Browsing by Author "Ferreira, Ana Cristina"
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- Doenças mitocondriais na era da sequenciação de nova geração: estudo de 450 doentesPublication . Nogueira, Célia; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Laranjeira, Mateus; Lopes, Altina; Neiva, Raquel; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Martins, Esmeralda; Bandeira, Anabela; Coelho, Margarida; Magalhães, Marina; Damásio, Joana; Gaspar, Ana; Janeiro, Patrícia; Gomes, Levy; Ferreira, Ana Cristina; Jacinto, Sandra; Vieira, José Pedro; Diogo, Luísa; Santos, Helena; Mendonça, Carla; Vilarinho, LauraAs doenças mitocondriais (DM) são doenças raras, clínica e geneticamente heterogéneas, de difícil diagnóstico, para as quais não existe uma terapia eficaz. O desenvolvimento da tecnologia de sequenciação de nova geração (NGS) revolucionou o diagnóstico molecular deste grupo de doenças, permitindo a identificação de novos genes associados a estas patologias. Nesta nova era genética, através da utilização da tecnologia de NGS, estudamos um grupo de 450 doentes suspeitos de DM, sem etiologia molecular. A nossa estratégia combinada de NGS, englobou a sequenciação de um painel de 213 genes nucleares associados a DM e do DNA mitocondrial completo. Neste estudo, identificamos variantes causais em 134 (30%) doentes analisados, 88 dos quais apresentaram variantes no DNA nuclear e 46 no DNA mitocondrial, tratando-se na maioria de doentes pediátricos (66%). Neste grupo de doentes, identificamos 72 variantes patogénicas descritas na literatura e 20 novas variantes provavelmente patogénicas, assim como 62 variantes de significado indeterminado. Como laboratório nacional de referência para o estudo e investigação das DM, demonstramos o contributo da tecnologia de NGS para esclarecer a etiologia molecular destes doentes, para expandir o espectro mutacional associado a estas patologias e oferecer um diagnóstico pré-natal e aconselhamento genético aos casais em risco.
- Familial chylomicronemia syndrome in PortugalPublication . Alves, Ana Catarina; Miranda, Beatriz; Sequeira, Sílvia; Moldovan, Oana; Nunes, Catarina; Antunes, Henedina; Martins, Esmeralda; Gonçalves, Rute; Duarte, Sequeira; Guerra, António; Gaspar, Ana; Salgado, Miguel; Azevedo, Aida; Araújo, Francisco; Ferreira, Ana Cristina; Rato, Quitéria; Palma, Isabel; Bourbon, MafaldaFamilial chylomicronemia syndrome (FCS) is a rare autosomal recessive disorder of lipoprotein metabolism. It is characterized by marked elevation of triglyceride and chylomicron levels, lipaemic plasma, recurrent pancreatitis, eruptive xanthoma, hepatosplenomegaly, andliapemiaretinalis. All genes associated with FCS (LPL, APOC2, APOA5, LMF1 and GPHBP1) have an effect on the activity of lipoprotein lipase (LPL). The aim of this study is to present all cases with FCS clinical diagnosis, studied in our laboratory.
