Browsing by Author "Silveira, Leonor"
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- Are Food Producing animals a source of multidrug-resistant E. coli and Salmonella spp.?Publication . Pista, Angela; Silveira, Leonor; Gonçalves, Carlota; Costa, Sara; Carolino, Catarina; Santo, Bianca; Rosa, Rute; Penteado, Margarida; Alves, Margarida; Belas, Adriana; Santos, Isabel; Lima, Ana; Mota, Joana; Pedroso, Laurentina; Gomes, João Paulo; Nunes, Alexandra; Ramos, SóniaObjectives: To assess the role of food-producing animals as potential transmission vehicles of Salmonella spp. and E. coli to Humans, in order to understand the epidemiology and population structure of these zoonotic agents in Portugal.
- Assessment of the Transmission Dynamics of Clostridioides difficile in a Farm Environment Reveals the Presence of a New Toxigenic Strain Connected to Swine ProductionPublication . Alves, Frederico; Nunes, Alexandra; Castro, Rita; Sequeira, António; Moreira, Olga; Matias, Rui; Rodrigues, João Carlos; Silveira, Leonor; Gomes, João Paulo; Oleastro, MónicaThe recent increase in community-acquired Clostridioides difficile infections discloses the shift in this bacterium epidemiology. This study aimed at establishing a transmission network involving One Health components, as well as assessing the zoonotic potential and genomic features of dominant clones. Samples were collected from different compartments of animal, human and environmental origin, from an animal production unit. C. difficile isolates were characterized for toxigenic profile by multiplex-PCR, while genetic diversity was evaluated by PCR-ribotyping and whole genome-based analysis. The overall C. difficile prevalence was 37.2% (70/188), and included samples from environmental (58.3%, 35/60) and animal (31.5%, 35/111) compartments; human samples (n = 17) taken from healthy workers were negative. A predominant clone from RT033 was found in almost 90% of the positive samples, including samples from all compartments connected to the pig production unit, with core-genome single nucleotide variant (SNV)-based Analysis supporting a clonal transmission between them (mean distance of 0.1 ± 0.1 core-SNVs). The isolates from this clone (herein designated PT RT033) were positive for all C. difficile toxin genes (tcdA, tcdB, cdtA/cdtB). The phyloGenetic positioning of this clone was clearly distinct from the classical RT033 cluster, suggesting a different evolutionary route. This new clone shares genomic features with several RTs from the clade 5 Sequence Type (ST) 11, including a complete pathogenicity locus (PaLoc) that is more similar to the one found in toxigenic strains and contrasting to the less virulent classical RT033 (tcdA-, tcdB-, cdtA + /cdtB +). The presence of a tcdA gene truncated into two ORFs, not previously described, requires further evaluation concerning toxin functionality. We hypothesize that the unique combination of genetic elements found in the PT RT033 clone may contribute to host tropism and environmental dissemination and maintenance. This study constitutes the first report of a toxigenic RT033 clone and adds to the overall knowledge on Clade 5 sequence type 11, considered the C. difficile evolutionary lineage with the highest zoonotic potential. The presence of this clone in all compartments associated with the pig production unit suggests a transmission chain involving these animals and contributes to unveil the role played by animal and environmental reservoirs in this pathogen epidemiology.
- Aumento de casos de Salmonella Typhimurium em 2024: caracterização fenotípica e genotípica dos isoladosPublication . Tomás, Alexandra; Henriques, Ana Margarida; Caeiro, Raquel; Pista, Angela; Silveira, LeonorSalmonelose é a segunda zoonose mais frequente a nível mundial. É causada por Salmonella enterica, sendo S. Typhimurium um dos serotipos mais reportados na União Europeia. Um dos maiores riscos para a saúde pública é a presença de Salmonella spp. em alimentos, e consequente associação a surtos que podem atingir uma dimensão transfronteiriça. Este estudo teve como principal objetivo caraterizar fenotípica e genotipicamente isolados de Salmonella Typhimurium recebidos no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, na sequência do aumento considerável de isolados deste serotipo observado entre abril e maio de 2024. Foram estudados 83 isolados, dos quais 64 integravam o mesmo cluster genético (77,1%), Cluster 1, identificado por core genome multilocus sequence typing (Enterobase cgMLST V2 + HierCC V1). Todos os isolados pertenciam à sequência tipo 19. Foi identificada a presença dos genes de resistência blaCARB-2, sul1, aadA2, aac(6’)-Iaa, tet(G) e floR em 67 isolados, perfil concordante com o fenótipo encontrado, AMP-AMC-TET-CHL. A análise de cgMLST permitiu ainda identificar quatro isolados europeus que integravam o Cluster 1.
