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- Addressing Critical Fungal Pathogens Under a One Health Perspective: Key Insights from the Portuguese Association of Medical MycologyPublication . Sabino, Raquel; Antunes, Francisco; Araujo, Ricardo; Bezerra, A. R.; Brandão, João; Carneiro, Carla; Carvalho, Agostinho; Carvalho, D.; Conceição, I.C.; Cota-Medeiros, Fábio; Cruz, C.; Duarte, Elsa Leclerc; Holum, S.; Matos, O.; Maltez, F.; Mendonça, Alexandre; Moura, G.; Pereira, A.; Fortuna R., Celia; Teixeira, Pedro; de Valdoleiros, Sofia R.; Verissímo, Cristina; Viegas, Carla; Portuguese Association of Medical Mycology (ASPOMM); CarneiroFungal infections have emerged as a significant public health concern, especially with the increasing incidence of severe mycoses caused by pathogens such as Aspergillus fumigatus, Candida auris, Candida albicans, and Cryptococcus neoformans. These fungi, listed as critical priorities by the World Health Organization, pose a heightened risk due to rising antifungal resistance and their severe impact on immunocompromised individuals. This article, coordinated by the Portuguese Association of Medical Mycology, highlights the importance of adopting a One Health perspective to address fungal threats comprehensively. Drawing on interdisciplinary collaboration, the association aims to foster greater awareness, improve diagnostic capabilities, and stimulate research and public health policies in Portugal but also at global level. The paper outlines key strategies for surveillance, prevention, and innovation in fungal diagnostics and therapeutics. Moreover, it emphasizes the urgent need for national coordination and international cooperation in managing fungal infections, advocating for integrative approaches that link human, animal, and environmental health. By presenting aconsolidated overview of current challenges and future priorities, this work seeks to enhance preparedness and response mechanisms in the face of escalating fungal threats.
- Bacteroides spp. and traditional fecal indicator bacteria in water quality assessment – An integrated approach for hydric resources management in urban centersPublication . Teixeira, Pedro; Dias, Deodália; Costa, Sílvia; Brown, Bárbara; Silva, Susana; Valério, ElisabeteAs part of a sustainable water resources management, the Lisbon municipality identified groundwater and treated wastewater use increase as two opportunities for better and sustainable water use, with natural safeguard for public health as a priority. In this context, the aim of our research was to assess the suitability of the human-associated marker gene Bacteroides HF183 and the cattle feces-associated CowM2, in routine water quality monitoring as indicators for water use and reuse, providing a tool to more accurately assess public health risks. To this intent, Real-Time quantitative PCR was used for detection of human-associated marker gene Bacteroides HF183 and the bovine-associated CowM2, in a total of 67 samples - groundwater and wastewater at three different treatment stages of a Waste Water Treatment Plant, in Lisbon. HF183 marker gene was detected in treated and untreated wastewater samples, with significant concentration reductions from untreated (6,07 E+07 copies/mL) to secondary treated effluent (1,86 E+05 copies/mL) and a further decrease in tertiary treatment (5,74 E+04 copies/mL). In groundwater samples, this marker was also detected in concentrations ranging from 2,63 E+02 copies/mL to 2,24 E+03 copies/mL. CowM2 marker gene on the other hand was only detected in wastewater samples, with concentrations ranging from 2,47 E+02 copies/mL to 1,17 E+04 copies/mL. Our research indicates that the use of Bacteroides spp. in association with traditional fecal indicator bacteria (FIB) is advantageous for water managing entities in urban settings, such as Lisbon, were drainage system failures may occur. An integrated approach thus provides crucial and more adequate information towards mitigation and correction measures when fecal contamination is detected in environmental waters.
