Departamento de Epidemiologia
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Percorrer Departamento de Epidemiologia por Domínios Científicos e Tecnológicos (FOS) "Ciências Naturais::Matemáticas"
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- Actividade Dinâmica para a Noite Europeia dos Investigadores 2025Publication . Brito, André; Saraiva, Ana LeonorDashboard interactivo desenhando especificamente para apresentar o trabalho do DEP na Noite Europeia dos Investigadores em 2025 em Lisboa. Inclui duas actividades, uma que apresenta de forma dinâmica como é feita a modelação matemática de dinâmicas de doença com modelos compartimentais com exemplos e histórias ilustrativas e uma outra atividade que apresenta como são estimados o risco de morte em caso de exposição a temperaturas altas.
- Assessing the role of children in the COVID-19 pandemic in Belgium using perturbation analysisPublication . Angeli, Leonardo; Caetano, Constantino Pereira; Franco, Nicolas; Coletti, Pietro; Faes, Christel; Molenberghs, Geert; Beutels, Philippe; Abrams, Steven; Willem, Lander; Hens, NielUnderstanding the evolving role of different age groups in virus transmission is essential for effective pandemic management. We investigated SARS-CoV-2 transmission in Belgium from November 2020 to February 2022, focusing on age-specific patterns. Using a next generation matrix approach integrating social contact data and simulating population susceptibility evolution, we performed a longitudinal perturbation analysis of the effective reproduction number to unravel age-specific transmission dynamics. From November to December 2020, adults in the [18, 60) age group were the main transmission drivers, while children contributed marginally. This pattern shifted between January and March 2021, when in-person education resumed, and the Alpha variant emerged: children aged under 12 years old were crucial in transmission. Stringent social distancing measures in March 2021 helped diminish the noticeable contribution of the [18, 30) age group. By June 2021, as the Delta variant became the predominant strain, adults aged [18, 40) years emerged as main contributors to transmission, with a resurgence in children’s contribution during September-October 2021. This study highlights the effectiveness of our methodology in identifying age-specific transmission patterns.
- Harmonização dos valores de anticorpos IgG contra a proteína Spike do vírus SARS-CoV-2Publication . Saraiva, Ana Leonor Fonseca; Afreixo, Vera; Gaio, VâniaO surgimento da COVID-19 conduziu ao rápido desenvolvimento de vacinas e testes de diagnóstico. Para avaliar a resposta de anticorpos IgG contra a proteína Spike do vírus SARS-CoV-2 (IgG anti-S SARS-CoV-2) em profissionais de saúde do meio hospitalar, foi realizado um estudo de coorte entre 2020 e 2022 em três centros hospitalares portugueses: Centro Hospitalar de Lisboa Ocidental (CHLO), Centro Hospitalar Tondela-Viseu (CHTV) e Centro Hospitalar e Universitário de Coimbra (CHUC). Os níveis de anticorpos foram medidos em seis momentos: antes da vacinação, após vacinação completa, aos 3, 6 e 12 meses após a segunda dose, e após a dose de reforço. Cada hospital utilizou um método analítico distinto: CMIA da Abbott, ECLIA Elecsys® da Roche e ADVIA Centaur® da Siemens, o que gerou desafios na comparabilidade dos dados. O presente estudo teve como objetivo harmonizar os anticorpos IgG anti-S SARS-CoV-2 entre os hospitais para permitir uma análise conjunta e uma melhor compreensão da dinâmica da imunidade nos profissionais de saúde em Portugal. Para assegurar uma conversão adequada dos títulos de anticorpos obtidos por métodos laboratoriais diferentes, foram aplicadas e comparadas várias estratégias de harmonização, nomeadamente a conversão internacional proposta pela Organização Mundial da Saúde (WHO) e a interpolação de quantis, seguida da aplicação de regressão de Deming. A interpolação de quantis seguida de regressão revelou-se mais eficaz do que a conversão recomendada pela OMS, ao preservar as características individuais de distribuição dos dados de cada hospital e ao permitir que os valores harmonizados refletissem a escala e a magnitude do método usado como referência (CMIA da Abbott). Após a harmonização, observou-se o padrão esperado de tendência temporal do título de anticorpos, com um aumento acentuado após a vacinação, seguido de um declínio ao longo dos meses e, por fim, um novo aumento mais pronunciado após a dose de reforço. Embora não tenha sido realizada uma validação laboratorial através da análise cruzada das amostras, uma limitação importante para a confirmação definitiva da abordagem, a metodologia demonstrou ser prática, reprodutível e com elevado potencial de aplicação em estudos multicêntricos e multinacionais que requerem a integração de dados serológicos obtidos por diferentes plataformas, nomeadamente no âmbito de colaborações europeias e internacionais. Após a harmonização, a análise estatística recorreu a modelos mistos para avaliar a evolução do título de anticorpos ao longo do tempo e a regressões lineares para analisar separadamente cada fase. Os modelos mistos evidenciaram aumentos significativos após a vacinação e o reforço, destacando diferenças entre os centros hospitalares. Nas análises por fase, além das variações entre os centros hospitalares no período pós-reforço, observou-se que indivíduos acima dos 50 anos apresentaram uma resposta imunitária superior. Estes resultados sugerem que tanto as características individuais como as diferenças institucionais influenciaram a resposta imunitária dos profissionais de saúde.