- Fenilcetonúria em Portugal: 40 anos de rastreio neonatal (1979-2019)Publication . Ferreira, Filipa; Sousa, Luísa Azevedo Carmen; Neiva, Raquel; Fonseca, Helena; Marcão, Ana; Rocha, Hugo; Carmona, Célia; Ramos, Sónia; Bandeira, Anabela; Martins, Esmeralda; Campos, Teresa; Rodrigues, Esmeralda; Garcia, Paula; Diogo, Luísa; Ferreira, Ana Cristina; Sequeira, Silvia; Silva, Francisco; Rodrigues, Luísa; Gaspar, Ana; Janeiro, Patrícia; Amorim, António; Vilarinho, LauraA fenilcetonúria (PKU) é uma doença genética autossómica recessiva, devido a um erro hereditário do metabolismo dos aminoácidos. A PKU caracteriza-se por um aumento de fenilalanina, em resultado de uma deficiência da enzima hepática, fenilalanina hidroxilase (PAH), uma enzima codificada pelo gene PAH. É uma das 26 patologias integradas no painel das doenças rastreadas em Portugal, a partir de sangue colhido em papel de filtro para o “teste do pezinho”. A deteção precoce da doença tem como objetivo iniciar o tratamento nutricional atempadamente, de modo a prevenir os danos neurológicos nos doentes afetados. Em Portugal, desde 1979 e até ao final de 2019, foram rastreados através do Programa Nacional de Rastreio Neonatal 3 890 677 recém-nascidos. Sendo que, 356 são doentes com PKU e 37 são hiperfenilalaninemias moderadas. A prevalência ao nascimento da PKU e da hiperfenilalaninemia moderada no nosso país é de 1:10.929 e 1:36.123 recém-nascidos, respetivamente. Na Unidade de Rastreio Neonatal, Metabolismo e Genética do Departamento de Genética Humana do INSA foram caracterizados geneticamente 223 doentes. Neste estudo, foram identificadas 56 mutações já descritas na literatura, a maioria compostos heterozigóticos (74% dos doentes). As duas mutações mais prevalentes na população portuguesa são: c.782G>A (p.Arg261Gln), c.1066-10G>A (IVS10-11G>A), seguidas pelas mutações c.1162G>A (p.Val388Met) e c.194T>C (p.Ile65Thr). Este estudo revelou uma elevada heterogeneidade quer do ponto vista do fenótipo bioquímico quer ao nível molecular, o que poderá ser importante na resposta ao tratamento destes doentes uma vez que esta estará dependente do respetivo genótipo. Os dados deste estudo, contribuem para uma melhor compreensão e conhecimento epidemiológico da PKU em Portugal.
- Genetic Characterization of Brucella spp.: Whole Genome Sequencing-Based Approach for the Determination of Multiple Locus Variable Number Tandem Repeat ProfilesPublication . Pelerito, Ana; Nunes, Alexandra; Grilo, Teresa; Isidro, Joana; Silva, Catarina; Ferreira, Ana Cristina; Valdezate, Sylvia; Núncio, Maria Sofia; Georgi, Enrico; Gomes, João PauloBrucellosis is an important zoonosis that is emerging in some regions of the world, gaining increased relevance with the inclusion of the causing agent Brucella spp. in the class B bioterrorism group. Until now, multi-locus VNTR Analysis (MLVA) based on 16 loci has been considered as the gold standard for Brucella typing. However, this methodology is laborious, and, with the rampant release of Brucella genomes, the transition from the traditional MLVA to whole genome sequencing (WGS)-based typing is on course. Nevertheless, in order to avoid a disruptive transition with the loss of massive genetic data obtained throughout the last decade and considering that the transition timings will vary considerably among different countries, it is important to determine WGS-based MLVA alleles of the nowadays sequenced genomes. On this regard, we aimed to evaluate the performance of a Python script that had been previously developed for the rapid in silico extraction of the MLVA alleles, by comparing it to the PCR-based MLVA procedure over 83 strains from different Brucella species. The WGS-based MLVA approach detected 95.3% of all possible 1,328 hits (83 strains×16 loci) and showed an agreement rate with the PCR-based MLVA procedure of 96.4% for MLVA-16. According to our dataset, we suggest the use of a minimal depth of coverage of ~50x and a maximum number of ~200 contigs as guiding "boundaries" for the future application of the script. In conclusion, the evaluated script seems to be a very useful and robust tool for the in silico determination of MLVA profiles of Brucella strains, allowing retrospective and prospective molecular epidemiological studies, which are important for maintaining an active epidemiological surveillance of brucellosis.
