Browsing by Author "Rasga, Célia"
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- Abrindo Horizontes em Farmacogenómica! Perspetiva dos farmacêuticos portugueses sobre os testes genéticos de seleção terapêutica na sua atividade profissionalPublication . Cardoso, Maria Luís; Costa, Alexandra; Rasga, Célia; Vicente, AstridObjetivo: Auscultar a opinião, expectativas, preocupações e prática dos farmacêuticos portugueses relativamente à aplicação dos testes de farmacogenómica na sua prática profissional.
- Adaptação do ELEAT (Estudo Longitudinal de Exposição Ambiental a Toxinas) para Portugal: um estudo piloto para trabalhar a interação gene-ambiente na perturbação do espectro do autismoPublication . Rasga, CéliaEstudos recentes têm evidenciado que os factores genéticos representam cerca de 80% da etiologia da perturbação do espectro do autismo (PEA), sugerindo um papel importante de fatores não genéticos, entre os quais os fatores ambientais. A exposição pré, peri e pós-natal a uma variedade de fatores ambientais, incluindo bisfenol A, ftalatos, poluentes do ar e metais pesados, são exemplos destes factores. Assim, são necessárias ferramentas para avaliar a exposição ambiental na PEA. O Estudo Longitudinal de Exposição Ambiental a Toxinas (ELEAT), originalmente desenvolvida na Califórnia pela Universidade de Davis, é um questionário cujo objetivo é compreender o papel das exposições ambientais e sua influência no desenvolvimento de PEA. Esta ferramenta é dividida em 10 módulos: informações demográficas, condições maternas / Intervenções médicas, amamentação e dieta infantil, dieta materna, suplementos, estilo de vida, meio ambiente e ocupação e exposições e avaliação de instrumentos. As questões deste questionário avaliam três períodos críticos diferentes: 1) os 3 meses antes da concepção; 2) a gravidez e parto; 3) e o 1º ano de vida da criança, o que permite cobrir as principais fases do desenvolvimento neurológico precoce. Este questionário é preenchido pelas mães das crianças e pode ser administrado on-line ou em papel. Este estudo piloto ainda está na sua fase inicial, até ao momento foram recolhidas informações de dois grupos: o primeiro composto por mães de crianças em desenvolvimento típico e o segundo com mães de crianças com PEA, com o objetivo de obter feedback das mães sobre o questionário, como clareza, duração e relevância das questões. No geral, apesar das diferenças grupais, preocupações semelhantes foram relatadas. As principais conclusões positivas foram que as perguntas eram importantes, diretas e bem escritas, bem como a possibilidade de preenchê-lo on-line. As críticas negativas foram a amplitude e especificidade do questionário. A integração do feedback dos grupos permitiu-nos aprimorar o questionário e, consequentemente, melhorar a sua capacidade de reunir dados precisos para diversas populações. O ELEAT apresenta-se como uma ferramenta relevante. O instrumento, usando uma abordagem retrospectiva, aborda indiretamente a exposição a muitos tóxicos ambientais potencialmente relevantes para a perturbação. Consequentemente, quando combinado com dados genéticos e clínicos, pode permitir a detecção de casos específicos em que um indivíduo com uma determinada susceptibilidade genética pode estar em maior risco de desenvolver PEA somente quando exposto a um determinado tóxico.
- Addictive behaviours during the COVID-19 pandemic: results from a nationwide study in PortugalPublication . Virgolino, Ana; Santos, Osvaldo; Fialho, Mónica; Heitor, Maria João; Costa, Alexandra; Rasga, Célia; Martiniano, Hugo; Costa, Joana; Vicente, Astrid; Caldas de Almeida, TeresaEvidence shows that individuals can engage in maladaptive behaviours as a response to a pandemic context, which can compromise their health and wellbeing. This project aims to characterize self-reported changes in addiction-related behaviours and associated factors in the adult population during the first COVID-19 lockdown, in Portugal.
- An integrative system biology approach to delineate complex genotype-phenotype associations in Autism Spectrum DisorderPublication . Asif, M.; Martiniano, Hugo F.; Rasga, Célia; Marques, Ana R.; Santos, João X.; Couto, Francisco M.; Vicente, Astrid M.Objectives: The global objective of the study is to improve the current knowledge on ASD prognosis and diagnosis by delineating the complex genotype-phenotype associations using an integrative systems biology approach. For this purpose three specific objectives were pursued: - To identify clinically similar subgroups of individuals with ASD; - To find biological processes disrupted by rare CNVs targeting brain genes in ASD subjects; - To train a machine learning classifier for the clinical prediction of disease progression from genetic information in very young children.