- Deteção de vírus entéricos por real-time RT-qPCR em águas superficiais, subterrâneas, de consumo e águas residuaisPublication . Teixeira, Pedro; Ferreira, Filipa Costa; Rodrigues, Raquel; Valério, ElisabeteA água é essencial à vida, e por isso torna-se absolutamente necessário protegê-la e assegurar a sua disponibilidade e qualidade para os diversos fins a que se destina. De uma perspetiva microbiológica, a avaliação e monitorização da qualidade da água são usualmente efetuadas recorrendo a bactérias indicadoras de contaminação fecal (FIB) como Escherichia coli ou Enterococcus spp., atuando como potenciais indicadores da presença de agentes patogénicos. No entanto, a ocorrência destes indicadores nem sempre se correlaciona com a presença de agentes patogénicos. Por esta razão, e considerando a importância do uso sustentável dos recursos hídricos, as atuais normas e legislação necessitam de uma revisão que garanta a salvaguarda da saúde pública, em particular no contexto de utilização de água residual tratada. Neste estudo foi desenvolvida uma metodologia para a preparação de amostras e extração de RNA para a pesquisa e quantificação de vírus entéricos - norovírus (NoV) genogrupos I (GI) e II (GII) e vírus da Hepatite A, através de RT-PCR quantitativo em tempo real, além de terem sido avaliados alguns dos tradicionais indicadores microbiológicos. Foram colhidas e analisadas amostras de água naturais (superficiais e subterrâneas) e de consumo; e águas residuais em três fases distintas de tratamento – afluente bruto não tratado, efluente com tratamento secundário por lamas ativadas e efluente sujeito a tratamento terciário por filtração com areias e exposição a radiação ultravioleta (UV). O trabalho desenvolvido permitiu detetar e quantificar os vírus entéricos em estudo e ainda demonstrar que a ausência de FIB não implica a ausência de microrganismos patogénicos, nomeadamente NoV GI e GII em águas residuais sujeitas a tratamento terciário nas ETAR. Os resultados obtidos indicam assim que podem persistir riscos para a saúde pública na utilização de águas residuais tratadas, mesmo com tratamento terciário como a utilização de UV.
- Environmental and Adaptive Changes Necessitate a Paradigm Shift for Indicators of Fecal ContaminationPublication . Teixeira, Pedro; Salvador, Daniel; Brandão, João; Ahmed, Warish; Sadowsky, Michael J.; Valério, ElisabeteChanges in the occurrence, distribution, and seasonal variation of waterborne pathogens due to global climate change may increase the risk of human exposure to these microorganisms, thus heightening the need for more reliable surveillance systems. Routine monitoring of drinking water supplies and recreational waters is performed using fecal indicator microorganisms, such as Escherichia coli, Enterococcus spp., and coliphages. However, the presence and numbers of these indicators, especially E. coli and Enterococcus spp., do not correlate well with those of other pathogens, especially enteric viruses, which are a major cause of waterborne outbreaks associated with contaminated water and food, and recreational use of lakes, ponds, rivers, and estuarine waters. For that reason, there is a growing need for a surveillance system that can detect and quantify viral pathogens directly in water sources to reduce transmission of pathogens associated with fecal transmission. In this review, we present an updated overview of relevant waterborne enteric viruses that we believe should be more commonly screened to better evaluate water quality and to determine the safety of water use and reuse and of epidemiological data on viral outbreaks. We also discuss current methodologies that are available to detect and quantify these viruses in water resources. Finally, we highlight challenges associated with virus monitoring. The information presented in this review is intended to aid in the assessment of human health risks due to contact with water sources, especially since current environmental and adaptive changes may be creating the need for a paradigm shift for indicators of fecal contamination.
- From Quality to Purpose: Rethinking Groundwater Microbiological Standards for Emergency Urban Water UsePublication . Teixeira, Pedro; Costa, Sílvia; Brandão, João; Valério, ElisabeteClimate change and increasing water scarcity are driving the need for resilient and fit-for-purpose urban water management. This study presents a case from Lisbon, Portugal, where twenty-one groundwater sources were evaluated as potential alternative supplies for emergency drinking and non-potable uses. Between 2018 and 2022, 127 samples were analyzed for microbiological (Escherichia coli, enterococci, fecal coliforms, heterotrophic plate count, Pseudomonas aeruginosa and Legionella pneumophila, physicochemical and fungal parameters (filamentous and yeast), alongside with microbial source tracking (MST) to determine contamination origins. Most sites showed exceedances of fecal indicators and heterotrophic bacteria, making water unsuitable for direct consumption without treatment, while fungi were ubiquitous and often above proposed guidance levels, highlighting a major regulatory gap. MST results indicated that human-derived contamination was rare and highly localized. Physicochemical parameters generally met legal thresholds, although occasional nitrate or salinity elevations reflected agricultural or coastal influences. Several sources were considered suitable for irrigation (EF, CC, AB, VF, and BS) whilst a subset met the criteria for potable supply with minimal treatment for risk management (CG, MM, CC, QC, EB, GR, PO, and MS). The findings of this study demonstrate that systematic, multiparametric assessment supports adaptive water allocation and emergency planning, aligning with EU regulations and advancing Sustainable Development Goal 6. The study argues for reconsideration of current microbiological standards, to improve public health protection in urban water reuse and emergency supply strategies.