- Mucopolissacaridoses em população pediátrica: resultados de uma abordagem de precoce no âmbito do projeto FINDPublication . Gaspar, Paulo; Neiva, Raquel; Silva, Lisbeth; Diogo, Luísa; Ferreira, Ana Cristina; Miranda, Ana M.; Antunes, Diana; Louro, Pedro; Ribeiro, Sara; Oliveira, Sara; Garcia, Paula; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Silva, Carmen; Janeiro, Patricia; Sousa, Sérgio; Lopes, Altina; Nogueira, Célia; Pereira, Cristina; Alves, Sandra; Teles, Elisa Leão; Vilarinho, LauraAs Mucopolissacaridoses (MPSs), constituem um subgrupo das Doenças Lisossomais de Sobrecarga, causadas por deficiências em enzimas lisos somais, que catalisam a degradação dos glicosaminoglicanos. As MPSs têm apresentação multissistémica, heterogénea e consequentemente de diagnóstico difícil. O projeto FIND tem como objetivo alertar os clínicos para sinais e sintomas de risco ao mesmo tempo que disponibiliza uma ferramenta de diagnóstico. Este estudo pretende descrever uma abordagem desenvolvida no âmbito do projeto FIND para identificar doentes com mucopolissacaridoses (MPSs) em idade pediátrica, antes do aparecimento dos sintomas mais graves. A identificação atempada permitirá uma intervenção terapêutica precoce, assim como oferecer aconselhamento genético às famílias afetadas. O projeto FIND permitiu a identificação de 12 doentes de MPSs e a sua refe renciação para os respetivos centros de tratamento. Este estudo, para além da sua vertente educativa, coloca à disposição dos clínicos um ótimo meio para a identificação e caraterização de casos sinto máticos de MPS em idade pediátrica.
- Sitosterolaemia: a case of rare hypercholesterolaemia in FH patient’s cohortPublication . Alves, Ana Catarina; Medeiros, Ana; Padeira, Gonçalo; Ferreira, Ana Cristina; Bourbon, MafaldaAims: Familial Hyperpercholesterolaemia (FH) is the most common of all genetic hypercholesterolaemias. However there are other rare disorders presenting the same phenotype (phenocopies). Sitosterolaemia is one of those rare recessive disorders in which patients can present high levels of LDL-C but, most importantly, they present vegetal fat accumulation in tendons and arteries, leading also to increased cardiovascular risk. The defect in this case is in transporter genes responsible for the intestinal and biliary transport of plant sterols (ABCG5/ABCG8). AIMS: to identify the genetic cause of hypercholesterolaemia in a clinical FH patient presenting a severe phenotype.
- Sitosterolemia In iberoamerican countries: 16 new cases and phenotype genotype analysisPublication . Alves, Ana Catarina; Chora, Joana Rita; Miranda, Beatriz; Medeiros, Ana Margarida; Graça, Rafael; Bañares, Virginia G.; Araujo, Maria Beatriz; Vilagut, Ferrán Trías; Soler, Cristina; Meavilla, Silvia; Toledo, Maria J. Benitez; Volpe, Camila Garcia; Reyes, Ximena; Dell'Oca, Nicolás; Martins, Paula; Marado, Diana; Vilarinho, Laura; Dias, Aureliano Jorge; Ferreira, Ana Cristina; Padeira, Gonçalo; Casañas, Marta; Alegre-González, Diana; Lozano, José Mosquera; Aguiar, Patrício; Gonçalves, Filipa Sousa; Ernaga, Ander; Apellaniz-Ruiz, Maria; Rubi, Rodrigo; Figueroa, Nahún Muñoz; Vasquez, Norma Alejandra; Valdivielso, Pedro; Bourbon, Mafalda; ElsevierBackground: Sitosterolemia is a rare autosomal recessive lipid disorder caused by biallelic pathogenic variants in ABCG5 or ABCG8 genes. It is characterized by elevated plasma plant sterol concentrations, xanthomas, and an increased risk of premature cardiovascular disease. As happens with familial hypercholesterolemia (FH), sitosterolemia is subdiagnosed and is frequently confounded with FH, resulting in inappropriate management. This study aims to describe newly identified cases across Iberoamerican countries and to highlight the need for improved diagnostic strategies. Methods: We report 16 cases of molecularly confirmed sitosterolemia from 5 Iberoamerican countries (Argentina, Mexico, Portugal, Spain, and Uruguay), including 12 index cases and 4 relatives identified by cascade screening. Clinical, biochemical, and molecular data were collected and analyzed. β-sitosterol levels were measured when possible, and variant classification followed American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) guidelines with disease-specific adaptations. Results: Fifteen individuals had biallelic variants in ABCG8 and 1 had a homozygous frameshift variant in ABCG5. Ten distinct ABCG8 variants were identified, including 7 nonsense and 3 missense variants. Xanthomas were observed in 56% of cases. Most cases were initially diagnosed as FH, with a diagnostic delay of up to 30 years. Treatment with ezetimibe, alone or combined with statins, led to biochemical and clinical improvement, including xanthoma regression in some cases. Conclusion: Sitosterolemia remains underdiagnosed due to lack of systematic screening and clinical overlap with FH. Our findings highlight the importance of including ABCG5/8 in genetic testing panels and of recognizing clinical clues for early diagnosis, enabling targeted treatment and prevention of adverse outcomes. Adapted ACMG variant classification improves interpretability for ABCG5/8-related sitosterolemia.