- Análise de uma rede de similaridade genética entre a perturbação do espetro do autismo e comorbilidades do foro neurológico e neuropsiquiátricoPublication . Vilela, Joana; Martiniano, Hugo; Marques, Ana Rita; Santos, João Xavier; Rasga, Célia; Oliveira, Guiomar; Vicente, Astrid MouraA Perturbação do Espetro do Autismo (PEA) é uma perturbação do neurodesenvolvimento com apresentação clínica heterogénea, nível de gravidade variável e ocorrência de múltiplas comorbilidades. A PEA tem uma arquitetura genética complexa que se reflete na sua heterogeneidade clínica, existindo evidência de uma sobreposição de genes alterados entre esta condição e diversas comorbilidades do foro neurológico e neuropsiquiátrico. Neste estudo, construímos uma rede de interação entre doenças baseada na similaridade genética, para explorar a componente genética compartilhada entre a PEA e comorbilidades neurológicas e neuropsiquiátricas. As doenças analisadas incluem o Défice Intelectual (DI), a Perturbação de Hiperatividade/ Défice de Atenção (PHDA) e a Epilepsia, bem como outras doenças neuropsiquiátricas como a Esquizofrenia (SCZ) e a Perturbação Bipolar (PB). Usando a base de dados de doenças da DisGeNET, a similaridade genética entre as doenças analisadas foi calculada a partir do coeficiente de Jaccard entre pares de doenças, e o algoritmo de Leiden foi usado para identificar comunidades de doenças na rede. Identificámos uma comunidade heterogénea de doenças geneticamente mais semelhantes à PEA, que inclui a Epilepsia, a PB, a PHDA com apresentação combinada, e algumas perturbações no espetro da SCZ. Esta abordagem permitiu obter uma maior clarificação acerca da componente genética compartilhada entre a PEA e comorbilidades neurológicas e neuropsiquiátricas, com implicações importantes para a nosologia, fisiopatologia e o tratamento o personalizado da doença.
- Aplicação de métodos de aprendizagem automática em grafos de conhecimento para medicina personalizadaPublication . Vilela, Joana; Asif, Muhammad; Marques, Ana Rita; Santos, João Xavier; Rasga, Célia; Vicente, Astrid; Martiniano, HugoA Medicina Personalizada é um modelo de prática médica que utiliza o perfil fenotípico e genotípico do indivíduo para melhorar a precisão do diagnóstico, a eficácia terapêutica ou a prevenção de doenças. Neste sentido, a enorme quantidade de dados gerados ao longo dos últimos anos na área biomédica tem contribuído para uma melhor compreensão dos determinantes genéticos de várias patologias e, consequentemente, para a implementação de práticas de Medicina Personalizada em várias áreas, por exemplo na Oncologia e no âmbito das doenças raras. No entanto, ainda subsistem desafios significativos, nomeadamente no que diz respeito à integração de dados biomédicos oriundos de fontes heterogéneas e na obtenção de informação clinicamente relevante. Este trabalho descreve uma abordagem que usa métodos de aprendizagem automática aplicados a um Grafo de Conhecimento (GC) biomédico como um meio para integrar informação armazenada em bases de dados diversas. Este GC contém relações entre genes, doenças e outras entidades biológicas, extraídas de três bases de dados: Ensembl, DisGeNET e Gene Ontology. Neste trabalho exploramos o potencial dos métodos de aprendizagem automática em grafos para produzir informação clinicamente relevante e descrevemos a aplicação desta metodologia à previsão de associações gene-doença. Mostramos ainda que as principais associações gene-doença previstas por esta abordagem podem ser confirmadas em bases de dados externas ou já foram previamente identificadas na literatura.
