Browsing by Author "Duarte, Sara"
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- Characterization of Haemophilus influenzae non-invasive disease in children, in Portugal: 2015-2022Publication . Duarte, Sara; Bajanca Lavado, Maria Paula; Portuguese Group for the Study of Haemophilus influenzae Invasive InfectionBackground: Haemophilus influenzae is a Gram-negative bacterium that colonizes the human upper respiratory tract, where it can remain asymptomatic. It can also progress from colonizer to pathogen and cause acute mucosal infections, such as otitis and conjunctivitis, particularly in children. These infections are frequently associated to NTHi H. influenzae. Empirical treatment with antibiotics is of concern due to possible emergence and dissemina-tion of resistant strains. Aims / Methods: We aim to characterize H. influenzae isolates from two epidemiologically relevant non-invasive diseases, otitis media and conjunctivitis, in Portugal, from 2015 to 2022 and compare this data with results from invasive disease. From January 2015 to December 2022, 134 H. influenzae isolates (78-ear-swab; 56-eye-swab) were collected in the National Reference Laboratory for Haemophilus influenzae, based at the NIH, in Lisbon. Most isolates were from children (99.5%; 132/134). Capsular status was characterized by conventional PCR. Beta-lactamase producers were identified with nitrocefin. Antimicrobial susceptibility was determined by microdilution, according to EUCAST guidelines, for several antibiotics of interest. Genetic diversity was studied by MLST and ST assigned in PubMLST (https://pubmlst.org/organisms/haemophilus-influenzae/). Results: Among 134 H. influenzae isolates, 99.3% were NTHi (133/134), whereas only one encapsulated isolate was found, and characterized as Hia (0.8%, 1/134). Beta- lactamase producers accounted for 6.7% (9/134). Antibiotic susceptibility results (n=113) showed that most isolates were susceptible to the antibiotics tested, with the exception of 34.5% resistance to trimethoprim-sulfamethoxazole (39/113). In the course of this study, we highlight the characterization of a beta-lactamase negative, NTHi isolate, resistant to ampicillin, cefotaxime, cefuroxime, amoxicillin-clavulanic acid, cefepime, and trimethoprim/sulfamethoxazole. This is the first time that we characterized resistance to cefotaxime in H. influenzae, in our country. The isolate, from a 67 years old man with multi-microorganisms corneal ulcer, was characterized as BLNAR group III-like, ST3 (confirmed by WGS). High genetic diversity was observed among NTHi, as expected, with 22 different STs assigned for 31 isolates (71% 22/31), although ST12 and ST34 included three isolates each. When comparing the MLSTs results of isolates from both invasive and non-invasive diseases, we observed that 41% (9/22) of the STs were shared among both diseases: ST-12, ST-34, ST-142, ST-160, ST-262, ST-367, ST-396, ST-1034, and ST-1411.
- Estimativa do número de casos de cancro atribuíveis ao tabagismo em Portugal Continental, no ano de 2008Publication . Duarte, Sara; Garcia, Ana Cristina; Gonçalves, Luzia; Kislaya, IrinaEm Portugal, o cancro é um problema de saúde prioritário. A evidência científica sugere que uma elevada proporção de cancros é atribuível a fatores de risco modificáveis, tais como o consumo de tabaco. O objetivo deste trabalho é estimar o número de casos de cancro em Portugal atribuíveis ao tabagismo, de forma a contribuir para um melhor planeamento de futuras intervenções na área da prevenção do cancro, e, desse modo, para o alcance do maior número possível de ganhos em saúde.
- Pesquisa de Escherichia coli produtora de Shiga toxina (STEC), em Portugal, durante o surto internacional de E. coli O104:H4Publication . Duarte, Sara; Costa Bonito, Conceição; Toscano, Mª Manuel; Sousa, Isabel; Teixeira Lopes, Teresa; Morais Ferreira, Patrícia; Pena, Cláudia; Campos Cunha, Isabel; Saraiva, MargaridaO recente surto de infecção por E. coli O104:H4 (stx2+), que ocorreu entre o início de Maio e o final de Julho de 2011, na Alemanha, e com um foco em França demonstrou-nos que grandes surtos ainda podem acontecer em países desenvolvidos. A Alemanha difundiu muito rapidamente informação sobre a estirpe. O conhecimento das suas características genéticas e fenotípicas levou a que fossem dadas recomendações para uma rápida detecção laboratorial. A estirpe do surto alemão parece partilhar características de virulência de STEC e EAEC. As estirpes STEC geralmente têm um reservatório animal, enquanto o reservatório das EAEC é o Homem. Quatro dias depois das autoridades federais alemãs terem emitido o alerta, foi divulgado um comunicado que implicava pepinos espanhóis como a origem do surto. Este facto causou uma grande falta de confiança da população portuguesa na segurança deste tipo de alimentos. Os produtores e distribuidores portugueses, preocupados com a segurança alimentar dos seus produtos e tendo necessidade de restabelecer a confiança dos consumidores, solicitaram a realização de ensaios laboratoriais em 53 amostras de géneros alimentícios. Os ensaios foram realizados no Departamento de Alimentação e Nutrição do INSA por PCR (método interno que consiste no pré-enriquecimento das amostras tendo por base a ISO 16654:2001 e as especificações técnicas da EFSA (EFSA Journal 2009; 7(11):1366), seguido da extracção do DNA, utilizando duas metodologias paralelas e sequenciais distintas). Não se detectou a presença dos genes stx1 e stx2 em nenhuma amostra. Este surto veio demonstrar ser essencial a cooperação entre a investigação epidemiológica dos casos humanos e a alimentar. Evidenciou a necessidade de estimar com maior precisão a prevalência de STEC em humanos, animais e alimentos. Realçou a necessidade de melhorar a celeridade e qualidade da notificação. Tornou ainda clara a importância de notificar não só os STEC eae positivos, mas também os eae negativos e de avaliar e prevenir a resistência aos agentes antimicrobianos.
- Refractory myasthenia gravis: Characteristics of a portuguese cohortPublication . Santos, Ernestina; Bettencourt, Andreia; Duarte, Sara; Gabriel, Denis; Oliveira, Vanessa; da Silva, Ana Martins; Costa, Paulo Pinho; Lopes, Carlos; Gonçalves, Guilherme; da Silva, Berta Martins; Leite, Maria IsabelIntroduction: Some myasthenia gravis (MG) patients are refractory to conventional treatments. Methods: To describe the clinical features of refractory MG (RMG) and explore the association with human leukocyte antigen HLA-DRB1 alleles, a cohort study of 114 consecutive MG patients was performed. Patients were classified as RMG based on predefined criteria. Results: Twenty-two patients were found to have RMG (19.3%). There were no differences between non-RMG and RMG patients with respect to sex, age of onset, abnormal 3-Hz repetitive nerve stimulation, anti-acetylcholine receptor antibody positivity, thymectomy, thymoma or thymic hyperplasia, and polyautoimmunity. HLA-DRB1*03 was more frequent in the non-RMG vs. control population (P = 3 × 10-6 ). The HLA-DRB1*13 allele was less frequent in non-RMG patients compared with controls (P = 0.002), and less frequent in the non-RMG group compared with the RMG group (P = 0.003). Discussion: HLA-DRB1*03 was more common in non-RMG, and the HLA-DRB1*13 allele appeared to have a protective role, as reported previously in other autoimmune disorders. Muscle Nerve 60: 188-191, 2019.