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Sequenciação de nova geração e efetividade da vacina antigripal: um estudo sobre o vírus da gripe A(H3), em doentes com síndroma gripal, épocas 2016/2017 e 2017/2018

2018-12Journal article Open access
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dc.contributor.authorPechirra, Pedro
dc.contributor.authorBorges, Vítor
dc.contributor.authorCristóvão, Paula
dc.contributor.authorCosta, Inês
dc.contributor.authorConde, Patrícia
dc.contributor.authorMachado, Ausenda
dc.contributor.authorRodrigues, Ana Paula
dc.contributor.authorGomez, Verónica
dc.contributor.authorKislaya, Irina
dc.contributor.authorMendonça, Joana
dc.contributor.authorNunes, Baltazar
dc.contributor.authorGomes, João Paulo
dc.contributor.authorGuiomar, Raquel
dc.date.accessioned2019-01-04T18:26:49Z
dc.date.available2019-01-04T18:26:49Z
dc.date.issued2018-12
dc.description.abstractA tecnologia de sequenciação de nova geração (NGS) permite uma análise genética do vírus da gripe muito mais profunda, quando comparada com a sequenciação pelo método de Sanger, pois permite a análise do genoma viral completo (e não apenas do gene da hemaglutinina). O presente estudo teve como objectivo realizar a análise filogenética e mutacional do vírus da gripe A(H3) de forma a pesquisar possíveis marcadores genéticos e padrões de recombinação que estejam relacionados com a efectividade vacinal. Foram obtidas sequências do genoma completo para 179 vírus A(H3), detectados em casos de síndroma gripal no âmbito do projecto EuroEVA/IMOVE+ durante duas épocas de gripe: 2016/2017 e 2017/2018. Dos vírus sequenciados, 28 pertenciam a vírus de casos vacinados (15,6%). Destes, apenas 16 apresentaram mutações não encontradas em casos não vacinados, no entanto, todas elas emergiram de forma esporádica. Foi revelada a existência de recombinação genómica intrasubtípica, e identificados 4 perfis distintos de recombinação. O grupo em que todos os segmentos genómicos são semelhantes a A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 foi o que registou uma maior percentagem de falhas da vacina (20,3%).pt_PT
dc.description.abstractNex t-generation sequencing technology allow a much deeper genetic analysis of influenza virus comparing to Sanger sequencing, since allows a whole genome analysis instead of a HA-based one. The present study aimed to per form phylogenetic and mutational analysis of influenza A(H3) viruses in order to search for putative genetic markers, as well as reassor tment patterns related with vaccine ef fectiveness. Were obtained whole genome sequences for 179 influenza A(H3) viruses, detected in ILI cases in the scope of EuroEVA/I-MOVE+ project during 2 winter seasons: 2016/2017 and 2017/2018. From sequenced viruses, 28 were from vaccinated cases (15.6%). From these, 16 presented mutations, not found in viruses from non-vaccinated cases, however, these mutations have emerged sporadically. Were identified four dif ferent patterns of intrasubtype reassor tment. The group with an A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016-like profile included a higher percentage of vaccine failures (20.3%).pt_PT
dc.description.sponsorshipEste trabalho foi realizado no âmbito I-MOVE/I-MOVE+ financiado pelo programa Horizonte 2020 e pelo European Centre for Disease Prevention and Control.pt_PT
dc.description.versioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersionpt_PT
dc.identifier.citationBoletim Epidemiológico Observações. 2018;7(Supl 10):22-28pt_PT
dc.identifier.issn0874-2928
dc.identifier.issn2182-8873 (em linha)
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10400.18/5694
dc.language.isoporpt_PT
dc.publisherInstituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, IPpt_PT
dc.relationInitiative for the MObility and deVElopment of researchers’careers
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/pt_PT
dc.subjectVírus da Gripept_PT
dc.subjectInfluenzapt_PT
dc.subjectVírus da Gripe A(H3)pt_PT
dc.subjectVacina Antigripalpt_PT
dc.subjectEfetividade da Vacinapt_PT
dc.subjectÉpoca 2016/2017pt_PT
dc.subjectÉpoca 2017/2018pt_PT
dc.subjectInfecções Respiratóriaspt_PT
dc.subjectDoenças Infecciosaspt_PT
dc.subjectSequenciação de Nova Geraçãopt_PT
dc.subjectSequenciação do Genoma Completopt_PT
dc.subjectVigilância Laboratorialpt_PT
dc.subjectSaúde Públicapt_PT
dc.subjectPortugalpt_PT
dc.titleSequenciação de nova geração e efetividade da vacina antigripal: um estudo sobre o vírus da gripe A(H3), em doentes com síndroma gripal, épocas 2016/2017 e 2017/2018pt_PT
dc.title.alternativeNew generation sequencing and effectiveness of the influenza vaccine: a study on influenza A (H3) virus in patients with influenza, 2016/2017 and 2017/2018pt_PT
dc.typejournal article
dspace.entity.typePublication
oaire.awardTitleInitiative for the MObility and deVElopment of researchers’careers
oaire.awardURIinfo:eu-repo/grantAgreement/EC/FP7/267232/EU
oaire.citation.conferencePlaceLisbao, Portugalpt_PT
oaire.citation.endPage28pt_PT
oaire.citation.issueSupl 10pt_PT
oaire.citation.startPage22pt_PT
oaire.citation.titleBoletim Epidemiológico Observaçõept_PT
oaire.citation.volume7pt_PT
oaire.fundingStreamFP7
project.funder.identifierhttp://doi.org/10.13039/501100008530
project.funder.nameEuropean Commission
rcaap.rightsopenAccesspt_PT
rcaap.typearticlept_PT
relation.isProjectOfPublicationeb7f5a38-f4e2-4b0d-831e-b5dc916b55fe
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