Browsing by Author "Campos, Teresa"
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- Assessing Lysosomal Disorders in the NGS Era: Identification of Novel Rare VariantsPublication . Encarnação, Marisa; Coutinho, Maria Francisca; Silva, Lisbeth; Ribeiro, Diogo; Ouesleti, Souad; Campos, Teresa; Santos, Helena; Martins, Esmeralda; Cardoso, Maria Teresa; Vilarinho, Laura; Alves, SandraLysosomal storage diseases (LSDs) are a heterogeneous group of genetic disorders with variable degrees of severity and a broad phenotypic spectrum, which may overlap with a number of other conditions. While individually rare, as a group LSDs affect a significant number of patients, placing an important burden on affected individuals and their families but also on national health care systems worldwide. Here, we present our results on the use of an in-house customized next-generation sequencing (NGS) panel of genes related to lysosome function as a first-line molecular test for the diagnosis of LSDs. Ultimately, our goal is to provide a fast and effective tool to screen for virtually all LSDs in a single run, thus contributing to decrease the diagnostic odyssey, accelerating the time to diagnosis. Our study enrolled a group of 23 patients with variable degrees of clinical and/or biochemical suspicion of LSD. Briefly, NGS analysis data workflow, followed by segregation analysis allowed the characterization of approximately 41% of the analyzed patients and the identification of 10 different pathogenic variants, underlying nine LSDs. Importantly, four of those variants were novel, and, when applicable, their effect over protein structure was evaluated through in silico analysis. One of the novel pathogenic variants was identified in the GM2A gene, which is associated with an ultra-rare (or misdiagnosed) LSD, the AB variant of GM2 Gangliosidosis. Overall, this case series highlights not only the major advantages of NGS-based diagnostic approaches but also, to some extent, its limitations ultimately promoting a reflection on the role of targeted panels as a primary tool for the prompt characterization of LSD patients.
- Avanços no diagnóstico das doenças mitocondriais através da sequenciação de nova geraçãoPublication . Célia, Nogueira; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Encarnação, Marisa; Teles, Elisa Leão; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Janeiro, Patrícia; Gaspar, Ana; Soares, Gabriela; Bandeira, Anabela; Martins, Esmeralda; Magalhães, Marina; Santos, Helena; Vieira, Luís; Vilarinho, LauraO recente desenvolvimento da tecnologia de sequenciação de nova geração (NGS) revolucionou o diagnóstico molecular das doenças genéticas raras, de difícil diagnóstico, tais como as doenças mitocondriais. O estudo destas patologias foi implementado em 1993 pelo nosso grupo e até à data foram investigados mais de 2500 doentes portugueses. Muitos destes doentes ainda não dispõem de diagnóstico molecular, pelo que foi desenvolvida uma estratégia de NGS para a identificação da mutação causal. A sequenciação de um painel de 209 genes nucleares associados a doenças mitocondriais e do DNA mitocondrial completo por NGS, foi realizada num sequenciador MiSeq (Illumina). O estudo de 145 doentes permitiu identificar 41 mutações causais e caraterizar 35 doentes. Esta investigação contribuiu para esclarecer a etiologia molecular destes doentes (35/145; 24%), ii) alargar o espetro mutacional destas patologias e, iii) oferecer um aconselhamento genético e um eventual diagnóstico pré-natal aos casais em risco. O desenvolvimento de um painel, específico para estas patologias, tem um caráter inovador e reforça o nosso Centro como laboratório nacional para o estudo e investigação de doenças mitocondriais.
