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- Aetiology of Acute Gastroenteritis in Hospitalized Children from Lisbon AreaPublication . Costa, Inês; Júlio, Cláudia; Rodrigues, João; Machado, Jorge; Correia, Cristina; Oliveira, Maria Marisa; Escobar, Carlos; Costa, Beatriz; Brito, Maria João; Correia, Paula; Ferreira, Gonçalo Cordeiro; Simões, Maria João; Oleastro, MónicaGastroenteritis is a major cause of morbidity and mortality worlwide. Aim: Determine the etiology of gastroenteritis in a cohort of children hospitalized Methods: From May 2011 to January 2012, stool samples were collected from children (4.2 ± 4.8 years). Viral agents (enteric and enterovirus) were detected by RT-PCR. Stool specimens were also tested for bacteria and parasites, by conventional methods. Results: From the 82 stool samples, 42(51.2%) were positive for virus, 22 (26.8%) for bacteria and 35.6% (26/73) for parasites. An association between viral infection and age<3 years (OR=4.92, p<0.01) was observed. Distribution of viral agents was NorovirusII (33.3%), Enterovirus (31%), Rotavirus (23.8%), Adenovirus (9.5%), NorovirusI (2.4%). Simultaneous detection of two viral agents was observed in seven cases (16.7%) - NorovirusII and Enterovirus was the most frequent (57.1%); association with another agent was detected in 33.3% samples. Eight of 22 samples (36.4%) were positive for Campylobacter jejuni, 5 (22.7%) for Salmonella spp, 7 (31.8%) for E. coli, although always in co-infection with another agent, and 1 (4.5%) for Shigella spp. 38.5% of the samples were positive for Cryptosporidium spp., 23.1% for Giardia sp. and 3.8% for Entamoeba histolytica. 69.2% of the parasites were co-detected with other agents. Conclusion: Results suggest that viral agents are the most common among children with acute gastroenteritis, although co-infections with bacteria and parasites are frequent. The most common viral agent associated with acute diarrhea was NorovirusII. An important percentage of cases with no infectious aetiology identified, suggesting that other emergent agents are probably implicated.
- Application of Fourier transform infrared spectroscopy and chemometrics for differentiation of Salmonella enterica serovar Enteritidis phage typesPublication . Preisner, Ornella; Guiomar, Raquel; Machado, Jorge; Menezes, José Cardoso; Lopes, João AlmeidaFourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy and chemometric techniques were used to discriminate five closely related Salmonella enterica serotype Enteritidis phage types, phage type 1 (PT1), PT1b, PT4b, PT6, and PT6a. Intact cells and outer membrane protein (OMP) extracts from bacterial cell membranes were subjected to FT-IR analysis in transmittance mode. Spectra were collected over a wavenumber range from 4,000 to 600 cm 1. Partial least-squares discriminant analysis (PLS-DA) was used to develop calibration models based on preprocessed FT-IR spectra. The analysis based on OMP extracts provided greater separation between the Salmonella Enteritidis PT1-PT1b, PT4b, and PT6-PT6a groups than the intact cell analysis. When these three phage type groups were considered, the method based on OMP extract FT-IR spectra was 100% accurate. Moreover, complementary local models that considered only the PT1-PT1b and PT6-PT6a groups were developed, and the level of discrimination increased. PT1 and PT1b isolates were differentiated successfully with the local model using the entire OMP extract spectrum (98.3% correct predictions), whereas the accuracy of discrimination between PT6 and PT6a isolates was 86.0%. Isolates belonging to different phage types (PT19, PT20, and PT21) were used with the model to test its robustness. For the first time it was demonstrated that FT-IR analysis of OMP extracts can be used for construction of robust models that allow fast and accurate discrimination of different Salmonella Enteritidis phage types.