- Building an International One Health Strain Level Database to Characterise the Epidemiology of AMR Threats: ESBL—AmpC Producing E. coli as An Example—Challenges and PerspectivesPublication . Perestrelo, Sara; Amaro, Ana; Brouwer, Michael S.M.; Clemente, Lurdes; Ribeiro Duarte, Ana Sofia; Kaesbohrer, Annemarie; Karpíšková, Renata; Lopez-Chavarrias, Vicente; Morris, Dearbháile; Prendergast, Deirdre; Pista, Angela; Silveira, Leonor; Skarżyńska, Magdalena; Slowey, Rosemarie; Veldman, Kees T.; Zając, Magdalena; Burgess, Catherine; Alvarez, JulioAntimicrobial resistance (AMR) is one of the top public health threats nowadays. Among the most important AMR pathogens, Escherichia coli resistant to extended spectrum cephalosporins (ESC-EC) is a perfect example of the One Health problem due to its global distribution in animal, human, and environmental sources and its resistant phenotype, derived from the carriage of plasmid-borne extended-spectrum and AmpC β-lactamases, which limits the choice of effective antimicrobial therapies. The epidemiology of ESC-EC infection is complex as a result of the multiple possible sources involved in its transmission, and its study would require databases ideally comprising information from animal (livestock, companion, wildlife), human, and environmental sources. Here, we present the steps taken to assemble a database with phenotypic and genetic information on 10,763 ESC-EC isolates retrieved from multiple sources provided by 13 partners located in eight European countries, in the frame of the DiSCoVeR Joint Research project funded by the One Health European Joint Programme (OH-EJP), along with its strengths and limitations. This database represents a first step to help in the assessment of different geographical and temporal trends and transmission dynamics in animals and humans. The work performed highlights aspects that should be considered in future international efforts, such as the one presented here.
- Caracterização fenotípica de isolados de Shigella spp. entre 2015 e 2016Publication . Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Machado, JorgeCaracterização fenotípica de isolados de Shigella spp. entre 2015 e 2016
- Caracterização fenotípica de isolados de Shigella spp. entre 2015 e 2017Publication . Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Machado, JorgeEm Portugal, a shigelose é uma gastroenterite pouco frequente. Com este estudo pretendeu-se descrever os serotipos de Shigella spp. identificados no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) entre 2015 e 2017. Foram analisadas estirpes isoladas de 53 doentes, que foram enviadas a nível nacional ao INSA para serotipagem. A suscetibilidade aos antimicrobianos foi realizada segundo as recomendações do European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Os serotipos mais frequentemente encontrados foram Sh. sonnei (n=37; 69,8%), Sh. flexneri 2 (n=7; 13,2%), Sh. flexneri 3 (n=3; 5,7%). Foi observada uma elevada percentagem de resistência à tetraciclina (47/53; 88,7%). Em 2017, todas as estirpes apresentaram resistência à ampicilina e a percentagem de estirpes com resistência à ciprofloxacina aumentou consideravelmente, de 5,0% em 2015 para 62,5% em 2017. Cerca de 50% das estirpes apresentaram resistência à azitromicina durante o período em análise. Foram detetados 4 casos de Shigella spp. multirresistentes em homens que fazem sexo com homens (HSH). O aumento de resistências aos antibióticos observados nestes dois anos alerta para a importância de uma vigilância ativa das mesmas e impõe uma articulação efetiva entre os diversos serviços de saúde envolvidos.
- Caracterização fenotípica de isolados de Shigella spp. entre 2015 e 2017Publication . Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Machado, JorgeShigella spp. é uma enterobactéria altamente infeciosa e transmitida de pessoa-a-pessoa. As infeções por Shigella são um importante problema de Saúde Pública, em particular nos países em desenvolvimento. Em Portugal, a shigelose é uma causa rara de gastroenterite. A Sh.sonnei é mais frequente na Europa e EUA e a espécie flexneri na Ásia e África. O aparecimento de espécies multirresistentes tem sido referido mundialmente, com destaque para a resistência às fluoroquinolonas e cefalosporinas. Com este estudo pretendeu-se descrever os serotipos de Shigella identificados no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) entre 2015 e novembro de 2017. Foram analisadas 53 estirpes clínicas, isoladas a nível nacional e enviadas ao INSA para serotipagem. A suscetibilidade aos antimicrobianos foi realizada segundo as recomendações da EUCAST. Os serotipos mais frequentes foram Sh. sonnei (69,8%), Sh. flexneri 2 (13,2%), Sh. flexneri 3 (5,6%), Sh. flexneri 1 (3,8%), Sh. boydii 5 (3,8%), Sh. boydii 2 (1,9%) e Sh.dysenteriae 3 (1,9%). A idade dos pacientes variou entre os 1 e os 66 anos. Todas as estirpes foram resistentes a pelo menos um antibiótico. Foi observada uma elevada percentagem de resistência à tetraciclina (88,7%). O perfil de resistência mais frequente (77,4%) foi tetraciclina – trimetoprim - sulfametoxazole. A resistência às fluoroquinolonas e às cefalosporinas de 3ª e 4ª geração foi observada em, respetivamente, 22,6% e 1,9% das estirpes. Foi detetado um caso de Sh. sonnei multirresistente à ampicilina – tetraciclina – cefotaxime – ceftriaxone - ciprofloxacina - ácido nalidixico - trimetoprim-sulfametoxazole, num homem que faz sexo com homens (HSH). O serotipo mais frequente no período entre 2015 e novembro de 2017 foi Sh.sonnei, o que está de acordo com a tendência europeia. Apesar de não terem sido detetados muitos casos de resistência às fluoroquinolonas e cefalosporinas, estas não devem ser descuradas, uma vez que a sua emergência é evidente, em particular no caso dos HSH. Neste contexto, é fundamental manter e promover a colaboração entre os diversos Serviços de Saúde nacionais.