- CMV and HCV infections in HIV/non-HIV mothers and newborns: prevalence, frequency and risk factorsPublication . Lopo, Sílvia; Pereira, Maria Amável; Mendonça, Joana; Vinagre, Elsa; Reis, Tânia; Cordeiro, Dora; Almeida, Catarina; Água-Doce, Ivone; Manita, Carla; Palminha, Paula; Pádua, Elizabeth; Paixão, Maria Teresa; Carreiro, Helena; Barroso, Rosalina; Campos, Teresa; Marques, TâniaThe incidence of HIV infections in gestational age is an important Public Health issue as are concerns about co-infection with opportunistic viruses, such as CMV/HCV. Several authors refer higher ratios of congenital CMV infection in children born to HIV infected mother than in uninfected. In the case of HCV, perinatal transmission increases in cases of mothers co-infected with HIV. Aims:To study CMV/HCV infection/co-infection in HIV/non-HIV women and their newborns between 2006-2010, according to epidemiological, laboratory and clinical data; to evaluate frequency of CMV/HIV/HCV maternal-fetal transmission and analyse risk factors for infections. Methods:Plasma and/or urine of 137 HIV and 140 non-HIV women, attending a Lisbon Hospital and their 140 newborns were analysed at NIH. HIV-1 and/or HIV-2 proviral DNA nested-PCR was performed on HIV mothers and their newborn’s plasma. Maternal plasma was screened for CMV and HCV antibodies; RNA determination, genotyping and viral load were performed on women with HCV antibodies, their newborn’s plasma was also screened for HCV. Newborn’s urine was inoculated for CMV detection. Data analysis was performed using SPSS 17.0 and Fisher's exact test. Results:HIV1 vertical transmission was diagnosed in 3/140(2.1%) cases. CMV congenital infection was diagnosed in 4(2.9%) newborns from HIV women and no congenital CMV infection was diagnosed in newborns from non-HIV women. 2/137(1.5%) HIV women and 14/140(10.0%) non-HIV women were CMV seronegative. HCV infection was detected in 6(4.4%) HIV women; all had HCV positive viral load; different genotypes were found. One case of HCV perinatal transmission was diagnosed. No HCV antibodies were found in non-HIV women. No children were HIV/HCV or CMV/HCV coinfected but 2 were HIV/CMV coinfected. There is evidence of significant statistical associations with race/ethnicity and time of pregnancy. Conclusion:In this study HIV women had higher CMV/HCV antibody prevalence and frequency of maternal-fetal transmission than non-HIV women. 2/137 HIV seronegative newborns and 2/3 HIV newborns were CMV congenitally infected; this difference should be further studied, as the consequences of CMV/HCV infections may become increasingly serious and complex in the presence of HIV. This specific group is not representative of the Portuguese infected women, nevertheless the significant risk factors found and other risk factors studied without strong associations should be considered in larger studies.
- Defeitos Genéticos das Doenças Mitocondriais: Abordagem por Sequenciação de Nova GeraçãoPublication . Nogueira, Célia; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Vieira, Luis; Leão Teles, Elisa; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Janeiro, Patricia; Costa, Claúdia; Gaspar, Ana; Soares, Gabriela; Bandeira, Anabela; Martins, Esmeralda; Santos, Helena; Vilarinho, LauraObjetivos:O objetivo deste projeto de investigação é desenvolver uma estratégia de sequenciação de nova geração para a identificação das alterações genéticas em doentes suspeitos de doenças mitocondriais sem caracterização molecular.
- Diagnóstico das Doenças Mitocondriais por Sequenciação de Nova GeraçãoPublication . Nogueira, Célia; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Rodrigues, Esmeralda; Janeiro, Patricia; Sequeira, Sílvia; Santos, Helena; Martins, Esmeralda; Vilarinho, Laura; Vieira, Luis; Leão Teles, Elisa; Campos, Teresa; Costa, Cláudia; Gaspar, Ana; Dupont, Juliette; Soares, Gabriela; Bandeira, Anabela; Magalhães, Marina; Vieira, José PedroIntrodução e objetivos: As doenças mitocondriais constituem um importante grupo de doenças metabólicas de expressão clínica heterogénea, para as quais não existe uma terapia eficaz. Estas patologias podem ser causadas por defeitos genéticos quer no genoma mitocondrial, quer no nuclear. A sequenciação de nova geração (NGS) revolucionou o diagnóstico molecular destas doenças, uma vez que tem capacidade de gerar uma enorme quantidade de dados num curto espaço de tempo a um custo acessível. O objetivo deste estudo [Financiado pela FCT (PTDC/DTP-PIC/2220/2014) e pelo Norte 2020 (NORTE-01-0246-FEDER-000014)] é desenvolver uma estratégia de NGS para permitir o diagnóstico genético de doentes suspeitos de doenças mitocondriais.
