Percorrer por autor "Caeiro, Raquel"
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- Antimicrobial resistance of Salmonella Typhi and Paratyphi isolates in Portugal, January 1994 - June 2025Publication . Pista, Ângela; Henriques, Ana Margarida; Caeiro, Raquel; Tomás, Alexandra; Silveira, LeonorIntrodution: Typhoid and paratyphoid fever are severe systemic infections caused by Salmonella (S.) enterica subspecies enterica serovars Typhi and Paratyphi A, B and C. Transmission occurs primarily through ingestion of food or water contamined with faeces from infected individuals or via direct person-to person contact. In Europe, enteric fever is rare and mainly associated with travel to endemic countries. The increasing prevalence of multidrug resistance (MDR), particularly in S. Typhi, poses significant therapeutic challenges. Aim: Characterization of antibiotic resistance profiles of S. Typhi and Paratyphi A, B, and C isolates received in Jan 94-Jun 25
- Aumento de casos de Salmonella Typhimurium em 2024: caracterização fenotípica e genotípica dos isoladosPublication . Tomás, Alexandra; Henriques, Ana Margarida; Caeiro, Raquel; Pista, Angela; Silveira, LeonorSalmonelose é a segunda zoonose mais frequente a nível mundial. É causada por Salmonella enterica, sendo S. Typhimurium um dos serotipos mais reportados na União Europeia. Um dos maiores riscos para a saúde pública é a presença de Salmonella spp. em alimentos, e consequente associação a surtos que podem atingir uma dimensão transfronteiriça. Este estudo teve como principal objetivo caraterizar fenotípica e genotipicamente isolados de Salmonella Typhimurium recebidos no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Gastrintestinais do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, na sequência do aumento considerável de isolados deste serotipo observado entre abril e maio de 2024. Foram estudados 83 isolados, dos quais 64 integravam o mesmo cluster genético (77,1%), Cluster 1, identificado por core genome multilocus sequence typing (Enterobase cgMLST V2 + HierCC V1). Todos os isolados pertenciam à sequência tipo 19. Foi identificada a presença dos genes de resistência blaCARB-2, sul1, aadA2, aac(6’)-Iaa, tet(G) e floR em 67 isolados, perfil concordante com o fenótipo encontrado, AMP-AMC-TET-CHL. A análise de cgMLST permitiu ainda identificar quatro isolados europeus que integravam o Cluster 1.
- Caracterização fenotípica e genotípica de isolados de Salmonella Typhi e Paratyphi em Portugal, entre janeiro de 1994 e maio de 2024Publication . Henriques, Ana Margarida; Caeiro, Raquel; Tomás, Alexandra; Silveira, Leonor; Pista, AngelaOs serotipos Typhi e Paratyphi causam infeções sistémicas graves, sendo crucial a administração de antibioterapia adequada. No entanto, o aumento crescente da taxa de multirresistência aos antibióticos, especialmente no caso de Salmonella Typhi, dificulta a escolha dos antibióticos a administrar. Em Portugal, os casos de febre tifoide e paratifoide são raros. Com este estudo pretendeu-se identificar e caracterizar os perfis de resistência aos antibióticos de isolados de Salmonella Typhi e Salmonella Paratyphi A, B e C, entre janeiro de 1994 e maio de 2024, e avaliar a sua proximidade genética. Após confirmação do serotipo, 86 isolados foram submetidos a testes de suscetibilidade aos antibióticos e sequenciação total do genoma. Neste estudo, 60,5% dos isolados foram resistentes a pelo menos um antibiótico, dos quais 15,4% eram multirresistentes. Entre 1994-2016 todos os isolados foram suscetíveis, mas a partir de 2017 foi possível observar uma tendência crescente na resistência aos antibióticos, especialmente para S. Typhi. A resistência à pefloxacina foi a mais frequente, seguida da resistência ao ácido nalidíxico, ampicilina, trimetoprim, sulfametoxazol e cloranfenicol. Dos diversos genes de resistência identificados, destaca-se a presença do gene blaCTX- M-15 num isolado de Salmonella Typhi de 2020, resistente a antibióticos de importância crítica. Foram identificados 11 pequenos clusters. Apesar dos serotipos tifoides e paratifoides não serem endémicos em Portugal, é essencial manter uma vigilância laboratorial contínua, de forma a caracterizar os isolados circulantes em Portugal e detetar potenciais surtos.
