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- Molecular Epidemiology and Risk Factors of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae Isolates in Portuguese Hospitals: Results From European Survey on Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae (EuSCAPE)Publication . Manageiro, Vera; Romão, Raquel; Moura, Inês Barata; Sampaio, Daniel A.; Vieira, Luís; Ferreira, Eugénia; Caniça, ManuelaIn Portugal, the epidemiological stage for the spread of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) increased from sporadic isolates or single hospital clones (2010-2013), to hospital outbreaks, later. Here we report data from a 6-month study performed under the European Survey on Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae (EuSCAPE). During the study period, 67 isolates (61 Klebsiella pneumoniae and 6 Escherichia coli) non-susceptible to carbapenems were identified in participant hospital laboratories. We detected 37 blaKPC-type (including one new variant: blaKPC-21), 1 blaGES-5, and 1 blaGES-6 plus blaKPC-3, alone or in combination with other bla genes. Bioinformatics analysis of the KPC-21-producing E. coli identified the new variant blaKPC-21 in a 12,748 bp length plasmid. The blaKPC-21 gene was harbored on a non-Tn4401 element, presenting upstream a partial ISKpn6 (ΔISKpn6/ΔtraN) with the related left IR (IRL) and downstream a truncated Tn3 transposon. PFGE and MLST analysis showed an important diversity, as isolates belonged to distinct PFGE and STs profiles. In this study, we highlighted the presence of the high-risk clone E. coli sequence-type (ST) 131 clade C/H30. This worldwide disseminated E. coli lineage was already detected in Portugal among other antibiotic resistance reservoirs. This study highlights the intra- and inter-hospital spread and possible intercontinental circulation of CPE isolates.
- Detection of deep fungal infections: a polyphasic approachPublication . Sabino, Raquel; Simões, Helena; Veríssimo, CristinaPurpose: Tissue samples from patients with suspicion of deep or subcutaneous fungal infections were analysed at the Portuguese Reference Mycology Laboratory according to a proposed diagnostic approach, which aims to constitute a rapid and accurate diagnosis for these fungal infections. Methodology: Forty-six tissue biopsy samples were analysed over a period of 26 months, using a diagnostic approach that includes culture, panfungal PCR and Aspergillus-directed PCR. Results/Key findings: Overall, 23 samples were reported as negative while the remaining 23 were reported as positive for fungi (PCR, culture and/or histology). PCR showed an estimated detection limit of 12 pg DNA µl–1. From the 46 samples, 30 were negative for fungal DNA while 16 gave positive results. From these, 12 cases were detected by panfungal PCR and six cases by PCR directed toward Aspergillus. In 61 % of the cases, there was concordance between molecular and cultural methods. Aetiological agents identified were Candida albicans, C. glabrata, C. tropicalis, Trichosporon montevideense, Alternaria spp., Exophiala sp., Trichoderma sp., Histoplasma spp., Aspergillus fumigatus, Trichophyton rubrum and Paracoccidioides brasiliensis. Conclusion: Our results showed that the proposed polyphasic approach appears to be a useful strategy in the detection of fungi from tissue samples, allowing a better prognosis. In further studies, the inclusion of a higher number of samples and the implementation of more genus-specific PCRs will certainly contribute to an increase in the specificity and sensitivity of this method.
- Contaminantes alimentares de origem ambiental: percurso, exposição e monitorizaçãoPublication . Coelho, Inês; Gueifão, Sandra; Ventura, Marta; Castanheira, IsabelSerão apresentados cenários alternativos para monitorização da exposição a contaminantes alimentares, nomeadamente os Estudos de Dieta Total.
- Infeção VIH e SIDA: a situação em Portugal a 31 de dezembro de 2017Publication . Departamento de Doenças Infeciosas. Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge; Programa Nacional para a Infeção VIH, SIDA e Tuberculose. Direção-Geral da Saúde (colab.)Relatório anual referente à Infeção VIH e SIDA, elaborado pelo Departamento de Doenças Infeciosas deste Instituto, em colaboração com o Programa Nacional para a Infeção VIH e SIDA da Direção-Geral da Saúde. Este relatório reúne informação epidemiológica que caracteriza a situação em Portugal a 31 de dezembro de 2017, obtida a partir das notificações de casos de infeção por VIH e SIDA que o Instituto Ricardo Jorge recebe, colige e analisa desde 1985, sendo de notificação obrigatória em Portugal desde 2005. São ainda descritas as características dos casos acumulados e tendências temporais no período entre 1983 e 2017. Do relatório apresentado destaca-se o seguinte: - De acordo com as notificações recebidas, até 30 de junho do corrente ano, em 2017 foram diagnosticados 1068 novos casos de infeção por VIH em Portugal; - Os novos diagnósticos ocorreram maioritariamente (99,6%) em indivíduos com idade ≥15 anos, 46,4% dos quais residentes na Área Metropolitana de Lisboa. A maioria (72,0%) registou-se em homens, a idade mediana ao diagnóstico foi 39 anos, a maior taxa de novos diagnósticos (24,8 casos/100000 habitantes) observou-se no grupo etário 25-29 anos. Portugal foi referido como país natal em 64,8% dos casos. À data do diagnóstico da infeção 14,8% dos casos apresentavam patologia indicadora de SIDA e os valores das contagens iniciais de CD4 revelaram que em 51,5% dos novos casos o diagnóstico foi tardio. Em 98,1% dos casos a transmissão ocorreu por via sexual, com 59,9% a referirem contacto heterossexual. Os casos em homens que fazem sexo com homens (HSH) corresponderam a 51,0% dos casos diagnosticados de sexo masculino e apresentaram uma idade mediana de 32 anos. As infeções associadas ao consumo de drogas injetadas constituíram 1,8% dos novos diagnósticos em que é conhecida a via de transmissão; - A análise das tendências temporais da epidemia nacional revela, para a última década, uma descida de 40% no número de novos diagnósticos e de 38% nas respetivas taxas. As tendências recentes revelam ainda um aumento da proporção de casos do sexo masculino, bem como da idade mediana ao diagnóstico, excetuam-se os casos de HSH, que ocorrem com maior frequência em jovens. Verifica-se ainda uma elevada percentagem de diagnósticos tardios, particularmente em heterossexuais; - Encontram-se registados cumulativamente 57.913 casos de infeção por VIH, dos quais 22.102 casos em estádio SIDA, em que o diagnóstico aconteceu entre 1983 e final de 2017. No mesmo período estão registados 14.519 óbitos em casos de infeção por VIH, total acumulado que sofreu um aumento significativo por cumprimento do disposto no Despacho nº 8379/2017 relativo à investigação dos casos de eventual abandono clínico.