- High-Dose Quadrivalent vs Standard Dose Influenza Vaccine Effectiveness using EHR in PortugalPublication . Brito, André; Soares, Patrícia; Gómez, Verónica; Rodrigues, Ana Paula; Leite, Andreia; Machado, AusendaThis study presents an updated protocol to assess the effectiveness of the high-dose quadrivalent influenza vaccine (HD-QIV) in preventing hospitalisation due to influenza-like illness among older adults in Portugal. Using routinely collected electronic health records, we will conduct a retrospective cohort study covering the 2022/23 to 2025/26 influenza seasons, including residents of long-term care facilities and community-dwelling individuals eligible for HD or standard-dose vaccination. Vaccine exposure will be defined 14 days post-administration, and outcomes will include first hospitalisation related to influenza or associated complications. Relative and absolute vaccine effectiveness will be estimated using Cox proportional hazards models. Key challenges include potential misclassification of residence and outcomes, uneven vaccine rollout, and small sample sizes in some groups; we will address these through sensitivity analyses, spatio-temporal assessments, and propensity-score matching where appropriate. The study will provide timely evidence on HD-QIV performance in real-world conditions, supporting national vaccination strategies for high-risk populations. This was a presentation made at the annual VEBIS Consortium LOT 4.
- Modelling Mobility Data during COVID-19 in Portugal with R-INLAPublication . Brito, André; Machado, Ausenda; Rodrigues, Ana Paula; Patrício, Paula; Bispo, ReginaThe COVID-19 pandemic underscored the vital role of mathematical modelling in epidemiology, supporting the forecasting of disease trends and informing public health strategies. In Portugal, modelling efforts highlighted the effectiveness of physical distancing in reducing transmission and offered important insights into the impacts of deconfinement and vaccination on disease burden. The period also saw an increased use of non-traditional data sources, particularly human mobility data, which acted as a proxy for contact patterns and helped refine models of disease spread. In this context, we aim to model mobility patterns across districts in Portugal during the COVID-19 pandemic using Google Mobility Reports. Our objective is to identify which covariates are most relevant for predicting mobility dynamics during this period within a spatiotemporal modelling framework.
- Modelling Mobility Data during COVID-19 in Portugal with R-INLAPublication . Brito, André; Machado, Ausenda; Rodrigues, Ana Paula; Patrício, Paula; Bispo, ReginaAim: To model district-level mobility data from the COVID-19 Google Community Mobility Reports for Portugal.
- Modelling Mobility Data during COVID-19 with Neural NetworksPublication . Brito, André; Machado, Ausenda; Rodrigues, Ana Paula; Patrício, Paula; Bispo, ReginaThe COVID-19 pandemic underscored the vital role of mathematical modelling in epidemiology, aiding in forecasting disease trends and informing public health strategies. In Portugal, modelling efforts demonstrated the effectiveness of physical distancing in curbing transmission and provided key insights into the impacts of deconfinement and vaccination on disease burden. The period also saw increased use of non-traditional data, particularly human mobility data, which served as a proxy for contact patterns and helped refine models of disease spread. In this work, we aim to evaluate the predictive performance of neural network models in capturing mobility patterns across Portuguese districts during the COVID-19 pandemic, using data from Google Mobility Reports.