INSA - Dissertações de mestrado
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- Pesquisa de Deleções/Duplicações em Genes Associados a Cancro Hereditário por MLPA DigitalPublication . Alves, Beatriz Correia; Gonçalves, João; Melo, Maria Joana Lima BarbosaA presença, na linha germinativa, de Variações do Número de Cópias (CNV) em genes de predisposição para cancro hereditário pode aumentar a suscetibilidade a esta doença. A identificação de uma CNV patogénica ou provavelmente patogénica num doente oncológico tem um impacto significativo na gestão clínica do indivíduo afetado e dos seus familiares. Tradicionalmente, a pesquisa de CNV no diagnóstico molecular de cancro hereditário é realizada apenas para alguns genes através do MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) convencional. Nos últimos anos, o desenvolvimento de softwares de análise in silico de CNV com base em dados de NGS (Next-Generation Sequencing) representou um avanço significativo, ao possibilitar a pesquisa de deleções e duplicações em múltiplos genes em simultâneo. No entanto, estas ferramentas apresentam ainda limitações. Dada a relevância de uma análise abrangente que integre o maior número possível de genes relevantes no âmbito da patologia em causa, este trabalho teve como principal objetivo implementar uma nova metodologia de pesquisa de CNV em genes associados a cancro hereditário, que combina os princípios do MLPA convencional com a capacidade da NGS de analisar vários genes em simultâneo: o MLPA digital. Neste estudo, foi realizada a pesquisa de CNV por MLPA digital em amostras de doentes com história clínica e familiar de cancro, seguida de validação dos resultados utilizando outras metodologias de genética molecular e classificação das variantes identificadas segundo as recomendações da CanVIG-UK. O MLPA digital demonstrou ser eficaz na deteção de deleções e duplicações em genes associados a cancro hereditário, apresentando um desempenho adequado para a utilização em laboratórios clínicos, com sensibilidade de 100% e especificidade de 98%. A eficácia dos softwares de pesquisa in silico panelcn.MOPS e DRAGEN Enrichment foi confirmada através da concordância entre os resultados destas ferramentas e do MLPA digital. Foram identificadas cinco variantes patogénicas ou provavelmente patogénicas nos genes APC, BRCA1, BRCA2 e CHEK2, que justificam os fenótipos dos doentes. Este estudo demonstra que o MLPA digital é uma alternativa ao MLPA convencional na primeira fase de pesquisa molecular de CNV germinativas em genes associados a cancro hereditário, permitindo a análise de múltiplos genes em várias amostras em simultâneo.