- Caracterização fenotípica e genotípica de isolados de Salmonella enterica recebidos no INSA entre 2014 e 2016Publication . Silveira, Leonor; Pista, Ângela; Machado, JorgeCaracterização fenotípica e genotípica de isolados de Salmonella enterica recebidos no INSA entre 2014 e 2016
- Caracterização fenotípica e genotípica de isolados de Salmonella Typhi e Paratyphi em Portugal, entre janeiro de 1994 e maio de 2024Publication . Henriques, Ana Margarida; Caeiro, Raquel; Tomás, Alexandra; Silveira, Leonor; Pista, AngelaOs serotipos Typhi e Paratyphi causam infeções sistémicas graves, sendo crucial a administração de antibioterapia adequada. No entanto, o aumento crescente da taxa de multirresistência aos antibióticos, especialmente no caso de Salmonella Typhi, dificulta a escolha dos antibióticos a administrar. Em Portugal, os casos de febre tifoide e paratifoide são raros. Com este estudo pretendeu-se identificar e caracterizar os perfis de resistência aos antibióticos de isolados de Salmonella Typhi e Salmonella Paratyphi A, B e C, entre janeiro de 1994 e maio de 2024, e avaliar a sua proximidade genética. Após confirmação do serotipo, 86 isolados foram submetidos a testes de suscetibilidade aos antibióticos e sequenciação total do genoma. Neste estudo, 60,5% dos isolados foram resistentes a pelo menos um antibiótico, dos quais 15,4% eram multirresistentes. Entre 1994-2016 todos os isolados foram suscetíveis, mas a partir de 2017 foi possível observar uma tendência crescente na resistência aos antibióticos, especialmente para S. Typhi. A resistência à pefloxacina foi a mais frequente, seguida da resistência ao ácido nalidíxico, ampicilina, trimetoprim, sulfametoxazol e cloranfenicol. Dos diversos genes de resistência identificados, destaca-se a presença do gene blaCTX- M-15 num isolado de Salmonella Typhi de 2020, resistente a antibióticos de importância crítica. Foram identificados 11 pequenos clusters. Apesar dos serotipos tifoides e paratifoides não serem endémicos em Portugal, é essencial manter uma vigilância laboratorial contínua, de forma a caracterizar os isolados circulantes em Portugal e detetar potenciais surtos.
- Caracterização genómica de Salmonella Newport: identificação de clusters genéticos, janeiro 1991-maio 2024Publication . Caeiro, Raquel; Tomás, Alexandra; Henriques, Ana Margarida; Pista, Angela; Silveira, LeonorSalmonella enterica subsp. enterica serovar Newport (S. Newport) é um serotipo pouco frequente na União Europeia. No entanto, devido à sua associação com alguns surtos de origem alimentar, a sua importância não deve ser negligenciada. Em Portugal, os dados sobre a infeção por S. Newport são escassos. Este estudo teve como principais objetivos caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados clínicos de S. Newport entre 1991 e maio de 2024, e identificar possíveis clusters genéticos. Após serotipagem, 98 isolados foram submetidos a testes de suscetibilidade aos antibióticos e sequenciação total do genoma. Apesar da maioria dos isolados estudados (96,9%) terem sido suscetíveis aos antibióticos testados, em 2024 foi identificado um isolado multirresistente, que, entre outros, continha o gene blaDHA-1. A análise core genome multilocus sequence typing (Enterobase cgMLST V2 + HierCC V1), considerando um threshold de cinco diferenças alélicas, permitiu identificar oito clusters distintos, dois dos quais de maiores dimensões: o Cluster 1, com 32 isolados de 2019, e o Cluster 2, com quatro isolados de 2022 e 18 de 2023. Embora S. Newport seja um serotipo pouco frequente em Portugal e não apresentar, na maioria dos casos, resistências aos antibióticos, é essencial manter uma vigilância laboratorial contínua, que permita de forma atempada implementar medidas de prevenção e controlo eficazes.