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- Bacteroides spp. and traditional fecal indicator bacteria in water quality assessment – An integrated approach for hydric resources management in urban centersPublication . Teixeira, Pedro; Dias, Deodália; Costa, Sílvia; Brown, Bárbara; Silva, Susana; Valério, ElisabeteAs part of a sustainable water resources management, the Lisbon municipality identified groundwater and treated wastewater use increase as two opportunities for better and sustainable water use, with natural safeguard for public health as a priority. In this context, the aim of our research was to assess the suitability of the human-associated marker gene Bacteroides HF183 and the cattle feces-associated CowM2, in routine water quality monitoring as indicators for water use and reuse, providing a tool to more accurately assess public health risks. To this intent, Real-Time quantitative PCR was used for detection of human-associated marker gene Bacteroides HF183 and the bovine-associated CowM2, in a total of 67 samples - groundwater and wastewater at three different treatment stages of a Waste Water Treatment Plant, in Lisbon. HF183 marker gene was detected in treated and untreated wastewater samples, with significant concentration reductions from untreated (6,07 E+07 copies/mL) to secondary treated effluent (1,86 E+05 copies/mL) and a further decrease in tertiary treatment (5,74 E+04 copies/mL). In groundwater samples, this marker was also detected in concentrations ranging from 2,63 E+02 copies/mL to 2,24 E+03 copies/mL. CowM2 marker gene on the other hand was only detected in wastewater samples, with concentrations ranging from 2,47 E+02 copies/mL to 1,17 E+04 copies/mL. Our research indicates that the use of Bacteroides spp. in association with traditional fecal indicator bacteria (FIB) is advantageous for water managing entities in urban settings, such as Lisbon, were drainage system failures may occur. An integrated approach thus provides crucial and more adequate information towards mitigation and correction measures when fecal contamination is detected in environmental waters.
- Deteção de vírus entéricos por real-time RT-qPCR em águas superficiais, subterrâneas, de consumo e águas residuaisPublication . Teixeira, Pedro; Ferreira, Filipa Costa; Rodrigues, Raquel; Valério, ElisabeteA água é essencial à vida, e por isso torna-se absolutamente necessário protegê-la e assegurar a sua disponibilidade e qualidade para os diversos fins a que se destina. De uma perspetiva microbiológica, a avaliação e monitorização da qualidade da água são usualmente efetuadas recorrendo a bactérias indicadoras de contaminação fecal (FIB) como Escherichia coli ou Enterococcus spp., atuando como potenciais indicadores da presença de agentes patogénicos. No entanto, a ocorrência destes indicadores nem sempre se correlaciona com a presença de agentes patogénicos. Por esta razão, e considerando a importância do uso sustentável dos recursos hídricos, as atuais normas e legislação necessitam de uma revisão que garanta a salvaguarda da saúde pública, em particular no contexto de utilização de água residual tratada. Neste estudo foi desenvolvida uma metodologia para a preparação de amostras e extração de RNA para a pesquisa e quantificação de vírus entéricos - norovírus (NoV) genogrupos I (GI) e II (GII) e vírus da Hepatite A, através de RT-PCR quantitativo em tempo real, além de terem sido avaliados alguns dos tradicionais indicadores microbiológicos. Foram colhidas e analisadas amostras de água naturais (superficiais e subterrâneas) e de consumo; e águas residuais em três fases distintas de tratamento – afluente bruto não tratado, efluente com tratamento secundário por lamas ativadas e efluente sujeito a tratamento terciário por filtração com areias e exposição a radiação ultravioleta (UV). O trabalho desenvolvido permitiu detetar e quantificar os vírus entéricos em estudo e ainda demonstrar que a ausência de FIB não implica a ausência de microrganismos patogénicos, nomeadamente NoV GI e GII em águas residuais sujeitas a tratamento terciário nas ETAR. Os resultados obtidos indicam assim que podem persistir riscos para a saúde pública na utilização de águas residuais tratadas, mesmo com tratamento terciário como a utilização de UV.
