DGH - Posters/abstracts em congressos nacionais
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- Deleção intersticial 7q33q34 em fetos de gravidez gemelar monocoriónica diamnióticaPublication . Simão, Laurentino; Marques, Bárbara; Ferreira, Cristina; Serafim, Sílvia; Alves, Cristina; Silva, Marisa; Viegas, Mónica; Peliano, Ricardo; Brito, Filomena; Bernardeco, Joana; Cruz, Jader; Pedro, Sónia; Martins, Ana; Tarelho, Ana; Carvalho, Inês; Cohen, Álvaro; Correia, HildebertoIntrodução: O acompanhamento de gestações gemelares pode revelar-se desafiante se houver alterações ecográficas e discrepâncias entre os fetos. Deleções intersticiais 7q, abrangendo diferentes regiões e apresentando tamanho variável, são raras, e encontram-se quase exclusivamente descritas em pós-natal. Objectivos: Apresentamos o caso de uma gestante, de 32 anos, com gravidez gemelar monocoriónica e diamniótica de 16 semanas, referenciada por bolsas jugulares bilaterais, crescimento no P10-P20 e discrepância no pico sistólico de velocidade da artéria cerebral média (PSV-ACM). Foi efetuada colheita de liquido amniótico para estudo por microarray cromossómico (CMA). Metodologia: Foi efeituado diagnóstico rápido de aneuploidias (DRA) por QF-PCR (Devyser®), ao que se seguiu CMA com array CytoScan 750K (Thermo Fischer®) e cariótipo. Resultados: O DRA revelou um resultado normal. O CMA permitiu a identificação de uma deleção intersticial com 9,0 Mb em 7q33q34 - arr[GRCh37] 7q33q34(133411316_142427027)x1. A alteração engloba 12 genes mórbidos. O cariotipo confirmou o resultado: 46,XX,del(7)(q32.3q34)dn. Após aconselhamento genético, o casal optou por interrupção da gestação. Conclusões: Deleções intersticiais na região 7q32 a 7q35 apresentam grande variabilidade fenotípica. As características mais comuns são: atraso de desenvolvimento e da linguagem, défice intelectual, dismorfias faciais e atraso de crescimento. Nos raros casos descritos com alterações cromossómicas parcialmente sobreponíveis ao caso em estudo, a CNV tem sido classificada como patogénica. No único caso com referência ao período pré-natal e com alteração quase totalmente sobreponível, descreve-se decréscimo de movimentos fetais, baixo peso à nascença, atraso de desenvolvimento, défice intelectual, dismorfias faciais e infeções múltiplas. A alteração cromossómica encontrada poderá explicar a relativa restrição de crescimento fetal, não tendo as bolsas jugulares, presentes em ambos os fetos e a discrepância PSV-ACM sido até agora descritos. Gestações com alterações ecográficas e CNVs, mas com reduzida bibliografia, são desafiantes na interpretação dos resultados a nível laboratorial e clínico. Só a descrição de mais casos permitirá um ganho de conhecimento em saúde.
- Detection of copy number variants in the human genome: Is long-read sequencing an alternative to genomic microarrays?Publication . Silva, Catarina; Ferrão, José; Marques, Barbara; Pedro, Sónia; Correia, Hildeberto; Rodrigues, António Sebastião; Vieira, LuísIntroduction: Copy number variations (CNVs) represent ~13% of the human genome and can harbour important genes and regulatory elements. High-resolution whole genome microarray (MA) analysis is the gold standard tool for detection of CNVs associated with genetic disorders. While short-read sequencing (SRS) can address SV detection, the use of long-read sequencing as proven to overcome SRS mapping inaccuracy in highly repetitive DNA regions and improve genome contiguity. We applied whole genome nanopore sequencing (NS) to call CNVs and compared the results with those obtained by microarray. Methodology: Genomic DNA from 2 cell lines (EOL-1 and 697) were processed using the CytoSan HD Array (Affymetrix) and ChAS software (ThermoFisher). A minimum CNV calling size threshold of 35 Kb was used. DNA was also sequenced on the MinION device (Oxford Nanopore Technologies) following a rapid library preparation method. Sequencing data were basecalled using Guppy, mapped with LRA, and SVs called using both CuteSV and Sniffles2. Sanger sequencing was performed to demonstrate breakpoint positions for 3 CNVs. R packages were used to perform comparisons between MA and NS data. Results: A total of 49 CNVs were confirmed after curated MA analysis in both cell lines, ranging in size from 35 Kb to 79 Mb. From those, 43 CNVs (87.7%) were called in nanopore data by either one (4 CNVs) or both (39 CNVs) callers with a mean whole genome coverage of ~12X. Six of 43 CNVs were called as inversions instead. In 3 CNVs the size of the variant was found to be smaller (ranging from ~5 to 22 Kb) than the threshold of MA analysis. The correlation between CNV sizes obtained with MA and NS was of 0.71 with Sniffles2 and 0.74 with CuteSV, whereas the correlation between callers was of 0.99. The breakpoint precision obtained for NS was much higher (ranging for CuteSV from 2 to 42 bp; and for Sniffles2 from 0 to 87 bp) than the one obtained for MA (ranging from 774 to 7618 bp). Conclusions: NS technology proved to be technically effective in the detection of CNVs of different types and sizes and thus posing itself as an alternative to MA in the detection of pathogenic SVs associated with genetic diseases. However, NS data analysis requires fine-tuning of the analysis conditions as well as the use of different methods, for greater reliability of results in a clinical context.
