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- Unlocking COVID therapeutic targets: A structure-based rationale against SARS-CoV-2, SARS-CoV and MERS-CoV SpikePublication . Trigueiro-Louro, João; Correia, Vanessa; Figueiredo-Nunes, Inês; Gíria, Marta; Rebelo-de-Andrade, HelenaThere are no approved target therapeutics against SARS-CoV-2 or other beta-CoVs. The beta-CoV Spike protein is a promising target considering the critical role in viral infection and pathogenesis and its surface exposed features. We performed a structure-based strategy targeting highly conserved druggable regions resulting from a comprehensive large-scale sequence analysis and structural characterization of Spike domains across SARSr- and MERSr-CoVs. We have disclosed 28 main consensus druggable pockets within the Spike. The RBD and SD1 (S1 subunit); and the CR, HR1 and CH (S2 subunit) represent the most promising conserved druggable regions. Additionally, we have identified 181 new potential hot spot residues for the hSARSr-CoVs and 72 new hot spot residues for the SARSr- and MERSr-CoVs, which have not been described before in the literature. These sites/residues exhibit advantageous structural features for targeted molecular and pharmacological modulation. This study establishes the Spike as a promising anti-CoV target using an approach with a potential higher resilience to resistance development and directed to a broad spectrum of Beta-CoVs, including the new SARS-CoV-2 responsible for COVID-19. This research also provides a structure-based rationale for the design and discovery of chemical inhibitors, antibodies or other therapeutic modalities successfully targeting the Beta-CoV Spike protein.
- Primeiro Inquérito Serológico Nacional COVID-19: relatório de apresentação dos resultados preliminaresPublication . Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, IP; Rodrigues, Ana PaulaA doença causada pelo vírus SARS-CoV-2 (Coronavirus Disease 2019 ou COVID-19) foi declarada como Pandemia no dia 11 de março de 2020. Os estudos sero-epidemiológicos permitem estimar incidências cumulativas e taxas de letalidade mais precisas quando comparadas com as obtidas a partir dos resultados do teste de deteção do RNA viral (RT-PCR), identificar fatores de risco para a infeção, avaliar a sua progressão na população ao longo do tempo, e estimar o tempo de permanência dos anticorpos em circulação no organismo, colmatando lacunas de informação essenciais para o planeamento das medidas mais efetivas de controlo da pandemia e avaliação da sua implementação. O primeiro Inquérito Serológico Nacional COVID-19 (ISN COVID-19) teve por objetivos primários: 1) caracterizar a distribuição dos anticorpos específicos contra SARS-CoV-2 e determinar a extensão da infeção por SARS-CoV-2 na população residente em Portugal; 2) determinar e comparar a seroprevalência de anticorpos específicos contra SARS-CoV-2 em grupos etários específicos e por Região de Saúde; e 3) determinar a fração de infeções assintomáticas por SARSCoV- 2 na população residente em Portugal. O ISN COVID-19 é um estudo epidemiológico observacional, transversal, de âmbito nacional. Foi analisada uma amostra não-probabilística (amostragem por quotas) de 2.301 pessoas residentes em Portugal, com idade superior ou igual a 1 ano, estratificada por grupo etário. Foram recolhidos dados demográfico-sociais, epidemiológicos