Repositório Científico do Instituto Nacional de Saúde
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A multinational genomic framework for predicting β-lactam resistance in Haemophilus influenzae
Publication . Deghmane, A.E.; Asmi, M.; Abel, S.; Bajanca-Lavado, P.; Claus, H.; D'Aeth, J.; Garcia, I.; Kiedrowska, M.; Lam, T.T.; Litt, D.; Martiny, D.; Meilleur, C.; Skoczyńska, A; Tzanakaki, G.; Xirogianni, A.; Taha, M. K.
Background: Haemophilus influenzae resistance to β-lactams is mediated by β-lactamase and amino acid alterations in penicillin-binding protein 3 encoded by ftsI gene, which shows incomplete phenotype-genotype concordance.
Objectives: To develop and evaluate a genomic classification framework to predict clinically relevant β-lactam resistance categories.
Methods: We analysed 5288 H. influenzae isolates collected in eight European countries and Canada. Among these, 4833 isolates had phenotypic β-lactam susceptibility that were classified into three categories: susceptible to amoxicillin (AMX), resistant to AMX but susceptible to cefotaxime and resistant to both. A 621 bp DNA fragments of the whole ftsI gene (between codons 326 and 532) were analysed to construct category-specific k-mer vocabulary and an allele classifier using Python scripts. Performance was assessed using independent allele validation and agreement with phenotypic classification was evaluated using Cohen's κ coefficient. An additional 455 isolates lacked phenotypic data and were used for external genomic application.
Results: Forty-seven frequent ftsI alleles and 34 additional alleles were used for the implementation and the refinement of the vocabulary. Subsequently, 23 other alleles were used for independent allele validation and resulted in correctly predicted resistance categories for 21 alleles (accuracy 91.3%). Agreement with phenotypic classification was high (Cohen's κ 0.853; weighted κ 0.880). Application of the classifier to 455 UK isolates predicted resistance distributions consistent with those observed in phenotypically characterized datasets.
Conclusions: A recurrence-filtered k-mer-based vocabulary provides a promising standardized genomic framework that complements phenotypic AST, particularly when phenotypic testing is unavailable, incomplete or heterogeneous.
First identification and molecular characterization of CTX-M-15 extended-spectrum β-lactamase and OXA-9 β-lactamase in Haemophilus influenzae in the Iberian Peninsula
Publication . González-Díaz, A.; Pinto, M.; Cadenas-Jiménez, I.; Duarte, S.; Ardanuy, C.; Ribeiro, M.M.; Martí, S.; Bajanca-Lavado, P.
We describe, for the first time, the presence and characterization of CTX-M-15 and OXA-9 in two Haemophilus influenzae strains: PTHi-14525 (CTX-M-15) from Portugal and HUB-HI042681 (OXA-9) from Spain. Multidrug-resistant PTHi-14525 carried blaCTX-M-15 (two copies) and blaTEM-1 in an ICEHpaHUB5-like element. HUB-HI042681, resistant to β-lactams and aminoglycosides, carried a novel ICEHinHUB1. These findings highlight the genomic plasticity and expanded resistome of H. influenzae, raising concerns about treatment and emphasizing the need for continuous genomic surveillance.
Programa Nacional de Rastreio Neonatal: relatório 2025
Publication . Vilarinho, Laura; Garcia, Paula; Pinho e Costa, Paulo; Comissão Executiva do Programa
Relatório de atividades do Programa Nacional de Rastreio Neonatal (PNRN) relativo ao ano de 2025, elaborado pela Comissão Executiva do Programa. O documento refere todos os casos detetados, bem como os Centros de Tratamento de apoio aos doentes e a prevalência ao nascimento das doenças rastreadas, entre outra informação estatística.
Do presente relatório de desenvolvimento do Programa, destaca-se o seguinte: - Em 2025, as 28 doenças integradas no painel do Programa Nacional de Rastreio Neonatal (Hipotiroidismo Congénito, Fibrose Quística, Drepanocitose (Anemia de Células Falciformes), Atrofia Muscular Espinal e 24 Doenças Hereditárias do Metabolismo foram rastreadas de uma forma sistemática, em 87.708 recém-nascidos (RN) e identificados 130 doentes com uma média de idade de início de tratamento de 9,9 dias de vida; - Em abril de 2025 teve início o estudo-piloto para o rastreio neonatal da Imunodeficiência Combinada Grave, a nível nacional, após Resolução da Assembleia da República n.º 92/2024, de 30 de outubro que recomenda ao Governo que, em articulação com o INSA estude a viabilidade da realização do rastreio da SCID. Assim, até ao final de 2025 foram orientados para Centro Especializado para o Tratamento cinco casos, quatro dos quais correspondentes a linfopenias isoladas e um caso de SCID; - A taxa de cobertura nacional mantém-se próxima dos 100%, o que constitui um excelente indicador de aceitação da população a este programa nacional de saúde pública; - Desde o início do Programa, foram rastreados 4.396.889 recém-nascidos e identificados 2.926 casos positivos; - Pela qualidade dos seus indicadores, número de patologias rastreadas, tempo médio de início de tratamento e taxa de cobertura a nível nacional, considera-se que é, de facto, um Programa de grande eficácia clínica e epidemiológica.
