Percorrer por autor "Santos, Helena"
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- Assessing Lysosomal Disorders in the NGS Era: Identification of Novel Rare VariantsPublication . Encarnação, Marisa; Coutinho, Maria Francisca; Silva, Lisbeth; Ribeiro, Diogo; Ouesleti, Souad; Campos, Teresa; Santos, Helena; Martins, Esmeralda; Cardoso, Maria Teresa; Vilarinho, Laura; Alves, SandraLysosomal storage diseases (LSDs) are a heterogeneous group of genetic disorders with variable degrees of severity and a broad phenotypic spectrum, which may overlap with a number of other conditions. While individually rare, as a group LSDs affect a significant number of patients, placing an important burden on affected individuals and their families but also on national health care systems worldwide. Here, we present our results on the use of an in-house customized next-generation sequencing (NGS) panel of genes related to lysosome function as a first-line molecular test for the diagnosis of LSDs. Ultimately, our goal is to provide a fast and effective tool to screen for virtually all LSDs in a single run, thus contributing to decrease the diagnostic odyssey, accelerating the time to diagnosis. Our study enrolled a group of 23 patients with variable degrees of clinical and/or biochemical suspicion of LSD. Briefly, NGS analysis data workflow, followed by segregation analysis allowed the characterization of approximately 41% of the analyzed patients and the identification of 10 different pathogenic variants, underlying nine LSDs. Importantly, four of those variants were novel, and, when applicable, their effect over protein structure was evaluated through in silico analysis. One of the novel pathogenic variants was identified in the GM2A gene, which is associated with an ultra-rare (or misdiagnosed) LSD, the AB variant of GM2 Gangliosidosis. Overall, this case series highlights not only the major advantages of NGS-based diagnostic approaches but also, to some extent, its limitations ultimately promoting a reflection on the role of targeted panels as a primary tool for the prompt characterization of LSD patients.
- Avanços no diagnóstico das doenças mitocondriais através da sequenciação de nova geraçãoPublication . Célia, Nogueira; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Encarnação, Marisa; Teles, Elisa Leão; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Janeiro, Patrícia; Gaspar, Ana; Soares, Gabriela; Bandeira, Anabela; Martins, Esmeralda; Magalhães, Marina; Santos, Helena; Vieira, Luís; Vilarinho, LauraO recente desenvolvimento da tecnologia de sequenciação de nova geração (NGS) revolucionou o diagnóstico molecular das doenças genéticas raras, de difícil diagnóstico, tais como as doenças mitocondriais. O estudo destas patologias foi implementado em 1993 pelo nosso grupo e até à data foram investigados mais de 2500 doentes portugueses. Muitos destes doentes ainda não dispõem de diagnóstico molecular, pelo que foi desenvolvida uma estratégia de NGS para a identificação da mutação causal. A sequenciação de um painel de 209 genes nucleares associados a doenças mitocondriais e do DNA mitocondrial completo por NGS, foi realizada num sequenciador MiSeq (Illumina). O estudo de 145 doentes permitiu identificar 41 mutações causais e caraterizar 35 doentes. Esta investigação contribuiu para esclarecer a etiologia molecular destes doentes (35/145; 24%), ii) alargar o espetro mutacional destas patologias e, iii) oferecer um aconselhamento genético e um eventual diagnóstico pré-natal aos casais em risco. O desenvolvimento de um painel, específico para estas patologias, tem um caráter inovador e reforça o nosso Centro como laboratório nacional para o estudo e investigação de doenças mitocondriais.