- Environmental and Adaptive Changes Necessitate a Paradigm Shift for Indicators of Fecal ContaminationPublication . Teixeira, Pedro; Salvador, Daniel; Brandão, João; Ahmed, Warish; Sadowsky, Michael J.; Valério, ElisabeteChanges in the occurrence, distribution, and seasonal variation of waterborne pathogens due to global climate change may increase the risk of human exposure to these microorganisms, thus heightening the need for more reliable surveillance systems. Routine monitoring of drinking water supplies and recreational waters is performed using fecal indicator microorganisms, such as Escherichia coli, Enterococcus spp., and coliphages. However, the presence and numbers of these indicators, especially E. coli and Enterococcus spp., do not correlate well with those of other pathogens, especially enteric viruses, which are a major cause of waterborne outbreaks associated with contaminated water and food, and recreational use of lakes, ponds, rivers, and estuarine waters. For that reason, there is a growing need for a surveillance system that can detect and quantify viral pathogens directly in water sources to reduce transmission of pathogens associated with fecal transmission. In this review, we present an updated overview of relevant waterborne enteric viruses that we believe should be more commonly screened to better evaluate water quality and to determine the safety of water use and reuse and of epidemiological data on viral outbreaks. We also discuss current methodologies that are available to detect and quantify these viruses in water resources. Finally, we highlight challenges associated with virus monitoring. The information presented in this review is intended to aid in the assessment of human health risks due to contact with water sources, especially since current environmental and adaptive changes may be creating the need for a paradigm shift for indicators of fecal contamination.
- Genetic Complexity of CC5 Isolates Associated with Sternal Bursitis in Chickens: Antimicrobial Resistance, Virulence, Plasmids, and Biofilm Formation.Publication . Silva, Vanessa; Ribeiro, Jessica; Teixeira, Pedro; Pinto, Pedro; Vieira-Pinto, Madalena; Poeta, Patrícia; Caniça, Manuela; Igrejas, GilbertoSternal bursitis, a common inflammatory condition in poultry, poses significant challenges to both animal welfare and public health. This study aimed to investigate the prevalence, antimicrobial resistance, and genetic characteristics of isolates associated with sternal bursitis in chickens. Ninety-eight samples were collected from affected chickens, and 24 isolates were identified. Antimicrobial susceptibility testing revealed resistance to multiple agents, with a notable prevalence of aminoglycoside resistance genes. Whole genome sequencing elucidated the genetic diversity and virulence profiles of the isolates, highlighting the predominance of clonal complex 5 (CC5) strains. Additionally, biofilm formation assays demonstrated moderate biofilm production capacity among the isolates. These findings underscore the importance of vigilant monitoring and targeted interventions to mitigate the impact of sternal bursitis in poultry production systems.
- Inquérito Alimentar Nacional e de Atividade Física, IAN-AF 2015-2016: relatório de resultadosPublication . Lopes, Carla; Torres, Duarte; Oliveira, Andreia; Severo, Milton; Alarcão, Violeta; Guiomar, Sofia; Mota, Jorge; Teixeira, Pedro; Rodrigues, Sara; Lobato, Liliane; Magalhães, Vânia; Correia, Daniela; Carvalho, Catarina; Pizarro, Andreia; Marques, Adilson; Vilela, Sofia; Oliveira, Luísa; Nicola, Paulo; Soares, Simão; Ramos, ElisabeteEste relatório foi realizado com informação recolhida no âmbito do Inquérito Alimentar Nacional e de Atividade Física (IAN-AF 2015-2016), desenvolvido por um Consórcio que tem como Promotor a Universidade do Porto. O IAN-AF recebeu financiamento do Espaço Económico Europeu concedido pela Islândia, Liechtenstein e Noruega através do Programa EEA Grants - Iniciativas de Saúde Pública, área dos Sistemas de Informação em Saúde (PT06 - 000088SI3). O IAN-AF teve o apoio institucional da Direção-Geral da Saúde, da Administração Central do Sistema de Saúde, das Administrações Regionais de Saúde, das Secretarias Regionais de Saúde dos Açores e da Madeira e da Autoridade Europeia para a Segurança dos Alimentos.