- Sitosterolémia: uma causa rara de hipercolesterolemiaPublication . Padeira, Gonçalo; Garcia, Ana Margarida; Conde, Marta; Carvalho, Rodrigo; João, Alexandre; Gomes, Inês; Correia, Carla; Valongo, Carla; Dias, Aureliano; Alves, Ana Catarina; Medeiros, Ana; Bourbon, Mafalda; Ferreira, Ana CristinaA Sitosterolémia (OMIM 210250) é uma doença autossómica recessiva rara causada por mutações nos genes ABCG5/ABCG8 que codificam o transportador intestinal e biliar dos esteróis vegetais, com consequente acumulação no sangue e tecidos. Caracteriza-se pela presença de xantomas e aterosclerose prematura. O diagnóstico é feito pela deteção de sitosterol, campesterol e stigmasterol no plasma e confirmado por estudo genético. Faz diagnóstico diferencial com a Hipercolesterolemia Familiar (FH). O tratamento inclui a restrição dietética de esteróis vegetais associado a inibidor da absorção intestinal de colesterol.
- Study of rare familial monogenic dyslipidemias in PortugalPublication . Alves, Ana Catarina; Raimundo, Ana; Graça, Rafael; Sequeira, Sílvia; Ferreira, Ana Cristina; Moldovan, Oana; Travessa, André; Lobarinhas, Goreti; Mansilha, Helena; Duarte, Sequeira; Gaspar, Ana; Guerra, António; Bourbon, MafaldaDyslipidaemia is a disorder of lipid metabolism, characterized by either an increase or decrease in lipid particles, usually associated with triglycerides (TGs), LDL cholesterol (LDL-C) or HDL cholesterol (HDL-C). Most hyperlipidemia and HDL deficiency confer an increased cardiovascular risk while hypolipidemia, such as abeta or hypobetalipoproteinemia, may present different manifestations ranging from poor weight progression to neurological manifestations. From 2009, the Cardiovascular Investigation Group has been studying rare dyslipidaemias since there were no studies about these disorders in our country. In the context of this study, several index cases and family members with clinical diagnosis of different rare monogenic dyslipidemias or other pathologies in which dyslipidemia is the clinical factor that triggers the need for a genetic diagnosis, have been referred to our lab. The aim of this study is to review all cases with rare dyslipidaemia, either already studied or ongoing in our laboratory.