- Autism Spectrum Disorder: contribution of genetic variants involved in the nonsense-mediated mRNA decayPublication . Marques, Ana Rita; Santos, João Xavier; Vilela, Joana; Rasga, Célia; Martiniano, Hugo; Oliveira, Guiomar; Romão, Luísa; Moura Vicente, AstridIntroduction: Autism Spectrum Disorder (ASD) is a neurodevelopmental condition characterized by impairedsocial/communication skills and stereotyped/repetitive behaviors. Genetic factors account for 50-80% of the familialrisk of ASD, but genetic determinants are not fully understood and a role for regulatory processes is plausible. Inthis study, we explored the contribution to ASD etiology of genes involved in an important post-transcriptionalregulatory mechanism implicated in neurodevelopment, the Nonsense-Mediated Decay (NMD). Methods: We first compiled a group of 46 genes encoding NMD factors and regulators. In these genes wesearched for Single Nucleotide Variants (SNVs) and Copy Number Variants (CNVs) in two samples of ASD patients(N=1828 and N=3570, respectively). We observed the frequency of these variants in 60146 controls from gnomADv2.1.1 (for SNVs) and in 10355 controls from the Database of Genomic Variant ( for CNVs). In genes with rarevariants (MAF<1% in controls) predicted to be pathogenic in silico , we further investigated whether these variantsaffect protein domains required for NMD. Results: We identified 270 predicted pathogenic SNVs within 38 genes in 524 ASD patients (28.7% of the total ASDcases) and 38 CNVs located in 18 genes in 38 ASD patients (1% of the ASD cases). Five of these genes, RBM8A , UPF2 , FMR1 , SMG6 and EIF4G1, were previously associated with ASD. We found that 136 variants (122 SNVsand 11 CNVs), in 23 genes, were located within known protein domainsrequired for NMD. These variants, identifiedin 258 ASD patients, may affect proper NMD function and consequently contribute to changes in the expression ofNMD targets. Discussion : In this study we identified genetic variants that may affect NMD function in ASD patients. Since mostNMD targets encode proteins expressed in the brain, we hypothesize that NMD impairment can constitute a riskfactor to ASD pathophysiology. Further studies are needed to better understand the impact of these genetic variantson NMD function and their relevance for ASD.A full understanding of these regulatory mechanisms may constitutean opportunity for the development of therapeutic interventions.
- Autism Spectrum Disorder: modulation of genomic variant effects on brain structure and functionPublication . Vilela, Joana; Martiniano, Hugo; Marques, Ana Rita; Xavier Santos, João; Asif, Muhammad; Rasga, Célia; Oliveira, Guiomar; Vicente, Astrid M.The main objective of this work is to identify Single Nucleotide Variants (SNVs) that play a role in ASD etiology in neurotransmission and synaptic genes since there is strong genomic and functional evidence that these biological processes are altered in ASD.
- O AutismoPublication . Moura Vicente, Astrid; Conceição, Inês; Miranda, Natércia; Bourbon, Mafalda; Rasga, CéliaDe acordo com os manuais médicos, o autismo, ou a Perturbação do Espetro do Autismo (PEA), é uma condição médica do sistema nervoso central que se manifesta na infância e que se caracteriza por dificuldades na comunicação e interação social e por comportamentos, interesses ou atividades repetitivos e estereotipados.
- Autistic Adult Health and Professional Perceptions of It: evidence from the ASDEU ProjectPublication . Micai, Martina; Ciaramella, Antonio; Salvitti, Tommaso; Fulceri, Francesca; Fatta, Laura Maria; Poustka, Luise; Diehm, Robert; Iskrov, Georgi; Stefanov, Rumen; Guillon, Quentin; Rogé, Bernadette; Staines, Anthony; Sweeney, Mary Rose; Boilson, Andrew Martin; Leósdóttir, Thora; Saemundsen, Evald; Moilanen, Irma; Ebeling, Hanna; Yliherva, Anneli; Gissler, Mika; Parviainen, Tarja; Tani, Pekka; Kawa, Rafal; Vicente, Astrid; Rasga, Célia; Budişteanu, Magdalena; Dale, Ian; Povey, Carol; Flores, Noelia; Jenaro, Cristina; Monroy, Maria Luisa; Primo, Patricia García; Charman, Tony; Cramer, Susanne; Warberg, Christine Kloster; Canal-Bedia, Ricardo; Posada, Manuel; Scattoni, Maria Luisa; Schendel, DianaThe Autism Spectrum Disorders in the European Union (ASDEU) survey investigated the knowledge and health service experiences of users and providers to generate new hypotheses and scientific investigations that would contribute to improvement in health care for autistic adults. An online survey designed for autistic adults, carers of autistic adults, and professionals in adult services was translated into 11 languages and distributed electronically by organizations and in-country adult service facilities in 2017; 522 autistic adults, 442 carers, and 113 professionals provided answers to the health questions. Professionals, the majority in non-medical services, appeared to be poorly informed about whether certain co-occurring conditions were more frequent in autistic adults than typical adults-especially some medical conditions, suicide attempts, accidents, and pain. A minority of autistic adults reported preventive health behaviors such as routine health check-ups. The majority of users and providers expressed the desire to make health care services more user-friendly for autistic adults. Among the three groups, <20% of responders knew an organization or clinician which has developed a way to monitor health, and prevent poor health, that works well for adults on the autism spectrum. The results point to means for better management of co-occurring conditions associated with autism in adulthood in order to reduce hospital admissions and potential areas of improvement in health and social services for autistic adults. Specifically, efforts should be focused on (1) professionals' education on risks for co-occurring conditions in autistic adults; (2) promoting preventive health behaviors; (3) making services user-friendly for autistic adults and their families; and (4) encouraging knowledge of good local services.