- Inquérito Alimentar Nacional e de Atividade Física, IAN-AF 2015-2016: relatório metodológicoPublication . Lopes, Carla; Torres, Duarte; Oliveira, Andreia; Severo, Milton; Alarcão, Violeta; Guiomar, Sofia; Mota, Jorge; Teixeira, Pedro; Ramos, Elisabete; Rodrigues, Sara; Vilela, Sofia; Oliveira, Luísa; Nicola, Paulo; Soares, Simão; Frost Andersen, Lene; Consórcio IAN-AFO Inquérito Alimentar Nacional e de Atividade Física (IAN-AF) 2015-2016 teve como objetivo primário recolher informação de representatividade nacional e regional (dos 3 meses aos 84 anos de idade) sobre o consumo alimentar (incluindo a ingestão e suplementação nutricionais, a segurança dos alimentos e a insegurança alimentar) e sobre a atividade física (incluindo os comportamentos sedentários, as atividades desportivas/de lazer e as escolhas ativas na rotina diária) e a sua relação com determinantes em saúde, nomeadamente os socioeconómicos. O projeto foi desenvolvido por um Consórcio, envolvendo investigadores da Universidade do Porto (Promotor), da Universidade de Lisboa, do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), da Universidade de Oslo e da empresa SilicoLife. Os participantes foram selecionados aleatoriamente por um processo de amostragem bietápica, a partir do Registo Nacional de Utentes do Serviço Nacional de Saúde: i) seleção aleatória de Unidades Funcionais de Saúde em cada Unidade Territorial para Fins Estatísticos (NUTS II), ponderada para o número de inscritos; ii) seleção aleatória de indivíduos registados em cada Unidade Funcional de Saúde, com um número fixo de elementos por sexo e grupo etário. Avaliaram-se 6553 participantes através de uma entrevista presencial e destes, 5811 completaram as duas entrevistas previstas, intervaladas no tempo entre 8 a 15 dias e distribuídas ao longo de 12 meses (outubro de 2015 a setembro de 2016), incluindo as quatro estações do ano e todos os dias da semana, de forma a ajustar para a variabilidade intra-individual e para a sazonalidade dos comportamentos alimentares e de atividade física. A metodologia utilizada incluiu ferramentas e protocolos harmonizados no contexto Europeu, de acordo com o definido no inquérito pan-Europeu EU-MENU, promovido pela Autoridade Europeia para a Segurança dos Alimentos (EFSA), integrados numa plataforma eletrónica assistida por computador, especificamente desenvolvida (Plataforma “You eAT&Move”). O Módulo “You” permite a recolha de informação sociodemográfica, de saúde geral, de antropometria, de propensão alimentar e de insegurança alimentar. Os parâmetros antropométricos (peso, estatura, perímetros do braço, cintura e anca) foram objetivamente medidos de acordo com procedimentos padronizados. A insegurança alimentar foi avaliada através de uma adaptação do questionário desenvolvido por Cornell/Radimer (1990), que fornece estimativas a nível nacional de insegurança alimentar, para as famílias, com e sem menores de 18 anos, recolhendo informação sobre quatro dimensões subjacentes à experiência de insegurança alimentar: disponibilidade, acesso, utilização e estabilidade/resiliência. O módulo “eAT24” permite a recolha de informação alimentar através de dois questionários às 24 horas anteriores (ou diários alimentares de dois dias nas crianças com idade <10 anos), sincronizada com dados de composição nutricional dos alimentos e receitas da Tabela da Composição de Alimentos Portuguesa (INSA), adaptada. A quantificação de porções alimentares incluiu um manual fotográfico especificamente desenvolvido para o efeito (1006 fotos de alimentos e receitas e 11 fotos de medidas caseiras). A classificação e descrição dos alimentos foram realizadas com base no sistema FoodEx2. Esta informação permite caracterizar as dimensões de consumo alimentar e nutricional e de segurança dos alimentos. O módulo “Move” permite a recolha de informação de atividade física e inclui os sub-módulos International Physical Activity Questionnaire (IPAQ), Activity Choice Index (ACI) (≥ 15 anos) e diários de atividade física de 4 dias (2 dias consecutivos e 2 dias de fim de semana) em crianças e adolescentes (6-14 anos), sincronizados com os dados de equivalentes metabólicos associados aos diferentes tipos de atividades. Esta informação permite caracterizar as dimensões de comportamentos sedentários, atividades desportivas e escolhas ativas na rotina diária. A criação de evidência nacional, desagregada por áreas geográficas, para diferentes grupos populacionais (crianças, adolescentes, adultos, idosos), constitui uma base descritiva essencial para o planeamento em saúde. O conhecimento produzido pelo IAN-AF 2015- 2016 permite dar resposta a prioridades estratégicas em saúde, nacionais e internacionais, e constitui uma base sólida para o desenvolvimento de políticas de educação alimentar e de atividade física, bem como de políticas de segurança alimentar, em Portugal e na União Europeia.
- Microbial Source Tracking (MST) - os vírus como indicadores de contaminação humana e animalPublication . Teixeira, PedroPretende-se neste projeto de colaboração entre a CML e o INSA implementar metodologias de rotina para detecção de vírus em diversas matrizes de água e avaliar o seu valor como indicadores de qualidade da água.