- Genetic Complexity of CC5 Isolates Associated with Sternal Bursitis in Chickens: Antimicrobial Resistance, Virulence, Plasmids, and Biofilm Formation.Publication . Silva, Vanessa; Ribeiro, Jessica; Teixeira, Pedro; Pinto, Pedro; Vieira-Pinto, Madalena; Poeta, Patrícia; Caniça, Manuela; Igrejas, GilbertoSternal bursitis, a common inflammatory condition in poultry, poses significant challenges to both animal welfare and public health. This study aimed to investigate the prevalence, antimicrobial resistance, and genetic characteristics of isolates associated with sternal bursitis in chickens. Ninety-eight samples were collected from affected chickens, and 24 isolates were identified. Antimicrobial susceptibility testing revealed resistance to multiple agents, with a notable prevalence of aminoglycoside resistance genes. Whole genome sequencing elucidated the genetic diversity and virulence profiles of the isolates, highlighting the predominance of clonal complex 5 (CC5) strains. Additionally, biofilm formation assays demonstrated moderate biofilm production capacity among the isolates. These findings underscore the importance of vigilant monitoring and targeted interventions to mitigate the impact of sternal bursitis in poultry production systems.
- Genomic epidemiology and resistome dynamics of species in a Portuguese Open Air Laboratory: the emergence of the FRI-8 carbapenemasePublication . Teixeira, Pedro; Ramos, Miguel; Rivière, Rani; Azevedo, Mónica; Ferreira, Mário; Cano, Maria Manuela; Vieira, Patrícia; Reis, Lígia; Matias, Rui; Rodrigues, João; Menezes, Carina; Rosado, Tânia; Sequeira, António; Moreira, Olga; Ruppitsch, Werner; Cabal-Rosel, Adriana; Mo, Solveig Sølverød; Dias, Elsa; Woegerbauer, Markus; Caniça, Manuela; Manageiro, VeraInterconnected reservoirs contribute to the global spread of antimicrobial resistance (AMR), including carbapenem- and colistin-resistant , highlighting the need for a One Health approach. We assessed the genomic epidemiology, diversity and AMR mechanisms of spp. across interconnected human, animal, plant, and environmental reservoirs in a Portuguese Open Air Laboratory. Over a one year monitoring period, samples from 12 different compartments were collected and processed using selective media to isolate spp., which were subjected to antibiotic susceptibility testing, whole-genome sequencing and subsequent analyses to identify AMR determinants, characterize plasmids and phylogenetic relationships. We established a collection of 61 isolates spanning nine species and 32 sequence types, including 16 novel ones, across nine compartments (river water, wastewater, soil, manure, feed, air, farmers, pigs, wild animals), reflecting the diversity and ubiquity of species. Core-genome analysis revealed eight genetic clusters, suggesting clonal transmission across compartments. In total, 29 antibiotic resistance genes were detected across all isolates. Notably, this is the first documentation of -harbouring in European environmental settings and the first to describe , and genes in Portugal. was detected in all isolates ( = 17), located on four different IncFII(Yp) plasmids, and in an isolate, flanked by IS3 family transposases. and the -harbouring isolate were resistant to carbapenems. A gene was identified in an isolate on an IncFII(pECLA) plasmid. These plasmids exhibited high sequence similarity with global counterparts, indicating potential for horizontal gene transfer. Other antimicrobial resistance genes included , , and . Our findings underscore the importance of as vectors for AMR and the critical role of environmental compartments in its dissemination, reinforcing the importance of adopting a One Health approach to fully understand AMR dynamics.