e clínicos, através da aplicação de um questionário e efetuada a recolha de uma amostra de sangue a cada um dos participantes, em 96 pontos de colheita de 7 Laboratórios de Patologia Clínica da Associação Nacional de Laboratórios Clínicos, e em 18 hospitais do Serviço Nacional de Saúde, entre 21 de maio e 8 de julho de 2020. De acordo com a definição de caso selecionada neste estudo (presença de IgM ou IgG específicas contra SARS-CoV-2), ao nível nacional foi estimada uma seroprevalência de 2,9 % (IC 95: 2,0 - 4,2 %), valor superior à incidência acumulada da infeção reportada, no final do período de estudo, pelo Sistema Nacional de Vigilância Epidemiológica (SINAVE) (0,44 %), e à proporção de participantes que, neste estudo, referiu infeção prévia por SARS-CoV-2 (0,8 %). No que respeita à distribuição por sexo, a seroprevalência estimada foi mais elevada nos indivíduos do sexo masculino (4,1 %; IC 95: 2,6 - 6,6 %) comparativamente com os do sexo feminino (1,8%; IC 95: 0,9 - 3,4 %). Observaram-se valores semelhantes de seroprevalência nos grupos etários em estudo, variando entre 2,2 % (IC 95: 0,8 - 5,5 %) no grupo etário dos 10 aos 19 anos e 3,2 % (IC95: 1,5 - 6,7 %) no grupo etário dos 40 aos 59 anos. Ao nível regional, a seroprevalência variou entre 1,2 % (IC 95: 0,3 - 4,0 %) no Alentejo e 3,5 % (IC 95: 1,9 - 6,3 %) em Lisboa e Vale do Tejo, embora estas diferenças não tenham significância estatística. Por nível de escolaridade, observaram-se diferenças estatisticamente significativas entre os valores de seroprevalência estimados, que se revelou mais elevada nos indivíduos que completaram o ensino secundário (6,4 %; IC 95: 3,2 - 12,5 %) e mais baixa nos que concluíram o ensino superior (1,4 %; IC 95: 0,6 - 3,4 %). A seroprevalência foi mais elevada nos indivíduos que referiram ter tido um contacto prévio com um caso suspeito ou confirmado de COVID-19 (22,3 % vs 2,0 %) e naqueles que referiram anosmia ou três ou mais sintomas entre: febre, arrepios, astenia, odinofagia, tosse, dispneia, cefaleias, náuseas/vómitos e diarreia (6,5 %, IC 95: 2,6 – 15,3 %). O valor global de seroprevalência de IgM e IgG específicas contra SARS-CoV-2 estimado no ISN COVID-19 aproxima-se do valor obtido nos estudos sero-epidemiológicos realizados em outros países. O valor estimado é compatível com uma limitada extensão da infeção na população Portuguesa, entre março e junho de 2020, e distante do valor necessário para alcançar a imunidade de grupo (projetado, na literatura, entre 43 a 67 %). As diferenças observadas entre a seroprevalência e a incidência acumulada da infeção reportada pelo SINAVE e a proporção de participantes que, neste estudo, referiu infeção prévia por SARS-CoV-2 são consistentes com a evidência de menor capacidade de captação de casos ligeiros ou assintomáticos pelos sistemas de vigilância. Cerca de 44 % dos indivíduos com anticorpos específicos contra SARS-CoV-2 não referiram ocorrência anterior de sintomas de COVID-19. Os resultados observados no ISN COVID-19 aconselham manter as recomendações de proteção individual e coletiva para todos os indivíduos, independentemente do respetivo nível de anticorpos específicos contra SARS-CoV-2, e suportam a necessidade de monitorizar a evolução da sua seroprevalência na população Portuguesa, de acordo com a evolução da epidemia em Portugal, como recomendado pela Organização Mundial de Saúde.