- The disease modelling value of a folklore FAIRYtale: SHEDing light over a special group of genetic disordersPublication . Carvalho, S.; Santos, J.I.; Moreira, L.; Gaspar, P.; Gonçalves, M.; Encarnação, M.; Ribeiro, D.; Duarte, A.; Prata, M.J.; Coutinho, M.F.; Alves, SandraThe problem we are addressing: Despite extensive research, the links between accumulation of glycosaminoglycans (GAGs) and the clinical features seen in patients suffering from various forms of Mucopolysaccharidoses (MPSs) have yet to be further elucidated. These Lysosomal Storage Diseases (LSDs) present symptoms, which may (or may not) include critical musculoskeletal and cardiovascular alterations, respiratory problems, and serious neurological dysfunctions. The skeletal and brain systems are the hardest ones to access and, consequently, those in greatest need of additional knowledge and novel therapeutic solutions.
- Occupational studies developed in Portugal in the scope of HBM4EU – Main results and way forwardPublication . Martins, Carla; Ribeiro, Edna; Ladeira, Carina; Pinhal, Herminia; Nogueira, Ana; Reis, Silvia; Louro, Henriqueta; Silva, Maria João; Viegas, SusanaIntroduction: Within the EU human biomonitoring initiative (HBM4EU), targeted national studies on occupational settings, where exposure to chemicals could occur, were performed. These studies aimed to provide information on occupational exposure to chemicals using biomonitoring approaches to support the implementation of new risk management measures (RMM) and policy actions at national and European levels. Methods: Cross-sectional studies were performed in two occupational settings: i) a setting with plating, welding and painting activities, targeting exposure to chromium VI [Cr(VI)]; and ii) a setting dedicated to processing of electronic waste (e-waste), targeting exposure to metals. Both studies included a control group obtained from the Portuguese general population, employed in different companies with no known exposure to Cr(VI) or involvement on tasks related with recycling of e-waste. Studies enrolled 50 workers and 27 controls (chromates study) and 26 workers and 12 controls (e-waste study). Spot urine samples were collected in the beginning and the end of the work week, and concentrations of metals were determined. Protocols were submitted to Ethics Committees with the approvals being granted before recruiting the studies’ participants (companies and workers). Descriptive statistical analysis was performed as well as inferential analysis (Wilcoxon test, Mann–Whitney test, and Kruskal–Wallis test). Results: Regarding chromates study, median levels obtained for workers were 0.33 µg/g crea for Cr, in the post-shift samples. Results showed that painters presented higher levels of Cr in post-shift urine samples than the control group (p<0.05), although not presenting differences between pre-shift and post-shift urine samples (p>0.05). Platers showed higher levels of Cr in post-shift urine samples when compared to pre-shift samples (p<0.05). Welders did not present statistically significant differences between pre- and post-shift samples and in relation to control group (p>0.05). Regarding RMM, the use of respiratory protection equipment by painters was identified as a promotor of lower exposures (p<0.05). Regarding e-waste study, median levels obtained for workers were 0.21, 0.43 and 12.70 µg/g crea for cadmium (Cd), mercury (Hg) and lead (Pb), respectively, in the post-shift samples. Statistically significant differences between workers and control group were found for urinary Pb levels (p<0.05), and no significant differences were found between pre- and post-shift urine samples for Cd, Hg and Pb. Conclusions: The results obtained showed that workers are exposed to metals in these occupational settings, thus, RMM in place need to be improved. Based on the results obtained, the implementation and enforcement of new regulatory actions should be considered. The results also claim attention for the need of updating the occupational limit values as it is being discussed at European level for Cr(VI), Pb and Cd due to the related health effects [3]. The differentiated data provided by biomonitoring tools demonstrated that these should be used more often to perform exposure assessment.
