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Sequenciação de nova geração: o paradigma dos parasitas

2018-12Journal article Open access
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dc.contributor.authorVilares, Anabela
dc.contributor.authorBorges, Vítor
dc.contributor.authorSampaio, Daniel
dc.contributor.authorVieira, Luís
dc.contributor.authorFerreira, Idalina
dc.contributor.authorMartins, Susana
dc.contributor.authorReis, Tânia
dc.contributor.authorGomes, João Paulo
dc.contributor.authorGargaté, Maria João
dc.date.accessioned2019-01-04T18:38:27Z
dc.date.available2019-01-04T18:38:27Z
dc.date.issued2018-12
dc.description.abstractToxoplasma gondii é um protozoário intracelular obrigatório responsável pela Toxoplasmose, infetando diferentes espécies incluindo o Homem. Na Europa e no Norte da América, T. gondii tem uma população clonal constituída por tipo I, II, III. No entanto, estudos recentes têm descrito uma maior diversidade genética, com a identificação de estirpes recombinantes e atípicas mais virulentas. Em Portugal, o conhecimento dos genótipos circulantes de T. gondii é limitado. Neste sentido, estudou-se a diversidade genética de 68 estirpes, incluindo 51 estirpes de T. gondii isoladas em Portugal, a estirpe de referência RH e 16 outras estirpes de referência. Neste estudo realizou-se a genotipagem clássica (Sag2), PCR multiplex de 5 microssatélites e uma combinação de sequenciações por Sanger e NGS de oito loci responsáveis pela virulência. A genotipagem clássica (tipo I, II, III) foi obtida em 100% das estirpes e mostrou que a maioria das estirpes isoladas em Portugal eram do tipo II (70,6%; 36/51) e as restantes 15 do tipo I. A análise de microssatélites por PCR multiplex aumentou o poder discriminatório em apenas mais um tipo identificado. Contudo, quando se adicionaram as metodologias de sequenciação por Sanger e NGS o poder discriminatório aumentou para 36 tipos diferentes. A combinação destas metodologias (Sanger/NGS) permitiram a identificação de uma estrutura mosaico nos isolados de T. gondii em Portugal, não conseguida anteriormente por qualquer uma das outras tecnologias utilizadas.pt_PT
dc.description.abstractToxoplasma gondii is an obligate intracellular protozoan parasite, which is responsible for toxoplasmosis in dif ferent species, including humans. T. gondii have a distinct clonal population structure composed of type I, II and III lineages in Nor th America and Europe. However, recent studies demonstrated a higher diversity given by recombinant and atypic strains, which are believed to be more virulent. The scenario of the distribution of T. gondii genotypes is lacking in Por tugal. In order to achieve this knowledge we studied the genetic diversity of 68 T. gondii strains, included 51 isolated in Por tugal, a reference strain RH and 16 others reference strains). We per formed classical genotyping (Sag2), 5 microsatellites multiplex PCR and a combination of Sanger sequencing and Nex t Generation Sequencing (NGS) of eight loci likely responsible for virulence. The classical genotyping was achieved in 100% of strains. The majority of strains (70.6%; 36/51) isolated in Por tugal were type II whereas the others 15 were type I. However, when Sanger and NGS sequencing methodologies were added, discriminator y power increased to 36 dif ferent types. The combination of these methodologies (Sanger/NGS) allowed the identification of a mosaicism in the isolates of T. gondii in Por tugal, previously not achieved by any of the other technologies used.pt_PT
dc.description.sponsorshipEste trabalho foi financiado pela Fundação para a Ciência e Tecnologia (SFRH/BD/75154/2010).pt_PT
dc.description.versioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersionpt_PT
dc.identifier.citationBoletim Epidemiológico Observações. 2018;7(Supl 10):34-37pt_PT
dc.identifier.issn0874-2928
dc.identifier.issn2182-8873 (em linha)
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10400.18/5696
dc.language.isoporpt_PT
dc.publisherInstituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, IPpt_PT
dc.relationGENETIC STUDY OF TOXOPLASMA GONDII STRAINS ISOLATED FROM HUMANS AND ANIMALS
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/pt_PT
dc.subjectToxoplasma gondiipt_PT
dc.subjectToxoplasmosept_PT
dc.subjectParasitaspt_PT
dc.subjectInfecções Sistémicas e Zoonosespt_PT
dc.subjectDoenças Infecciosaspt_PT
dc.subjectVigilância Laboratorialpt_PT
dc.subjectSequenciação de Nova Geraçãopt_PT
dc.subjectSequenciação do Genoma Completopt_PT
dc.subjectSaúde Públicapt_PT
dc.subjectPortugalpt_PT
dc.titleSequenciação de nova geração: o paradigma dos parasitaspt_PT
dc.title.alternativeNew generation sequencing: the parasite paradigmpt_PT
dc.typejournal article
dspace.entity.typePublication
oaire.awardTitleGENETIC STUDY OF TOXOPLASMA GONDII STRAINS ISOLATED FROM HUMANS AND ANIMALS
oaire.awardURIinfo:eu-repo/grantAgreement/FCT//SFRH%2FBD%2F75154%2F2010/PT
oaire.citation.conferencePlaceLisboa, Portugalpt_PT
oaire.citation.endPage37pt_PT
oaire.citation.issueSupl 10pt_PT
oaire.citation.startPage34pt_PT
oaire.citation.titleBoletim Epidemiológico Observaçõespt_PT
oaire.citation.volume7pt_PT
project.funder.identifierhttp://doi.org/10.13039/501100001871
project.funder.nameFundação para a Ciência e a Tecnologia
rcaap.rightsopenAccesspt_PT
rcaap.typearticlept_PT
relation.isProjectOfPublication0f17c042-dbc5-49e6-8e73-22554709dbc4
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