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- Heterogeneous Selective Pressure Acting on Influenza B Victoria- and Yamagata-Like HemagglutininsPublication . Nunes, Baltazar; Pechirra, Pedro; Coelho, Anabela; Ribeiro, Carlos; Arraiolos, Ana; Rebelo-de-Andrade, HelenaAs a consequence of immune pressure, influenza virus hemagglutinin presents some of its amino acids under positive selection. Several authors have reported the existence of influenza A hemagglutinin codons under positive selective pressure (PSP). In this framework, the present work objectives were to demonstrate the presence of PSP and evaluate its effects on Victoria- and Yamagata-like influenza B viruses. Methodology adopted consisted in estimating the acceptance rate of nonsynonymous substitutions (ω = dN/dS) that describe the strength of selective pressure and identifying codons that may be positively selected, applying a set of continuous-time Markov chain codon-substitution models. Two groups of HA1 sequences (140 from Yamagata and 60 from Victoria lineage) were used. All the model maximum-likelihood estimates were obtained using codeml software application (PAML 3.15). The hypothesis of no existence of sites under PSP was rejected for both lineages (p<0.001), using likelihood ratio tests. These results demonstrate the presence of positive selection acting on hemagglutinin of both Yamagata- and Victoria-like influenza B viruses. Several different sites were identified to be under PSP on Yamagata and Victoria hemagglutinins. Sites found with a posterior probability >0.95 were codons 197 and 199 in both lineages, codon 75 in the Yamagata lineage, and codon 129 in the Victoria lineage. The detected amino acids are located at or near antigenic sites in influenza A virus H3 hemagglutinin.
- Genome-wide linkage analyses of quantitative and categorical autism subphenotypesPublication . Liu, X.Q.; Paterson, A.D.; Szatmari, P.; Autism Genome Project ConsortiumThe search for susceptibility genes in autism and autism spectrum disorders (ASD) has been hindered by the possible small effects of individual genes and by genetic (locus) heterogeneity. To overcome these obstacles, one method is to use autism-related subphenotypes instead of the categorical diagnosis of autism since they may be more directly related to the underlying susceptibility loci. Another strategy is to analyze subsets of families that meet certain clinical criteria to reduce genetic heterogeneity.
- Tuberculosis in a shopping centre, Portugal, 2004-5Publication . Duarte, R.; Miranda, A.; Braga, R.; Carvalho, A.; Rola, J.; Marques, A.; Barros, H.Genotyping enables to confirm or exclude a tuberculosis (TB) cluster. Excluding the link between cases is particularly important in countries with intermediate/high incidence of TB where the emergence of several TB cases in a particular location in space or time (higher than the expected) could be explained by chance alone. During 2004 and 2005, five TB cases occurred in five shops of a Portuguese shopping centre which employed a total of about 1000 workers. After an epidemiological survey, 52 close contacts were identified and screened. Latent tuberculosis infection was diagnosed in 10 contacts (eight family members and two work colleagues of cases). Genotyping of the Mycobacterium tuberculosis isolates revealed no link between the cases. For this reason no screening of all staff of the shopping centre was carried out. However, close contacts (52) and all fellow workers (1000) were kept under surveillance for two years, and no additional cases were diagnosed. The present analysis demonstrates that the exclusion of a chain of ongoing transmission by genotyping for the investigation of a cluster is cost-effective from the perspective of the public health service, because it allows to avoid unnecessary large scale screening operation and instead to direct resources to more effective measures of TB control.
- Avaliação Microbiológica do Estado Higiénico de Mãos ou Mãos com LuvasPublication . Saraiva, MargaridaO Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, I.P. (INSA, I.P.) tem por missão contribuir para ganhos em saúde pública, nomeadamente como laboratório do Estado no sector da saúde, laboratório nacional de referência, em que lhe é reconhecida competência de promover, organizar e coordenar programas de avaliação externa da qualidade no âmbito laboratorial (Decreto-Lei n.º 27/2012, de 8 de fevereiro). O Programa Nacional de Avaliação Externa da Qualidade em Microbiologia de Alimentos foi implementado em Setembro de 2001, pelo Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, I.P., através dos Laboratórios de Microbiologia do Departamento de Alimentação e Nutrição (Lisboa e Porto). Está inserido num programa a nível mundial que engloba mais de 50 países, coordenado pela Food and Environment Proficiency Testing Unit (FEPTU), da Public Health England (PHE), de Londres (desde o dia 1 de Abril de 2013, a Health Protection Agency (HPA) foi integrada na nova organização Public Health England). Uma característica dos Programas AEQ é oferecer aconselhamento/consultoria aos participantes que o solicitem, promovendo a melhoria da qualidade. A existência de um Programa Nacional facilita esta interligação e permite atingir esse objetivo. Tendo iniciado com 23 laboratórios participantes, no ano 2017/18 estão inscritos 44 laboratórios, públicos e privados, de Saúde Pública, de Controlo Oficial dos géneros alimentícios, da Indústria Alimentar, de Estabelecimentos de Ensino Superior, de Escolas Profissionais e de Prestação de Serviços, provenientes de diversas regiões de Portugal continental e dos arquipélagos dos Açores e da Madeira, assim como de países de língua oficial portuguesa. Todos os “PHE EQA Schemes” estão acreditados pelo United Kingdom Accreditation Service (UKAS) de acordo com a ISO/IEC 17043: 2010 – Conformity assessment - General requirements for proficiency testing. Os ensaios interlaboratoriais organizados pelo INSA, I.P. são aceites pelo Instituto Português de Acreditação (IPAC). As reuniões nacionais são uma iniciativa do Programa em Portugal que se concretiza todos os anos, sendo um ponto de encontro dos participantes e cujo objetivo é analisar e discutir os resultados globais obtidos pelos participantes nacionais no contexto mundial, assim como contribuir para a formação dos técnicos dos laboratórios e constituir-se como um ponto de convergência, de diálogo, de formação e de partilha de experiências, de preocupações e de responsabilidades, transversais aos laboratórios da área da Microbiologia Alimentar. Decorreu, dia 17 de outubro de 2008, no auditório do INSA, I.P. em Lisboa, a 7ª Reunião Nacional do Programa Nacional de Avaliação Externa da Qualidade em Microbiologia de Alimentos.