- Inquérito Alimentar Nacional e de Atividade Física, IAN-AF 2015-2016: relatório de resultadosPublication . Lopes, Carla; Torres, Duarte; Oliveira, Andreia; Severo, Milton; Alarcão, Violeta; Guiomar, Sofia; Mota, Jorge; Teixeira, Pedro; Rodrigues, Sara; Lobato, Liliane; Magalhães, Vânia; Correia, Daniela; Carvalho, Catarina; Pizarro, Andreia; Marques, Adilson; Vilela, Sofia; Oliveira, Luísa; Nicola, Paulo; Soares, Simão; Ramos, ElisabeteEste relatório foi realizado com informação recolhida no âmbito do Inquérito Alimentar Nacional e de Atividade Física (IAN-AF 2015-2016), desenvolvido por um Consórcio que tem como Promotor a Universidade do Porto. O IAN-AF recebeu financiamento do Espaço Económico Europeu concedido pela Islândia, Liechtenstein e Noruega através do Programa EEA Grants - Iniciativas de Saúde Pública, área dos Sistemas de Informação em Saúde (PT06 - 000088SI3). O IAN-AF teve o apoio institucional da Direção-Geral da Saúde, da Administração Central do Sistema de Saúde, das Administrações Regionais de Saúde, das Secretarias Regionais de Saúde dos Açores e da Madeira e da Autoridade Europeia para a Segurança dos Alimentos.
- Inquérito Alimentar Nacional e de Atividade Física, IAN-AF 2015-2016: relatório metodológicoPublication . Lopes, Carla; Torres, Duarte; Oliveira, Andreia; Severo, Milton; Alarcão, Violeta; Guiomar, Sofia; Mota, Jorge; Teixeira, Pedro; Ramos, Elisabete; Rodrigues, Sara; Vilela, Sofia; Oliveira, Luísa; Nicola, Paulo; Soares, Simão; Frost Andersen, Lene; Consórcio IAN-AFO Inquérito Alimentar Nacional e de Atividade Física (IAN-AF) 2015-2016 teve como objetivo primário recolher informação de representatividade nacional e regional (dos 3 meses aos 84 anos de idade) sobre o consumo alimentar (incluindo a ingestão e suplementação nutricionais, a segurança dos alimentos e a insegurança alimentar) e sobre a atividade física (incluindo os comportamentos sedentários, as atividades desportivas/de lazer e as escolhas ativas na rotina diária) e a sua relação com determinantes em saúde, nomeadamente os socioeconómicos. O projeto foi desenvolvido por um Consórcio, envolvendo investigadores da Universidade do Porto (Promotor), da Universidade de Lisboa, do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), da Universidade de Oslo e da empresa SilicoLife. Os participantes foram selecionados aleatoriamente por um processo de amostragem bietápica, a partir do Registo Nacional de Utentes do Serviço Nacional de Saúde: i) seleção aleatória de Unidades Funcionais de Saúde em cada Unidade Territorial para Fins Estatísticos (NUTS II), ponderada para o número de inscritos; ii) seleção aleatória de indivíduos registados em cada Unidade Funcional de Saúde, com um número fixo de elementos por sexo e grupo etário. Avaliaram-se 6553 participantes através de uma entrevista presencial e destes, 5811 completaram as duas entrevistas previstas, intervaladas no tempo entre 8 a 15 dias e distribuídas ao longo de 12 meses (outubro de 2015 a setembro de 2016), incluindo as quatro estações do ano e todos os dias da semana, de forma a ajustar para a variabilidade intra-individual e para a sazonalidade dos comportamentos alimentares e de atividade física. A metodologia utilizada incluiu ferramentas e protocolos harmonizados no contexto Europeu, de acordo com o definido no inquérito pan-Europeu EU-MENU, promovido pela Autoridade Europeia para a Segurança dos Alimentos (EFSA), integrados numa plataforma eletrónica assistida por computador, especificamente desenvolvida (Plataforma “You eAT&Move”). O Módulo “You” permite a recolha de informação sociodemográfica, de saúde geral, de antropometria, de propensão alimentar e de insegurança alimentar. Os parâmetros antropométricos (peso, estatura, perímetros do braço, cintura e anca) foram objetivamente medidos de acordo com procedimentos padronizados. A insegurança alimentar foi avaliada através de uma adaptação do questionário desenvolvido por Cornell/Radimer (1990), que fornece estimativas a nível nacional de insegurança alimentar, para as famílias, com e sem menores de 18 anos, recolhendo informação sobre quatro dimensões subjacentes à experiência de insegurança alimentar: disponibilidade, acesso, utilização e estabilidade/resiliência. O módulo “eAT24” permite a recolha de informação alimentar através de dois questionários às 24 horas anteriores (ou diários alimentares de dois dias nas crianças com idade <10 anos), sincronizada com