- Doenças mitocondriais na era da sequenciação de nova geração: estudo de 450 doentesPublication . Nogueira, Célia; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Laranjeira, Mateus; Lopes, Altina; Neiva, Raquel; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Martins, Esmeralda; Bandeira, Anabela; Coelho, Margarida; Magalhães, Marina; Damásio, Joana; Gaspar, Ana; Janeiro, Patrícia; Gomes, Levy; Ferreira, Ana Cristina; Jacinto, Sandra; Vieira, José Pedro; Diogo, Luísa; Santos, Helena; Mendonça, Carla; Vilarinho, LauraAs doenças mitocondriais (DM) são doenças raras, clínica e geneticamente heterogéneas, de difícil diagnóstico, para as quais não existe uma terapia eficaz. O desenvolvimento da tecnologia de sequenciação de nova geração (NGS) revolucionou o diagnóstico molecular deste grupo de doenças, permitindo a identificação de novos genes associados a estas patologias. Nesta nova era genética, através da utilização da tecnologia de NGS, estudamos um grupo de 450 doentes suspeitos de DM, sem etiologia molecular. A nossa estratégia combinada de NGS, englobou a sequenciação de um painel de 213 genes nucleares associados a DM e do DNA mitocondrial completo. Neste estudo, identificamos variantes causais em 134 (30%) doentes analisados, 88 dos quais apresentaram variantes no DNA nuclear e 46 no DNA mitocondrial, tratando-se na maioria de doentes pediátricos (66%). Neste grupo de doentes, identificamos 72 variantes patogénicas descritas na literatura e 20 novas variantes provavelmente patogénicas, assim como 62 variantes de significado indeterminado. Como laboratório nacional de referência para o estudo e investigação das DM, demonstramos o contributo da tecnologia de NGS para esclarecer a etiologia molecular destes doentes, para expandir o espectro mutacional associado a estas patologias e oferecer um diagnóstico pré-natal e aconselhamento genético aos casais em risco.
- Fenilcetonúria em Portugal: 40 anos de rastreio neonatal (1979-2019)Publication . Ferreira, Filipa; Sousa, Luísa Azevedo Carmen; Neiva, Raquel; Fonseca, Helena; Marcão, Ana; Rocha, Hugo; Carmona, Célia; Ramos, Sónia; Bandeira, Anabela; Martins, Esmeralda; Campos, Teresa; Rodrigues, Esmeralda; Garcia, Paula; Diogo, Luísa; Ferreira, Ana Cristina; Sequeira, Silvia; Silva, Francisco; Rodrigues, Luísa; Gaspar, Ana; Janeiro, Patrícia; Amorim, António; Vilarinho, LauraA fenilcetonúria (PKU) é uma doença genética autossómica recessiva, devido a um erro hereditário do metabolismo dos aminoácidos. A PKU caracteriza-se por um aumento de fenilalanina, em resultado de uma deficiência da enzima hepática, fenilalanina hidroxilase (PAH), uma enzima codificada pelo gene PAH. É uma das 26 patologias integradas no painel das doenças rastreadas em Portugal, a partir de sangue colhido em papel de filtro para o “teste do pezinho”. A deteção precoce da doença tem como objetivo iniciar o tratamento nutricional atempadamente, de modo a prevenir os danos neurológicos nos doentes afetados. Em Portugal, desde 1979 e até ao final de 2019, foram rastreados através do Programa Nacional de Rastreio Neonatal 3 890 677 recém-nascidos. Sendo que, 356 são doentes com PKU e 37 são hiperfenilalaninemias moderadas. A prevalência ao nascimento da PKU e da hiperfenilalaninemia moderada no nosso país é de 1:10.929 e 1:36.123 recém-nascidos, respetivamente. Na Unidade de Rastreio Neonatal, Metabolismo e Genética do Departamento de Genética Humana do INSA foram caracterizados geneticamente 223 doentes. Neste estudo, foram identificadas 56 mutações já descritas na literatura, a maioria compostos heterozigóticos (74% dos doentes). As duas mutações mais prevalentes na população portuguesa são: c.782G>A (p.Arg261Gln), c.1066-10G>A (IVS10-11G>A), seguidas pelas mutações c.1162G>A (p.Val388Met) e c.194T>C (p.Ile65Thr). Este estudo revelou uma elevada heterogeneidade quer do ponto vista do fenótipo bioquímico quer ao nível molecular, o que poderá ser importante na resposta ao tratamento destes doentes uma vez que esta estará dependente do respetivo genótipo. Os dados deste estudo, contribuem para uma melhor compreensão e conhecimento epidemiológico da PKU em Portugal.