Criado em 1979, este programa de saúde pública, conhecido como “teste do pezinho”, tem como objetivo primário o rastreio neonatal de doenças raras, de forma a evitar a evolução da patologia rastreada, através do diagnóstico pré-sintomático e da orientação para implementação precoce de terapia adequada.
A Unidade de Rastreio Neonatal, Metabolismo e Genética do Departamento de Genética Humana, que funciona no Centro de Saúde Pública Doutor Gonçalves Ferreira do INSA no Porto, é o braço laboratorial do Programa, sendo composta pelo Laboratório Nacional de Rastreios, Laboratório de Metabolismo e Laboratório de Genética Molecular.
Após 46 anos de atividade, o PNRN continua a apresentar um elevado padrão de qualidade e desenvolvimento que lhe confere um prestígio nacional e internacional por todos reconhecido e respeitado, mantendo uma trajetória e um dinamismo de que são sinais, para além dos indicadores de eficácia clínica e epidemiológica, o elevado nível de produção científica, a implementação de normas internacionais de qualidade e o alargamento do rastreio a novas entidades nosológicas.
Rastreio neonatal da drepanocitose em Portugal: resultados do estudo-piloto em 100.000 RN
Publication . Rodrigues, Diogo; Marcão, Ana; Lopes, Lurdes; Vilarinho, Laura
O Programa Nacional do Rastreio Neonatal é um programa de saúde pública que realiza testes de rastreio neonatal de doenças raras em todos os recém-nascidos em Portugal.
No âmbito deste programa nacional, e por se tratar de uma doença cada vez mais disseminada à escala global, em 2021, iniciou-se o estudo-piloto do rastreio neonatal da drepanocitose (anemia de células falciformes). Numa primeira fase foram rastreados apenas os recém-nascidos dos distritos de Lisboa e Setúbal, por se tratar da região do país que ao longo das últimas décadas esteve mais sujeita ao fluxo migratório proveniente de zonas de alto risco para esta patologia, nomeadamente da África subsaariana. Em 2022, o estudo-piloto do rastreio neonatal da drepanocitose foi alargado a todos os recém-nascidos em Portugal, já que no restante território nacional se tem vindo a verificar uma maior fixação de imigrantes, inclusive provenientes das zonas consideradas de risco.
Durante este estudo-piloto foram rastreados 100.000 recém-nascidos, dos quais foram referenciados para Centros de Tratamento 61 casos positivos, com alterações nos perfis de hemoglobina, para avaliação clínica, confirmação do resultado do rastreio neonatal e respetivo tratamento.
Diagnosticaram-se 59 casos de drepanocitose e 2 casos homozigóticos para hemoglobina E.
Os resultados do estudo-piloto do rastreio neonatal da drepanocitose traduzem-se numa prevalência ao nascimento da drepanocitose em Portugal de 1:2.299 recém-nascidos, para a qual contribuem significativamente os distritos de Lisboa e Setúbal, onde obtivemos uma prevalência ao nascimento de 1:978 recém-nascidos.
Com estes resultados podemos concluir que a drepanocitose está cada vez mais disseminada em Portugal, tal como a nível europeu. Esta doença já é considerada um problema de saúde pública e fica assim comprovada a importância da integração do rastreio neonatal da drepanocitose no painel de doenças rastreadas no âmbito do Programa Nacional do Rastreio Neonatal, para que seja possível adotar medidas preventivas o mais precocemente possível.
Relatório de Atividades 2025
Publication . Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge
O relatório de atividades do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) apresenta uma síntese das principais iniciativas, ações e projetos desenvolvidos ao longo do ano de 2025.
O principal objetivo deste documento relaciona-se com a avaliação dos resultados alcançados, a sistematização da informação relevante, bem como a identificação dos principais desafios. Reflete, igualmente, o trabalho colaborativo entre os diferentes departamentos técnico-científicos e outras unidades orgânicas e funcionais do Instituto. Adicionalmente, salientam-se os seguintes objetivos específicos: Avaliar a execução do Quadro de Avaliação e Responsabilização e do Plano de Atividades de 2025, enquadrado nos objetivos estratégicos definidos no Plano Estratégico 2024-2026, através da aferição do grau de concretização dos objetivos operacionais definidos; Disponibilizar informação institucional relativa à execução orçamental, contemplando a alocação de recursos humanos, financeiros e técnicos; Apresentar, de forma quantitativa e qualitativa, os dados referentes às funções essenciais do Instituto, dos Departamentos Técnico-Científicos, do Museu da Saúde, do Laboratório de Análises de Dopagem, das Direções de Serviços e das Áreas de Apoio à Gestão.