- Bases moleculares de los defectos en el complejo mitocondrial ETF/ETF-QOPublication . Rocha, Hugo; Nogueira, Célia; Martins, Esmeralda; Rodrigues, Esmeralda; Leão, Miguel; Sousa, Carmen; Fonseca, Helena; Marcão, Ana; Gaspar, Ana; Brandão, Otilia; Santos, Helena; Coelho, Teresa; Ribeiro, J. Miguel; Vilarinho, LauraDefectos en el complejo mitocondrial ETF/ETF-QO (ETF - flavoproteína transferidora de electrones; ETFQO - flavoproteína transferidora de electrones ubiquinona oxidorreductasa), resultan en la disfunción secundaria de 11 deshidrogenasas que utilizan este complejo para transferir los electrones a la cadena de transporte electrónico, bloqueando la β-oxidación de los ácidos grasos, de aminoácidos y de la colina. Defectos en el funcionamiento del complejo resultan en una deficiencia multiple de acil-CoA deshidrogenasas (MADD; aciduria glutárica tipo II; OMIM 231680) que representa un grupo muy heterogéneo de enfermedades metabólicas tanto desde el punto de vista clínico como molecular. Pueden tener como causa mutaciones en los genes que codifican para las subunidades del complejo (ETFA, ETFB y ETFDH), genes que codifican los transportadores de riboflavina, del transporte ó de la síntesis del FAD. Bioquímicamente, las MADD se caracterizan por la acumulación de acilcarnitinas de cadena corta, media y larga, siendo su detección la abordaje primaria al diagnóstico, incluso en cribado neonatal. La multiplicidad de defectos genéticos que pueden cursar por una disfunción del complejo ETF/ETF-QO (creyéndose que siguen sin estar identificados todos), el hecho de que no siempre están presentes los marcadores bioquímicos evidentes (acumulación de las acilcarnitinas características) y la grande variabilidad clínica son factores que conducen a una dificultad aumentada en de diagnóstico de este grupo de errores congénitos del metabolismo. En este panorama el conocimiento de la epidemiologia molecular es fundamental. Los autores presentaran las bases moleculares de los trastornos en el funcionamiento del complejo ETF/ETF-QO en Portugal.
- Defeitos Genéticos das Doenças Mitocondriais: Abordagem por Sequenciação de Nova GeraçãoPublication . Nogueira, Célia; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Vieira, Luis; Leão Teles, Elisa; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Janeiro, Patricia; Costa, Claúdia; Gaspar, Ana; Soares, Gabriela; Bandeira, Anabela; Martins, Esmeralda; Santos, Helena; Vilarinho, LauraObjetivos:O objetivo deste projeto de investigação é desenvolver uma estratégia de sequenciação de nova geração para a identificação das alterações genéticas em doentes suspeitos de doenças mitocondriais sem caracterização molecular.
- Diagnóstico das Doenças Mitocondriais por Sequenciação de Nova GeraçãoPublication . Nogueira, Célia; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Rodrigues, Esmeralda; Janeiro, Patricia; Sequeira, Sílvia; Santos, Helena; Martins, Esmeralda; Vilarinho, Laura; Vieira, Luis; Leão Teles, Elisa; Campos, Teresa; Costa, Cláudia; Gaspar, Ana; Dupont, Juliette; Soares, Gabriela; Bandeira, Anabela; Magalhães, Marina; Vieira, José PedroIntrodução e objetivos: As doenças mitocondriais constituem um importante grupo de doenças metabólicas de expressão clínica heterogénea, para as quais não existe uma terapia eficaz. Estas patologias podem ser causadas por defeitos genéticos quer no genoma mitocondrial, quer no nuclear. A sequenciação de nova geração (NGS) revolucionou o diagnóstico molecular destas doenças, uma vez que tem capacidade de gerar uma enorme quantidade de dados num curto espaço de tempo a um custo acessível. O objetivo deste estudo [Financiado pela FCT (PTDC/DTP-PIC/2220/2014) e pelo Norte 2020 (NORTE-01-0246-FEDER-000014)] é desenvolver uma estratégia de NGS para permitir o diagnóstico genético de doentes suspeitos de doenças mitocondriais.
- Doenças mitocondriais na era da sequenciação de nova geração: estudo de 450 doentesPublication . Nogueira, Célia; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Laranjeira, Mateus; Lopes, Altina; Neiva, Raquel; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Martins, Esmeralda; Bandeira, Anabela; Coelho, Margarida; Magalhães, Marina; Damásio, Joana; Gaspar, Ana; Janeiro, Patrícia; Gomes, Levy; Ferreira, Ana Cristina; Jacinto, Sandra; Vieira, José Pedro; Diogo, Luísa; Santos, Helena; Mendonça, Carla; Vilarinho, LauraAs doenças mitocondriais (DM) são doenças raras, clínica e geneticamente heterogéneas, de difícil diagnóstico, para as quais não existe uma terapia eficaz. O desenvolvimento da tecnologia de sequenciação de nova geração (NGS) revolucionou o diagnóstico molecular deste grupo de doenças, permitindo a identificação de novos genes associados a estas patologias. Nesta nova era genética, através da utilização da tecnologia de NGS, estudamos um grupo de 450 doentes suspeitos de DM, sem etiologia molecular. A nossa estratégia combinada de NGS, englobou a sequenciação de um painel de 213 genes nucleares associados a DM e do DNA mitocondrial completo. Neste estudo, identificamos variantes causais em 134 (30%) doentes analisados, 88 dos quais apresentaram variantes no DNA nuclear e 46 no DNA mitocondrial, tratando-se na maioria de doentes pediátricos (66%). Neste grupo de doentes, identificamos 72 variantes patogénicas descritas na literatura e 20 novas variantes provavelmente patogénicas, assim como 62 variantes de significado indeterminado. Como laboratório nacional de referência para o estudo e investigação das DM, demonstramos o contributo da tecnologia de NGS para esclarecer a etiologia molecular destes doentes, para expandir o espectro mutacional associado a estas patologias e oferecer um diagnóstico pré-natal e aconselhamento genético aos casais em risco.