- Predominance of influenza virus A(H3N2) 3C.2a1b and A(H1N1)pdm09 6B.1A5A genetic subclades in the WHO European Region, 2018–2019Publication . Melidou, Angeliki; Hungnes, Olav; Pereyaslov, Dmitriy; Adlhoch, Cornelia; Segaloff, Hannah; Robesyn, Emmanuel; Penttinen, Pasi; Olsen, Sonja J.; Redlberger-Fritz, Monika; Popow-Kraupp, Therese; Hasibra, Iris; Simaku, Artan; Thomas, Isabelle; Barbezange, Cyril; Dedeić-Ljubović, Amela; Rodić-Vukmir, Nina; Korsun, Neli; Angenova, Svetla; Draženović, Vladimir; Koliou, Maria; Pieridou, Despo; Havlickova, Martina; Nagy, Alexander; Trebbien, Ramona; Galiano, Monica; Thompson, Catherine; Ikonen, Niina; Haveri, Anu; Behillil, Sylvie; Enouf, Vincent; Valette, Martine; Lina, Bruno; Gavashelidze, Mari; Machablishvili, Ann; Gioula, Georgia; Exindari, Maria; Kossyvakis, Athanasios; Mentis, Andreas; Dürrwald, Ralf; Zsuzsanna, Molnar; Monika, Rozsa; Löve, Arthur; Erna, Gudrun; Dunford, Linda; Fitzpatrick, Sarah; Castrucci, Maria Rita; Puzelli, Simona; Sagymbay, Altynay; Nussupbayeva, Gaukhar; Zamjatina, Natalija; Pakarna, Gatis; Griskevičius, Algirdas; Skrickiene, Asta; Fournier, Guillaume; Mossong, Joel; Melillo, Jackie; Zahra, Graziella; Meijer, Adam; Fouchier, Ron; McCaughey, Conall; O'Doherty, Mark; Bragstad, Karoline; Guiomar, Raquel; Pechirra, Pedro; Apostol, Mariana; Alina, Druc; Lazar, Mihaela; Maria, Cherciu Carmen; Komissarov, Andrey; Burtseva, Elena; Gunson, Rory N.; Shepherd, Samantha; Tichá, Elena; Staronova, Edita; Prosenc, Katarina; Berginc, Nataša; Pozo, Francisco; Casas, Inmaculada; Brytting, Mia; Wiman, Åsa; Gonçalves, Ana Rita; Demchyshyna, Iryna; Mironenko, Alla; Moore, Catherine; Cottrell, Simon; European Region influenza surveillance networkBackground: The 2018/2019 influenza season in the WHO European Region was dominated by influenza A (H1N1)pdm09 and (H3N2) viruses, with very few influenza B viruses detected. Methods: Countries in the European Region reported virus characterization data to The European Surveillance System for weeks 40/2018 to 20/2019. These virus antigenic and genetic characterization and haemagglutinin (HA) sequence data were analysed to describe and assess circulating viruses relative to the 2018/2019 vaccine virus components for the northern hemisphere. Results: Thirty countries reported 4776 viruses characterized genetically and 3311 viruses antigenically. All genetically characterized A(H1N1)pdm09 viruses fell in subclade 6B.1A, of which 90% carried the amino acid substitution S183P in the HA gene. Antigenic data indicated that circulating A(H1N1)pdm09 viruses were similar to the 2018/2019 vaccine virus. Genetic data showed that A(H3N2) viruses mostly fell in clade 3C.2a (75%) and 90% of which were subclade 3C.2a1b. A lower proportion fell in clade 3C.3a (23%) and were antigenically distinct from the vaccine virus. All B/Victoria viruses belonged to clade 1A; 30% carried a double amino acid deletion in HA and were genetically and antigenically similar to the vaccine virus component, while 55% carried a triple amino acid deletion or no deletion in HA; these were antigenically distinct from each other and from the vaccine component. All B/Yamagata viruses belonged to clade 3 and were antigenically similar to the virus component in the quadrivalent vaccine for 2018/2019. Conclusions: A simultaneous circulation of genetically and antigenically diverse A(H3N2) and B/Victoria viruses was observed and represented a challenge to vaccine strain selection.