- Hyperammonaemic encephalopathy in a teenage girlPublication . Magalhães, Tiago; Campos, Teresa; Rodrigues, Esmeralda; Vasconcelos, Carla; Fontoura, Manuel; Vilarinho, Laura; Leão‐Teles, ElisaKey Points: - Blood ammonia levels should be measured in every encephalopathy of unknown origin, especially when an intoxication cause is thought; - Late-onset inherited metabolic disorders may only manifest in the presence of triggering environmental factors such as some drugs (e.g. anti-epileptics); an undiagnosed metabolic disorder should be considered in such cases.
- Mitochondrial disorders: insights into diagnosis and management in the new era of genomic medicinePublication . Nogueira, Célia; Vilarinho, Laura; Pereira, Cristina; Silva, Lisbeth; Vieira, Luís; Leão Teles, Elisa; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Janeiro, Patricia; Costa, Cláudia; Gaspar, Ana; Dupont, Juliette; Soares, Gabriela; Bandeira, Anabela; Martins, Esmeralda; Magalhães, Marina; Santos, HelenaObjectives: The overall aim of our research project was to develop a Next Generation Sequencing strategy to identify nuclear disease causing-mutations in patients suspicious of mitochondrial disorders but without molecular etiology.
- Mucopolissacaridoses em população pediátrica: resultados de uma abordagem de precoce no âmbito do projeto FINDPublication . Gaspar, Paulo; Neiva, Raquel; Silva, Lisbeth; Diogo, Luísa; Ferreira, Ana Cristina; Miranda, Ana M.; Antunes, Diana; Louro, Pedro; Ribeiro, Sara; Oliveira, Sara; Garcia, Paula; Rodrigues, Esmeralda; Campos, Teresa; Silva, Carmen; Janeiro, Patricia; Sousa, Sérgio; Lopes, Altina; Nogueira, Célia; Pereira, Cristina; Alves, Sandra; Teles, Elisa Leão; Vilarinho, LauraAs Mucopolissacaridoses (MPSs), constituem um subgrupo das Doenças Lisossomais de Sobrecarga, causadas por deficiências em enzimas lisos somais, que catalisam a degradação dos glicosaminoglicanos. As MPSs têm apresentação multissistémica, heterogénea e consequentemente de diagnóstico difícil. O projeto FIND tem como objetivo alertar os clínicos para sinais e sintomas de risco ao mesmo tempo que disponibiliza uma ferramenta de diagnóstico. Este estudo pretende descrever uma abordagem desenvolvida no âmbito do projeto FIND para identificar doentes com mucopolissacaridoses (MPSs) em idade pediátrica, antes do aparecimento dos sintomas mais graves. A identificação atempada permitirá uma intervenção terapêutica precoce, assim como oferecer aconselhamento genético às famílias afetadas. O projeto FIND permitiu a identificação de 12 doentes de MPSs e a sua refe renciação para os respetivos centros de tratamento. Este estudo, para além da sua vertente educativa, coloca à disposição dos clínicos um ótimo meio para a identificação e caraterização de casos sinto máticos de MPS em idade pediátrica.