- Hepatitis C Virus infection, iron metabolism, liver fibrosis and response to Direct Acting Antivirals (DAAs)Publication . Ferreira, Joana; Faustino, Paula; Bicho, Manuel; Serejo, FátimaIntroduction: Chronic Hepatitis C (CHC) is characterized by hepatic and extra-hepatic manifestation. Among hepatic manifestations, liver fibrosis is probably the most significant as it can lead to cirrhosis, hepatocellular carcinoma and death. Iron overload is one of the extra-hepatic manifestations induced by Hepatitis C Virus (HCV) infection and can induce fibrosis-promoting signals in the parenchymal and non-parenchymal cells, which accelerate disease progression and exacerbate liver pathology. Aims: Evaluate the changes in iron metabolism induced by HCV elimination, the association of liver fibrosis with biochemical and genetic parameters of iron metabolism before and after DAAs treatment and baseline parameters that could predict the improvement of liver fibrosis after treatment. Materials and Methods: 329 patients with CHC (age: 49.93 [45.57-50.28] years; 124 female and 205 male). 134 treated with DAAs with sustained response (age: 53.42 [51.47-55.36]; 58 female and 56 male). Liver fibrosis stage was assessed by transient elastography using a Fibroscan and patients were divided in two groups (F1/2_mild and moderate fibrosis and F3/4_severe fibrosis and cirrhosis), biochemical parameters of iron metabolism (Total Iron_Fe, Total Iron Binding Capacity_TIBC, Transferrin Saturation_TS, Ferritin_FT, Haptoglobin_Hp) were evaluated by standard methods and genetic polymorphisms within Transferrin_TF HFE, Bone Morphogenetic Protein 2_BMP2, Hepcidin_HAMP and Ferroportin_SLC40A1 genes were analyzed by PCR, sequencing or NGS. Statistical analysis was performed using SPSS 26.0 for windows. Results: Patients showed lower values of Fe, TS and FT and higher values of Hp after treatment.
- Exosomal microRNAs as possible biomarkers for a rare disease affecting lipidsPublication . Encarnação, Marisa; David, Hugo; Ribeiro, Isaura; Vieira, Luís; Carneiro Silva, Catarina; Martins, Esmeralda; Cardoso, Maria Teresa; Futerman, Anthony H.; Quelhas, Dulce; Alves, SandraExosomes mediate the communication between cells and the characterization of their content can provide important insights into health and disease. Their cargo includes proteins, lipids and nucleic acids (including microRNAs (miRNAs)). miRNAs regulate many cellular processes, including metabolism. (...)
- A iniciação não-canónica da síntese da proteína UPF1 contribui para a sua função oncogénica no cancro colo-rectalPublication . Lacerda, Rafaela; Menezes, Juliane; Antunes Elias, Adriana; Romão, LuísaO cancro colo-rectal (CCR) é a terceira causa de morte ao nível mundial e as projecções apontam para um aumento durante as próximas duas décadas. A desregulação da expressão de vários genes no CCR contribui para o desenvolvimento da doença. A proteína up-frameshift 1 (UPF1) está envolvida em vários mecanismos celulares e, ao contrário da maioria dos cancros, em que a UPF1 desempenha um papel suppressor de tumor, no CCR, esta proteína actua como oncogene. Tendo como objectivo perceber que mecanismos moleculares podem contribuir para o papel oncogénico desta proteína no CCR, analisámos os níveis de expressão do RNA mensageiro (mRNA) e da proteína em vários tipos de cancro e nos respectivos tecidos normais. As análises in silico revelaram que há uma sobrexpressão de UPF1 (mRNA e proteína) no CCR comparativamente à maioria dos restantes cancros analizados. Estes níveis também são significativamente mais elevados no CCR do que no respectivo tecido normal. Experimentalmente, verificámos que a expressão de UPF1 é mantida em condições de stresse celular. Para perceber qual o mecanismo responsável pela manutenção da expressão de UPF1, testámos se a região 5’ não-traduzida do seu mRNA consegue mediar a síntese proteica por um mecanismo alternativo. Verificámos que esta região é capaz de mediar a tradução de UPF1 através da um local interno de entrada do ribossoma, mesmo em condições em que a síntese proteica canónica está inibida. Mapeámos também a sequência mínima necessária para o funcionamento desta região. Posteriormente, usámos oligonucleótidos de RNA antissense que hibridam na sequência mínima e observámos uma redução da expressão de UPF1 em células de CCR. Globalmente, estes resultados mostram que os níveis de expressão da UPF1 são mantidos por um mecanismo alternativo de tradução que permite a síntese proteica em condições inerentes ao microambiente tumoral. Assim, estes oligonucleótidos de RNA antissense poderão ser os precursores de uma nova terapia baseada em RNA para prevenir o desenvolvimento do CCR.