- Caracterização fenotípica de isolados de Salmonella enterica recebidos no INSA entre 2014 e 2017Publication . Leonor, Silveira; Pista, Ângela; Machado, JorgeAs infeções por Salmonella enterica são uma das causas mais frequentes de gastroenterite aguda em todo o mundo. Entre 2014 e 2017 foram recebidas no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais do Departamento de Doenças Infeciosas do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) 1124 estirpes de Salmonella isoladas de doentes portugueses provenientes de várias zonas do país. Foram identificados 68 serotipos diferentes, sendo os mais frequentes S. 4,5:i:- (n=372; 33,1%), S. Enteritidis (n=335; 29,8%), S. Typhimurium (n=208; 18,5%), S. Rissen (n=28; 2,5%), S. Typhi (n=25; 2,2%) e S. Stanley (n=12; 1,1%). Os serotipos de Salmonella identificados no período entre 2014 e 2017 acompanham a tendência europeia, nomeadamente no que se refere à diminuição de S. 4,5:i:- e aumento de S. Enteritidis. A serotipagem e a utilização de metodologias moleculares são fundamentais para a monitorização das salmoneloses humanas, particularmente na deteção de surtos e identificação de estirpes resistentes. Neste contexto, é fundamental manter e promover a colaboração entre os diversos serviços de saúde nacionais e internacionais, de forma a garantir a vigilância e controlo das infeções gastrintestinais em geral e por Salmonella spp em particular.
- Caracterização fenotípica de isolados de Shigella spp. entre 2015 e 2016Publication . Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Machado, JorgeCaracterização fenotípica de isolados de Shigella spp. entre 2015 e 2016
- Caracterização fenotípica de isolados de Shigella spp. entre 2015 e 2017Publication . Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Machado, JorgeEm Portugal, a shigelose é uma gastroenterite pouco frequente. Com este estudo pretendeu-se descrever os serotipos de Shigella spp. identificados no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) entre 2015 e 2017. Foram analisadas estirpes isoladas de 53 doentes, que foram enviadas a nível nacional ao INSA para serotipagem. A suscetibilidade aos antimicrobianos foi realizada segundo as recomendações do European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Os serotipos mais frequentemente encontrados foram Sh. sonnei (n=37; 69,8%), Sh. flexneri 2 (n=7; 13,2%), Sh. flexneri 3 (n=3; 5,7%). Foi observada uma elevada percentagem de resistência à tetraciclina (47/53; 88,7%). Em 2017, todas as estirpes apresentaram resistência à ampicilina e a percentagem de estirpes com resistência à ciprofloxacina aumentou consideravelmente, de 5,0% em 2015 para 62,5% em 2017. Cerca de 50% das estirpes apresentaram resistência à azitromicina durante o período em análise. Foram detetados 4 casos de Shigella spp. multirresistentes em homens que fazem sexo com homens (HSH). O aumento de resistências aos antibióticos observados nestes dois anos alerta para a importância de uma vigilância ativa das mesmas e impõe uma articulação efetiva entre os diversos serviços de saúde envolvidos.
- Caracterização fenotípica de isolados de Shigella spp. entre 2015 e 2017Publication . Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Machado, JorgeShigella spp. é uma enterobactéria altamente infeciosa e transmitida de pessoa-a-pessoa. As infeções por Shigella são um importante problema de Saúde Pública, em particular nos países em desenvolvimento. Em Portugal, a shigelose é uma causa rara de gastroenterite. A Sh.sonnei é mais frequente na Europa e EUA e a espécie flexneri na Ásia e África. O aparecimento de espécies multirresistentes tem sido referido mundialmente, com destaque para a resistência às fluoroquinolonas e cefalosporinas. Com este estudo pretendeu-se descrever os serotipos de Shigella identificados no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) entre 2015 e novembro de 2017. Foram analisadas 53 estirpes clínicas, isoladas a nível nacional e enviadas ao INSA para serotipagem. A suscetibilidade aos antimicrobianos foi realizada segundo as recomendações da EUCAST. Os serotipos mais frequentes foram Sh. sonnei (69,8%), Sh. flexneri 2 (13,2%), Sh. flexneri 3 (5,6%), Sh. flexneri 1 (3,8%), Sh. boydii 5 (3,8%), Sh. boydii 2 (1,9%) e Sh.dysenteriae 3 (1,9%). A idade dos pacientes variou entre os 1 e os 66 anos. Todas as estirpes foram resistentes a pelo menos um antibiótico. Foi observada uma elevada percentagem de resistência à tetraciclina (88,7%). O perfil de resistência mais frequente (77,4%) foi tetraciclina – trimetoprim - sulfametoxazole. A resistência às fluoroquinolonas e às cefalosporinas de 3ª e 4ª geração foi observada em, respetivamente, 22,6% e 1,9% das estirpes. Foi detetado um caso de Sh. sonnei multirresistente à ampicilina – tetraciclina – cefotaxime – ceftriaxone - ciprofloxacina - ácido nalidixico - trimetoprim-sulfametoxazole, num homem que faz sexo com homens (HSH). O serotipo mais frequente no período entre 2015 e novembro de 2017 foi Sh.sonnei, o que está de acordo com a tendência europeia. Apesar de não terem sido detetados muitos casos de resistência às fluoroquinolonas e cefalosporinas, estas não devem ser descuradas, uma vez que a sua emergência é evidente, em particular no caso dos HSH. Neste contexto, é fundamental manter e promover a colaboração entre os diversos Serviços de Saúde nacionais.