- Microbial Source Tracking as a Method of Determination of Beach Sand ContaminationPublication . Valério, Elisabete; Santos, Maria Leonor; Teixeira, Pedro; Matias, Ricardo; Mendonça, João; Ahmed, Warish; Brandão, JoãoBeach sand may act as a reservoir for numerous microorganisms, including enteric pathogens. Several of these pathogens originate in human or animal feces, which may pose a public health risk. In August 2019, high levels of fecal indicator bacteria (FIB) were detected in the sand of the Azorean beach Prainha, Terceira Island, Portugal. Remediation measures were promptly implemented, including sand removal and the spraying of chlorine to restore the sand quality. To determine the source of the fecal contamination, during the first campaign, supratidal sand samples were collected from several sites along the beach, followed by microbial source tracking (MST) analyses of Bacteroides marker genes for five animal species, including humans. Some of the sampling sites revealed the presence of marker genes from dogs, seagulls, and ruminants. Making use of the information on biological sources originating partially from dogs, the municipality enforced restrictive measures for dog-walking at the beach. Subsequent sampling campaigns detected low FIB contamination due to the mitigation and remediation measures that were undertaken. This is the first case study where the MST approach was used to determine the contamination sources in the supratidal sand of a coastal beach. Our results show that MST can be an essential tool to determine sources of fecal contamination in the sand. This study shows the importance of holistic management of beaches that should go beyond water quality monitoring for FIB, putting forth evidence for beach sand monitoring.
- Microbiological and chemical quality of ice used to preserve fish in Lisbon marketplacesPublication . Teixeira, Pedro; Brandão, João; Silva, Susana; Babič, Monika Novak; Gunde-Cimerman, Nina; Pires, Joana; Costa, Sílvia; Valério, ElisabeteIce is widely used to preserve fish on markets, playing a major role in the food industry. If manufactured, stored or distributed in inadequate sanitary conditions, it can represent a considerable health risk for both consumers and professionals. The present study characterizes ice used in marketplaces, on microbiological and chemical parameters. The aim was to assess potential risks on occupational exposure and consumer safety and therewith plan orientation guidelines. Sampling took place in 18 marketplaces in Lisbon, with ice samples collected at three different stages— production (n = 29), storage (n = 30), and product-contact (n = 29). No significant contamination was found in production and storage stages, demonstrating that ice production and storage procedures are adequate regarding sanitary conditions. With exception for Salmonella, significantly higher concentrations of microbial parameters were identified in product-contact stages, specifically Total Coliforms (548 MPN/100 mL), Escherichia coli (1 MPN/100 mL), Enterococci (29 MPN/100 mL), Staphylococcus aureus (271 CFU/100 mL), HPC at 5 , 22 , and 37 (>301 CFU/mL). Our study also shows that the majority of samples from ice production and storage comply with national regulations regarding drinking water quality. Yet, occupational health and consumer risks may still exist at the final product-contact stage, as significant contamination was detected.. Practical applications The present study can be used as a model for ice quality monitoring in fish preservation, serving as a tool for quality control and fast contamination detection during the several process stages. This monitoring model is an important contribution for assuring the safety of the preserved products, as well as, occupational health improvement and consumer risk protection.
- National Food, Nutrition and Physical Activity Survey of the Portuguese general populationPublication . Lopes, Carla; Torres, Duarte; Oliveira, Andreia; Severo, Milton; Guiomar, Sofia; Alarcão, Violeta; Vilela, Sofia; Ramos, Elisabete; Rodrigues, Sara; Oliveira, Luísa; Nicola, Paulo; Mota, Jorge; Teixeira, Pedro; Soares, SimãoThe National Food, Nutrition and Physical Activity Survey of the Portuguese general population aimed to collect nationwide and regional data on dietary intake and physical activity, and their relation with health determinants, namely socioeconomic factors. Results from this project were obtained from a representative sample of the Portuguese population, aged between three months to 84 years of age, selected from the National Heath Registry, by multistage sampling (a sample size of 5068 individuals was estimated and 5811 participants with two dietary assessments were achieved). To accomplish the EFSA requirements, a minimum, of 260 individuals in each age group (130 by sex) was planned. Two face-to-face interviews were conducted at a health care centre or participant’s home. Dietary intake was obtained by two non-consecutive days of food diaries for children (<10 years old) and two non-consecutive 24-hours recalls for the older age groups, with a time interval between 8 and 15 days, complemented with a Food Propensity Questionnaire. An electronic platform based on a client-server architecture was used to manage the field work and to assist the data collection. The Electronic Assessment Tool for 24-hours recall (eAT24) allowed the collection of dietary data by an Automated Multiple-Pass Method for 24-hours. This interview-based dietary assessment instrument allowed obtaining a very detailed description and quantification of foods, recipes, and food supplements consumed in the course of the preceding day, and it had several adaptations, described in detail in this report. The survey outcomes support solid evidence-based information covering all age groups of the population, using harmonized methodologies at the European level, and will contribute to develop a national infrastructure for monitoring progress of specific targets supporting national and European policies and future interventions on diet, physical activity and food safety.