- Lipidome plasticity in medium- and long-chain fatty acid oxidation disorders: Insights from dried blood spot lipidomicsPublication . Guerra, Inês; Rocha, Hugo; Moreira, Sónia; Gaspar, Ana; Ferreira, Ana C.; Santos, Helena; Rodrigues, Esmeralda; Castro-Chaves, Paulo; Melo, Tânia; Goracci, Laura; Domingues, Pedro; Moreira, Ana S.P.; Domingues, M. RosárioFatty acid (FA) oxidation disorders (FAOD) are characterized by accumulation of specific acylcarnitines (CAR)and FA and can lead to potentially severe complications. In this study, dried blood spots (DBS) combined with LC-MS lipidomics analysis were used to assess lipidome plasticity in medium-chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency (MCADD), long-chain hydroxyacyl-CoA dehydrogenase deficiency (LCHADD), and very long-chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency (VLCADD), compared to control (CT) individuals, for screening potential prognostic biomarkers. Statistically significant variations were found in CAR, biomarkers for FAOD diagnosis, but other lipid species showed variations depending on the FAOD. Common changes in all FAOD included a few phosphatidylcholine (PC) lipid species, notably an up-regulation of LPC 16:1, possibly associated with a higher risk of cardiovascular disease (CVD). In LCHADD and VLCADD, an up-regulation of odd-chain PC (PC 33:0, PC 35:4 and PC 37:4) was observed. VLCADD exhibited higher levels of odd-chain TG, while LCHADD showed an up-regulation of ceramide (Cer 41:2;O2). The increase in the Cer class has been found to be associated with neurodegeneration and may contribute to the risk of developing this condition in LCHADD. An upregulation of ether-linked PC lipid species, including plasmenyl (known as endogenous antioxidants), was observed in MCADD, possibly as a response to increased oxidative stress reported in this disorder. Overall, DBS combined with lipidomics effectively pinpoints the lipid plasticity in FAOD, highlighting potential specific biomarkers for disease prognosis that warrant further validation for their association with the development of FAOD comorbidities.
- Mitochondrial disorders: insights into diagnosis and management in the new era of genomic medicinePublication . Nogueira, Célia; Vilarinho, Laura; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Vieira, Luís; Leão Teles, Elisa; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Janeiro, Patricia; Costa, Cláudia; Gaspar, Ana; Dupont, Juliette; Soares, Gabriela; Bandeira, Anabela; Martins, Esmeralda; Magalhães, Marina; Santos, HelenaObjectives: The overall aim of our research project was to develop a Next Generation Sequencing strategy to identify nuclear disease causing-mutations in patients suspicious of mitochondrial disorders but without molecular etiology.
- Next Generation Sequencing Improves Mitochondrial Diseases DiagnosisPublication . Nogueira, Célia; Vilarinho, Laura; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Vieira, Luis; Leão Teles, Elisa; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Janeiro, Patrícia; Costa, Claúdia; Gaspar, Ana; Soares, Gabriela; Bandeira, Anabela; Martins, Esmeralda; Magalhães, Marina; Sequeira, Sílvia; Vieira, José Pedro; Santos, HelenaObjectives: The overall aim of our research project was to develop a Next Generation Sequencing strategy to identify nuclear disease causing-mutations in patients suspicious of mitochondrial disorders but without molecular etiology.
- Next generation sequencing: a golden tool in mitochondrial diseasesPublication . Nogueira, Celia; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Vieira, Luis; Leão Teles, Elisa; Campos, Teresa; Rodrigues, Esmeralda; Martins, Esmeralda; Bandeira, Anabela; Soares, Gabriela; Janeiro, Patricia; Costa, Claudia; Gaspar, Ana; Santos, Helena; Vilarinho, LauraThe development of Next Generation Sequencing (NGS) has revolutionized the diagnostic approach of mitochondrial disorders, particularly in children. The purpose of our project is to develop a NGS strategy to identify the genetic defect in 250 patients, to confirm the clinical diagnosis of the disease.