- Tratamento de doenças lisossomais de sobrecarga: relatório 2020Publication . Oliveira, Anabela; Pereira, Carla; Ribeiro, Cristina; Teles, Elisa Leão; Martins, Esmeralda; Duarte, Hélder; Carvalho, Susana; Costa, Inês; Macedo, Beatriz; Azevedo, Olga; Alves, Sandra; Sequeira, Sílvia; Ferreira, Ana Cristina; Macário, Maria do Carmo; Maia, Tabita Magalhães; Comissão Coordenadora do Tratamento das Doenças Lisossomais de SobrecargaRelatório anual ‘Tratamento de doenças lisossomais de sobrecarga’, referente às atividades desenvolvidas pela respetiva Comissão Coordenadora em 2020. As Doenças Lisossomais de Sobrecarga (DLS) constituem um grupo de patologias raras, progressivas, com elevada morbilidade, que engloba, atualmente, mais de 60 patologias, cuja apresentação clínica é extremamente variável, podendo ir desde doença neurológica grave até a casos menos graves. Em Portugal, a prevalência deste tipo de patologias em recém-nascidos é de 25 por cada 100.000 nados-vivos. Nos últimos anos, várias terapêuticas de substituição enzimática e de redução do substrato têm sido desenvolvidas possibilitando o tratamento dos doentes com algumas destas patologias, nomeadamente, a Doença de Gaucher, a Doença de Fabry, a Doença de Pompe, as Mucopolissacaridoses tipo I, II, IVA e VI, a Deficiência de lipase ácida lisossomal e a Doença de Niemann-Pick tipo C. Pelo Despacho n.º 2545/2013, foi criada a Comissão Coordenadora do Tratamento das Doenças Lisossomais de Sobrecarga (CCTDLS), que funciona junto do INSA, sendo atualmente constituída por profissionais designados pelo INSA, pelos Centros de Referência nesta área, pela Administração Central do Sistema de Saúde, pela Direção-Geral da Saúde e pela Autoridade Nacional do Medicamento e Produtos de Saúde (Infarmed). Das atividades apresentadas no presente relatório, destaca-se o seguinte: − Discussão e avaliação de 45 casos clínicos com emissão de 35 pareceres relativos a pedidos de início de tratamento (18), ajuste de dose (10) ou alteração do tratamento (7). Foram emitidos pareceres para a Doença de Gaucher, Doença de Fabry, Mucopolissacaridoses tipo I, II e VI, Deficiência de lipase ácida lisossomal, Doença de Pompe e Doença de Niemann-Pick tipo C; − Monitorização da evolução clínica dos doentes com terapias em curso; − Atualização de dados referentes ao número total de doentes com DLS em tratamento no território continental, por centro hospitalar, por patologia e terapêutica. No fim de 2020, encontravam-se em tratamento 309 doentes com DLS (133 com Doença de Fabry, 94 com Doença de Gaucher, 32 com Doença de Pompe, 13 com Doença de Niemann-Pick tipo C, 7 com Mucopolissacaridoses tipo I, 9 Mucopolissacaridose II, 3 com Mucopolissacaridose IVA, 13 com Mucopolissacaridose VI, 3 com Mucopolissacaridose VII e 2 com Deficiência de lipase ácida lisossomal; − Discussão da implementação da modalidade de tratamento domiciliário das doenças lisossomais de sobrecarga. Durante o ano de 2020 em consequência da pandemia da COVID-19, ocorreu um debate emergente sobre a implementação do tratamento domiciliário com elaboração de um documento, enviado superiormente, a elencar os argumentos que tornam esta modalidade imperiosa com benefícios reportados a vários níveis, nomeadamente a nível da conveniência e qualidade de vida dos doentes com estas patologias e menor exposição a situações de risco de contágio como a vivida durante o ano de 2020; − Atualização da página web da CCTDLS no website do INSA, nomeadamente com a disponibilização do documento “COVID-19 – Fase de Mitigação”, com propostas relativas à reconfiguração de cuidados aos doentes com DLS nos estabelecimentos do Serviço Nacional de Saúde; − Levantamento do impacto da pandemia da COVID-19 no tratamento dos doentes a realizar terapêuticas de substituição enzimática nos cinco Centros de Referências de Doenças Hereditárias Metabólicas, no Centro de Referência de Doenças Lisossomais de Sobrecarga e nos Centros de Tratamento de Proximidade na primeira fase da pandemia da COVID-19 (março-abril/2020); − Discussão dos processos de criação de um Registo Nacional de Doenças Lisossomais de Sobrecarga e da implementação da Plataforma de monitorização da efetividade de terapias, Infarmed.