- The complexity of identification of pathogenic variantsPublication . Fino, Joana; David, DezsoIntroduction: Natural occurring genomic variant, from single nucleotide to balanced, unbalanced and complex rearrangements, spanning large chromosomal regions, has been reported to cause human pathologies. As such, we present cases with neurodevelopmental disorder, infertility, and recurrent miscarriage, which reflect the complexity of the identification of pathogenic variants, considering the variation spectrum, the underlying pathogenic mechanisms, and the heterogeneous clinical presentations. Methods: Long and small insert genomic sequencing (GS) was applied to four cases. Variants were identified from GS data mapped against the reference human genome and confirmed through Sanger sequencing. Results were interpreted using SVInterpreter, Exomiser, genotype-phenotype correlation and convergent genomic data analysis. Results: Although the first case is a carrier of a t(17;19)(p13.1;p13.3)mat, disrupting GSG1L2, and of a presumably paternally inherited dup(2)(q14.3q21.1), encompassing the autosomal dominant (AD) phenotype-associated PROC and HS6ST1 genes, the identified novel frameshift c.4442del, p.(Gly1481Valfs*21) variant of CHD4, was considered the disease-causing variant, since the proband’s phenotype fits the CHD4-associated Sifrim-Hitz-Weiss syndrome (Da Silva et al., 2022). Cases 2 and 3 were both reported with infertility, and carriers of t(5;9)(q31.3;p13) and t(4;21)(p14;q21.3), respectively. Our study revealed that the phenotype most plausibly resulted from a chromosomal position effect over YIPF5 and SPATC1L. The last case, presented intellectual disability and recurrent miscarriage, associated to t(7;22)(p13;q13.1). The 7p13 breakpoint disrupts the brain specific CAMK2B, causing AD mental retardation 54 (OMIM #617799), whereas increased meiotic segregation of der(22), during gametogenesis, most likely explain the reported miscarriage (David et al., 2023). Conclusions: These cases highlight the intricacy of pathogenic mechanisms leading to human disorders, the necessity for identification and evaluation of the “full” spectrum of genomic and genetic variants, of comparative reverse phenotyping, including patients with pathogenic variants affecting the same genes. Finally, highlight the need of introducing a more precise genomic medicine in clinical practice. This research was supported by FCT—Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Research Grant HMSP-ICT/0016/2013 of the Harvard Medical School—Portugal Program.
