5 mutations in IN, one major and 4 minor). Half of the subjects infected with these strains (11/22) were drug-naïve, showing transmission of resistance mutations between infected individuals. However, only 26.7% (4/15) of these mutations confer a putative phenotypic profile of resistance and just to one class of inhibitors (RT or IN), being found in 9.1% (4/44) of the subjects. Conversely, the mutations associated with resistance to MVC were analyzed after translation of the C2V3C3 nucleotide sequences and subsequent comparison to a subtype B consensus. Based on published data, we observed a total of 12 different single mutations, as well as two mutational patterns, in the V3 loop, present in all the sequences studied, at variable numbers. The presence of the patterns 11S+26V and 20F+25D+26V, in 3 sequences, is of particular interest, since these patterns have unequivocally been associated with MVC resistance in vivo. The presence of these mutations in MVC-naïve patients is certainly the result of the high variability of theV3 region. Their impact at MVC treatment baseline is still unknown, but may have important clinical implications. Conclusions Overall, a very high frequency of genetic polymorphisms was found, both for pol (PR, RT, IN) and env (C2V3C3) coding regions. Although the majority of the polymorphisms described has only a marginal importance on ARV resistance, they may play a role on viral fitness and/or the evolution of resistance, once drug pressure is applied. On the other hand, even though a resistance profile for MVC is not defined yet, the presence of these mutations in MVC-naïve populations may have a significant impact in their clinical management in the future, especially considering the introduction of this drug in salvage therapy. Finally, the presence of resistance associated mutations in drug-naïve individuals shows that the transmission of these mutations is ongoing among IDUs in the Greater Lisbon area. The monitoring of ARV resistance is a fundamental issue to the control of the HIV/AIDS epidemic. The results reported will surely be of value for ARV therapy implementation and monitoring of infection in this IDU population, having also an impact on the clinical management of HIV-1 drug-experienced individuals, particularly in those who have experienced previous virologic failures. References Hartman, Tracy and Buckheit Jr., Robert. The continuing evolution of HIV-1 therapy: identification and development of novel antiretroviral agents targeting viral and cellular targets. Molecular Biology International, v.2012, 401965 (2012). Vandamme, Anne-Mieke, et al. European recommendations for the clinical use of HIV drug resistance testing: 2011 update. AIDS Reviews, v.13, p.77-108. (2011). Hall, Thomas. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, v.41, p.95-98. (1999).
- Perfil virológico e avaliação da susceptibilidade aos antivirais dos vírus influenza tipo B, detectados em Portugal entre 2010 e 2013Publication . Pechirra, Pedro; Conde, Patrícia; Cristóvão, Paula; Guiomar, RaquelDevido à constante evolução dos vírus influenza, a monitorização das características antigénicas e genéticas dos vírus influenza em circulação e da sua susceptibilidade aos antivirais constituem funções essenciais do Laboratório Nacional de Referência para o Vírus da Gripe (INSA), pois são importantes para a atualização anual da composição da vacina antigripal, para a atualização de metodologias de deteção, assim como para o acompanhamento clínico dos casos graves de gripe e vigilância das resistências virais. Os vírus influenza B que circularam na época 2010/2011 pertenciam à linhagem Victoria. Antigenica (n=70) e geneticamente (n=19) eram semelhantes à estirpe vacinal B/Brisbane/60/2008. Durante a época 2011/2012, foram identificados e caracterizados apenas 6 vírus da linhagem Yamagata e um vírus da linhagem Victoria. As estirpes virais Yamagata, antigenicamente eram distintas da estirpe vacinal B/Brisbane/60/2008 (B/Victoria), sendo que 2 estirpes pertenciam ao clade 2 (representado por B/Estonia/55669/2011) e 4 estirpes ao clade 3 (representado por B/Wisconsin/1/2010). A única estirpe B/Victoria de 2011/2012 continua muito próxima, antigenica e geneticamente, da estirpe vacinal dessa época. Na última época, 2012/2013, dos 233 vírus Yamagata caracterizados antigenicamente, apenas 35 eram semelhantes à estirpe vacinal B/Wisconsin/1/2010. Uma grande parte destes vírus revelou afinidade com o antisoro B/Massachusetts/2/2012. Geneticamente, os vírus Yamagata de 2012/2013 (n=43) distribuem-se pelos clades filogenéticos 2 e 3. Dos 10 vírus da linhagem Victoria caracterizados, apenas um foi semelhante à antiga estirpe vacinal B/Brisbane/60/2008, os restantes 9 apresentam uma baixa reactividade para esta estirpe de referência. No entanto, do ponto de vista genético, os vírus estudados (n=6) são próximos de B/Brisbane/60/2008. No período em estudo, 146 estirpes virais foram avaliadas quanto à sua susceptibilidade aos inibidores da neuraminidase (NAI): oseltamivir e zanamivir. Os valores médios da concentração inibitória (IC50) foram mais elevados para os vírus da linhagem Victoria que os da linhagem Yamagata. Apesar de os testes fenotípicos terem identificado alguns outliers nas épocas 2010/2011 e 2012/2013, nenhum dos vírus estudado revelou ser resistente aos NAI. Não foram também encontradas mutações no gene da neuraminidase, atualmente associadas à resistência aos NAI (R150K, D197E/N/Y, I221T/V, N294S, R374K and G407S).