dados de composição nutricional dos alimentos e receitas da Tabela da Composição de Alimentos Portuguesa (INSA), adaptada. A quantificação de porções alimentares incluiu um manual fotográfico especificamente desenvolvido para o efeito (1006 fotos de alimentos e receitas e 11 fotos de medidas caseiras). A classificação e descrição dos alimentos foram realizadas com base no sistema FoodEx2. Esta informação permite caracterizar as dimensões de consumo alimentar e nutricional e de segurança dos alimentos. O módulo “Move” permite a recolha de informação de atividade física e inclui os sub-módulos International Physical Activity Questionnaire (IPAQ), Activity Choice Index (ACI) (≥ 15 anos) e diários de atividade física de 4 dias (2 dias consecutivos e 2 dias de fim de semana) em crianças e adolescentes (6-14 anos), sincronizados com os dados de equivalentes metabólicos associados aos diferentes tipos de atividades. Esta informação permite caracterizar as dimensões de comportamentos sedentários, atividades desportivas e escolhas ativas na rotina diária. A criação de evidência nacional, desagregada por áreas geográficas, para diferentes grupos populacionais (crianças, adolescentes, adultos, idosos), constitui uma base descritiva essencial para o planeamento em saúde. O conhecimento produzido pelo IAN-AF 2015- 2016 permite dar resposta a prioridades estratégicas em saúde, nacionais e internacionais, e constitui uma base sólida para o desenvolvimento de políticas de educação alimentar e de atividade física, bem como de políticas de segurança alimentar, em Portugal e na União Europeia.
- Mapping the evidence of the effects of environmental factors on the prevalence of antibiotic resistance in the non-built environmentPublication . Deza-Cruz, Iñaki; de Menezes, Alexandre; Gardner, Brian; Aktan, Ílknur; Alnajjar, Sarhad; Betson, Martha; Cabal Rosel, Adriana; Caniça, Manuela; Chambers, Mark A.; Tarrant, Georgina; Contadini, Francesca; Daramola, Olukayode; de la Rivière, Rani; Egan, Bernadette; Ekiri, Abel; Finnegan, Catherine; Gonzalez Villeta, Laura C.; Green, Richard; Hall, Belinda; Hassan, Marwa M.; Hawes, Martin; Healy, Sara; Holbrook, Lisa; Kaya, Damla; Kumar, Prashant; La Ragione, Roberto M.; Maupin, Daniel; Mehat, Jai W.; Messina, Davide; Moon, Kelly; Mumford, Elizabeth; Nichols, Gordon; Olivença, Daniel V.; Prada, Joaquin M.; Price, Claire; Proudman, Christopher; Queenan, Retha; Ramos, Miguel; Closa, Jaime Riccomini; Ritchie, Jennifer M.; Santorelli, Lorenzo A.; Selemetas, Nick; Spick, Matt; Subbannayya, Yashwanth; Surendran, Shelini; Teixeira, Pedro; Tharmakulasingam, Mukunthan; Valle, Damian; van Vliet, Arnoud H.M.; Videira, Marco; Wallace-Williams, Hazel; Wanelik, Klara M.; Woegerbauer, Markus; Wright, Sydney; Lo Iacono, GiovanniBackground: Antibiotic resistance increasingly threatens the interconnected health of humans, animals, and the environment. While misuse of antibiotics is a known driver, environmental factors also play a critical role. A balanced One Health approach-including the environmental sector-is necessary to understand the emergence and spread of resistance. Methods: We systematically searched English-language literature (1990-2021) in MEDLINE, Embase, and Web of Science, plus grey literature. Titles, abstracts, and keywords were screened, followed by full-text reviews using a structured codebook and dual-reviewer assessments. Results: Of 13,667 records screened, 738 met the inclusion criteria. Most studies focused on freshwater and terrestrial environments, particularly associated with wastewater or manure sources. Evidence of research has predominantly focused on Escherichia coli and Pseudomonas spp., with a concentration on ARGs conferring resistance to sulphonamides (sul1-3), tetracyclines (tet), and beta-lactams. Additionally, the People's Republic of China has produced a third of the studies-twice that of the next country, the United States-and research was largely domestic, with closely linked author networks. Conclusion: Significant evidence gaps persist in understanding antibiotic resistance in non-built environments, particularly in marine, atmospheric, and non-agricultural settings. Stressors such as climate change and microplastics remain notably under-explored. There is also an urgent need for more research in low-income regions, which face higher risks of antibiotic resistance, to support the development of targeted, evidence-based interventions.