- Morte súbita neonatal num recém-nascido com perturbação do desenvolvimento intelectual ligada ao X tipo Nascimento por delecção do gene UBE2APublication . Furtado Gomes, Inês; Martins, Marta; Marques, Bárbara; Correia, Hildeberto; Sanchez, BrunoIntrodução: A perturbação do desenvolvimento intelectual ligada ao X (PDIX) tipo Nascimento é uma síndrome genética rara caracterizada por défice intelectual, dismorfismos craniofaciais característicos e anomalias congénitas, nomeadamente defeitos cardíacos e do tracto génito-urinário. Descrição do caso: Recém-nascido do sexo masculino, admitido com 12 horas de vida na Unidade de Cuidados Intensivos Neonatais por hipoglicémia e dificuldade alimentar. Gestação vigiada, com diagnóstico pré-natal de agenésia renal esquerda. Parto eutócico às 36 semanas sem necessidade de manobras de reanimação e com somatometria ao nascimento adequada à idade gestacional. No exame objectivo destacava-se hipotonia axial e dismorfismos craniofaciais e dos membros (Figura 1): fendas palpebrais amendoadas, inclinadas para cima, hipertelorismo; dorso nasal côncavo, narinas antevertidas; boca larga com cantos voltados para baixo e lábios finos; pavilhões auriculares hipoplásicos; inserção proximal dos polegares; pés com primeiros dedos largos e sobreposição do segundo e terceiro dedos. Durante as primeiras duas semanas de vida apresentou quadro de hipertensão pulmonar, colestase, dificuldade alimentar e má progressão ponderal. Identificada comunicação interventricular perimembranosa, sem sinais de disfunção cardíaca. Sem outras malformações identificadas. Paragem cardiorrespiratória súbita ao 20º dia de vida, sem resposta a medidas de suporte avançado de vida. Exame anatomopatológico post-mortem não conclusivo quanto à causa de morte. O estudo genético (Array-CGH) identificou uma delecção de 386 kb na região Xq24, englobando o gene UBE2A e 6 genes contíguos, compatível com PDIX tipo Nascimento. Conclusão: Actualmente, encontram-se descritos 58 casos de PDIX tipo Nascimento, dos quais apenas um com diagnóstico no período neonatal. Apesar de constituir uma entidade rara, apresenta um fenótipo característico, passível de ser identificado em idade precoce. O caso descrito corresponde ao primeiro relato de morte súbita neonatal num indivíduo com este síndrome, realçando a importância do reconhecimento clínico desta entidade. Um diagnóstico atempado permitirá uma abordagem clínica dirigida, o estabelecimento do prognóstico e o aconselhamento genético da família.
- Estudo da interação entre moduladores da homeostasia do ferro e o gene ECA na insuficiência cardíacaPublication . Gaspar, Marcos A.; Aguiar, Laura; Ferreira, Joana; Faustino, Paula; Mascarenhas, Mário Rui; Menezes Falcão, Luís; Bicho, Manuel; Inácio, ÂngelaIntrodução: A insuficiência cardíaca (IC) diz respeito a um síndrome clínico composto por um conjunto de sintomas e/ou sinais com origem numa anomalia cardíaca estrutural e/ou funcional e que dá origem à inabilidade de bombear sangue em quantidade suficiente, de forma a preencher as necessidades metabólicas do organismo. No presente trabalho, pretendemos perceber como a interação entre a variação I/D no gene ECA e possíveis moduladores da homeostasia do ferro (Fe) influenciam a IC. Os moduladores em estudo foram: a atividade da redutase da metahemoglobina, o gene Hfe e o gene da heparanase (HPSE) Metodologia: Foi efetuado um estudo de caso-controlo, no qual foram utilizadas 252 amostras de portugueses, 143 indivíduos com IC e 109 controlos saudáveis. Para analisar o polimorfismo no gene HPSE (rs4693608) foi feita a genotipagem por endpoint (LightCycler480). Para analisar os polimorfismos no gene Hfe (H63D e C282Y) recorreu-se à técnica de ARMS Multiplex. Para a análise do polimorfismo no gene ECA (rs4646994 - I/D) realizou-se um PCR. A atividade da redutase da metahemoglobina foi obtida por testes espetrofotométricos. Todos os testes estatísticos necessários foram realizados no software IBM® SPSS® Statistics 26.0, tendo os valores sido considerados significativos para um p < 0,05. Resultados: Verificou-se uma associação entre a IC e: 1) a presença do alelo D do gene HFe (HH vs HD; p=0,049); 2) a presença do alelo A do gene HPSE (AA + GA vs GG; p=0,045; 3) níveis mais baixos da atividade da redutase da metahemoglobina (p=0.019). Verificou-se ainda que as epistasias entre a presença do alelo H ou C do gene Hfe e o alelo D do gene ECA são protetores na IC (p=0,041 para ambas). Conclusão: Os resultados deste estudo evidenciam o papel da homeostasia do ferro e da sua interação com a ECA na IC. O ferro é um componente essencial para o bom funcionamento das mitocôndrias, as quais têm um papel importante no fornecimento de energia ao musculo cardíaco. O conhecimento do perfil genótipo dos doentes em genes moduladores da homeostasia do ferro em interação com o gene ECA, poderá ser uma vantagem na aplicação de uma medicina mais personalizada, permitindo um aconselhamento preventivo e uma terapêutica mais dirigidos.