- Caracterização fenotípica e genotípica de isolados de Salmonella enterica recebidos no INSA entre 2014 e 2016Publication . Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Machado, JorgeCaracterização fenotípica e genotípica de isolados de Salmonella enterica recebidos no INSA entre 2014 e 2016
- Caracterização molecular e suscetibilidade aos antimicrobianos de isolados de L. monocytogenes na região de LVT em 2015Publication . Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Maia, Carla; Barreira, Maria João; Rodrigues, João; Reis, Lúcia; Machado, JorgeCaracterização molecular e suscetibilidade aos antimicrobianos de isolados de L. monocytogenes na região de LVT em 2015.
- Caraterização molecular e suscetibilidade aos antimicrobianos de isolados clínicos de Listeria monocytogenes na região de Lisboa e Vale do Tejo em 2015Publication . Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Maia, Carla; Barreira, Maria João; Rodrigues, João; Reis, Lúcia; Machado, JorgeListeria monocytogenes é o agente causal da listeriose, uma doença grave considerada de vigilância prioritária a nível europeu, com taxas de hospitalização (98,9%) e de letalidade (15,0%) elevadas. Este estudo teve como objetivo a caraterização das estirpes de L. monocytogenes recebidas no Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge em 2015. A serotipagem foi realizada por PCR multiplex, a tipagem por PFGE e também foi estudada a suscetibilidade aos antimicrobianos. O serotipo mais comum foi IVb (85,7%). A maioria das estirpes é sensível aos antimicrobianos em apreciação, com exceção de uma estirpe que apresentou resistência ao meropenemo e outra que apresentou resistência à eritromicina e ao trimetoprim/sulfametoxazol. Existe uma grande heterogeneidade de perfis de PFGE entre os isolados estudados, tendo sido detetados alguns clusters. A utilização de sequenciação de genoma completo para caraterização de estirpes, nomeadamente de L. monocytogenes está a ganhar terreno a nível mundial, vindo substituir as técnicas goldstandard. A sua aplicação no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais permitiu em 2015 a confirmação laboratorial de um surto.
- Characterization of Multidrug-Resistant Isolates of Salmonella enterica Serovars Heidelberg and Minnesota from Fresh Poultry Meat Imported to PortugalPublication . Silveira, Leonor; Nunes, Alexandra; Pista, Ângela; Isidro, Joana; Belo Correia, Cristina; Saraiva, Margarida; Batista, Rita; Castanheira, Isabel; Machado, Jorge; Gomes, João PauloSalmonella enterica serovars Heidelberg and Minnesota frequently display several genetic mobile elements making them potential spreaders of resistance genes. Here, we phenotypically determined the antibiotic resistance profile and subsequently performed whole-genome sequencing on 36 isolates recovered from samples of fresh poultry meat, within the Portuguese Official Inspection Plan for Imported Foodstuffs. Several isolates of both serovars showed high genetic relatedness either with isolates from raw poultry meat imported to the Netherlands from Brazil or with isolates from samples from the broiler production chain in Brazil. The multidrug-resistant (MDR) character was common to the vast majority (94.4%) of isolates from both serovars, and several isolates carried the plasmid IncA/C2 containing the β-lactamase gene blaCMY-2 and IncX1 containing a type IV secretion system. These results somehow mirror the scenario observed in the Netherlands, showing the introduction, through fresh imported poultry meat in compliance with European legislation, of MDR Salmonella enterica serovars Heidelberg and Minnesota in Europe, with the potential spread of resistance markers. These data suggest the need to revise the hygiene criteria for foodstuffs monitoring before its placement on the market, with the determination of the resistome being an invaluable contribute to limit the dissemination of resistance markers.