- Campylobacter: Impacte na saúde humana e segurança alimentarPublication . Amoroso, Ana Rita Vaz; Alves, Artur Jorge da Costa Peixoto; Lopes, Teresa TeixeiraCampylobacter é a causa mais frequente de gastroenterite bacteriana na Europa. Ao contrário de outras doenças zoonóticas, a incidência europeia de infeções por Campylobacter aumentou na última década. Das diversas espécies de Campylobacter são as termófilas as mais frequentemente associadas a infeção humana, nomeadamente Campylobacter jejuni, responsável por cerca de 80% a 90% dos casos de campilobacteriose, seguida por Campylobacter coli. A maneira mais frequente de um indivíduo se infetar com Campylobacter é através do consumo de alimentos contaminados principalmente aves, sendo a carne de frango apontada como a principal fonte de campilobacteriose. A deteção de Campylobacter em alimentos e animais é geralmente baseada em cultura. Métodos moleculares, Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF-MS), são usados para identificação das espécies. O presente projeto teve quatro objetivos. O primeiro consistiu em validar uma metodologia para detetar, em amostras de carne de frango e em esfregaços de superfícies de embalagens que acondicionavam carne de frango, a presença de C. jejuni e C. coli no meio de enriquecimento, por uma reação em cadeia da polimerase (Screening-PCR) baseada na amplificação do gene mapA de C. jejuni e do gene ceuE de C. coli. As amostras, após submetidas a um enriquecimento, foram isoladas em meios seletivos para deteção e posterior caracterização do microrganismo alvo, segundo a ISO 10272-1:2017. O segundo objetivo consistiu em validar a metodologia Screening-PCR em pools de amostras de carne de frango e em pools de esfregaços de superfícies de embalagens. Pretendeu-se ainda à monitorização da presença de Campylobacter em carne de frago no retalho e na superfície exterior das embalagens onde a carne de frango se encontrava acondicionada. A monitorização de embalagens é importante para avaliar o risco de contaminação pelo contacto com as mãos e superfícies entre as quais as de géneros alimentícios. As amostras foram selecionadas por conveniência tendo sido recolhidas em supermercados e talhos na região norte de Portugal. Foram recolhidas amostras de carne de frango (n=60) e superfícies de embalagens contendo carne de frango (n=63). A metodologia de Screening-PCR do meio de enriquecimento não detetou falsos negativos, tendo o resultado sido concordante com a deteção de Campylobacter de acordo com a ISO 10272-1:2017 em 96% das amostras ensaiadas. Em 4% das amostras foi detetada a presença de genes para C. jejuni e/ou C. coli por PCR no caldo de enriquecimento, mas não foi possível isolar essas estirpes. A metodologia de PCR evidenciou a dificuldade do isolamento de mais de uma espécie na mesma amostra. A monitorização da presença de Campylobacter em 10 gramas de carne de frango e em embalagens de carne de frango colocadas no retalho permitiu detetar a presença respetivamente em 58% e 27% das amostras ensaiadas. Foi detetada a presença de C. jejuni em 88% e C. coli em 25% das amostras positivas para Campylobacter spp. Nas amostras positivas no Screening-PCR para ambas as espécies, não foi possível isolar as duas espécies em 81% das amostras. Estes números mostram a importância de consciencializar a população dos cuidados necessários de higiene na manipulação de carne de frango, na separação dos géneros alimentícios crus e das respetivas embalagens de alimentos que se encontram prontos para sere consumidos, bem como dos que não vão ter um processo térmico e das superfícies utilizadas no seu processamento. A presente dissertação apresenta uma metodologia que rapidamente diferencia os casos negativos dos prováveis positivos, sendo só nestes, necessário prosseguir o ensaio para confirmação da presença de Campylobacter spp. por isolamento de estirpes. A utilização de pools de amostras foi validada o que permitiu diminuir gastos e aumentar número de amostras a ser testadas por reação, em futuros estudos de monitorização. Ficámos cientes que a identificação de espécies de Campylobacter presentes nas amostras terá de ser realizada num maior número de colónias isoladas do que as 5 estabelecidas para a deteção do género Campylobacter. As estirpes isoladas neste estudo poderão ser utilizadas em estudos de avaliação de resistência de Campylobacter a antimicrobianos, pesquisar fatores de virulência, comparar com estirpes isoladas em humanos, animais e no ambiente, entre outros estudos que irão ajudar ao conhecimento da epidemiologia da campilobacteriose e facilitar a gestão do risco.