- Caracterização genómica de Salmonella Newport: identificação de clusters genéticos, janeiro 1991-maio 2024Publication . Caeiro, Raquel; Tomás, Alexandra; Henriques, Ana Margarida; Pista, Angela; Silveira, LeonorSalmonella enterica subsp. enterica serovar Newport (S. Newport) é um serotipo pouco frequente na União Europeia. No entanto, devido à sua associação com alguns surtos de origem alimentar, a sua importância não deve ser negligenciada. Em Portugal, os dados sobre a infeção por S. Newport são escassos. Este estudo teve como principais objetivos caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados clínicos de S. Newport entre 1991 e maio de 2024, e identificar possíveis clusters genéticos. Após serotipagem, 98 isolados foram submetidos a testes de suscetibilidade aos antibióticos e sequenciação total do genoma. Apesar da maioria dos isolados estudados (96,9%) terem sido suscetíveis aos antibióticos testados, em 2024 foi identificado um isolado multirresistente, que, entre outros, continha o gene blaDHA-1. A análise core genome multilocus sequence typing (Enterobase cgMLST V2 + HierCC V1), considerando um threshold de cinco diferenças alélicas, permitiu identificar oito clusters distintos, dois dos quais de maiores dimensões: o Cluster 1, com 32 isolados de 2019, e o Cluster 2, com quatro isolados de 2022 e 18 de 2023. Embora S. Newport seja um serotipo pouco frequente em Portugal e não apresentar, na maioria dos casos, resistências aos antibióticos, é essencial manter uma vigilância laboratorial contínua, que permita de forma atempada implementar medidas de prevenção e controlo eficazes.
- Salmonella spp. isolates in Portugal, 2024Publication . Silveira, Leonor; Caeiro, Raquel; Henriques, Ana Margarida; Tomás, Alexandra; Pista, ÂngelaBackground: Salmonella spp. remains one of the main causes of gastrointestinal infections in the European Union, only preceded by Campylobacter spp. The most common serovars of Salmonella spp. causing illness are Salmonella enterica enterica serovar Enteritidis, Typhimurium and the monophasic variant of Typhimurium (4,[5]:i:-). The aim of this study was to evaluate the Salmonella spp. isolates circulating in Portugal in 2024, accounting the number of cases, evaluating the available epidemiological data, and analysing the phenotypic and genotypic data gathered. Methods: The National Reference Laboratory received isolates from public and private hospitals and laboratories across Portugal for serotyping using the Kauffman-White-Le Minor scheme. Isolates were also subjected to antimicrobial susceptibility testing (AST) according to EUCAST recommendations, by the disc diffusion method for 18 antibiotics. Genomes of Salmonella isolates of serovars of interest were sequenced, either on a Miseq or Nextseq Illumina platform, and raw reads were submitted to Enterobase and to several CGE tools. Results: In 2024, a total of 873 isolates were received corresponding to an increase of approximately 40%, comparing to the previous year. Most cases belonged to children (n=409; 46.8%) and in residents of Lisbon and Tagus Valley (25.3%). The most common serotypes were S. monophasic Typhimurium (32.2%; n=281), S. Enteritidis (27.4%; n=281), and S. Typhiumurium (17.3%; n=151). In total, 510 isolates (58.4%) were resistant to at least one antibiotic tested. Multi-drug resistance was observed in 20.3% (177/873) of isolates, with the most common MDR serovars being S. Typhimurium (n=98; 55.4%) and its monophasic variant (n=55; 31.1%). Four isolates were ESBL producers, presenting blaDHA-1, blaCTX-M-65, blaCTX-M -9, and blaOXA-1, and one was also a carbapenemase producer, presenting both blaOXA-1 and blaOXA -48. WGS revealed several clusters, namely among the top three serovars. Conclusions: The considerable increase in cases was intrinsically connected to several clusters of the most frequent serovars, most specially of MDR isolates. To our knowledge, this was the first time a carbapenemase producer Salmonella, isolated from a human clinical sample, was detected in Portugal. Salmonella continued laboratory surveillance and antimicrobial resistance monitoring are essential for disease prevention and control.