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Antimicrobial Resistance and Zoonotic Bacteria: Assessing interventions, risk factors and the occurrence of antimicrobial resistance in the food chain production in Portugal

2023-09-29Doctoral thesis Restricted access
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dc.contributor.advisorLeite, Andreia
dc.contributor.advisord'Anjo, Maria Cara
dc.contributor.authorCosta, Miguel Mendes da
dc.date.accessioned2024-03-11T11:11:32Z
dc.date.embargo2026-04-10
dc.date.issued2023-09-29
dc.descriptionTese de doutoramento em Saúde Pública Global apresentada à Escola Nacional de Saúde Pública, Universidade Nova de Lisboa, 2022.pt_PT
dc.descriptionTese defendida a 29-09-2023.pt_PT
dc.descriptionOrientadora Professora Andreia Leite e coorientador Professor Miguel Cardo.pt_PT
dc.description.abstractBackground: Resistant microorganisms that spread in the food system are a major threat to animal health and public health since they are a potential pathway of transmission to humans. This thesis evaluates: (i) antimicrobial resistance (AMR) prevalence and associated risk factors in the Portuguese food system (ii) effectiveness of interventions designed to reduce and adequate antimicrobial usage in animal production and tackle AMR. Methods: Portuguese AMR surveillance program on animals and food products data, 2014-2019, were used to estimate prevalence of AMR in Escherichia coli, Campylobacter and Salmonella samples, factors associated with Salmonella resistance, and AMR profiles. Logistic regression and clustering methods were applied. Effectiveness was assessed in a systematic review with meta-analysis. Articles were identified on PubMedTM, ScopusTM, The Cochrane LibraryTM, Web of ScienceTM, and grey literature on DANS EASYTM, WorldCatTM, RCAAPTM. Effectiveness was estimated by intervention, bacterial species, production type and population through fixed and random-effects models. Results: High prevalence of Salmonella resistance was observed, especially during summer and in post farm-stages to most antimicrobials and in summer and farms to fluoroquinolones and quinolones-F(Q). Salmonella F(Q) resistance was associated with broilers. Clusters suggested an escalating multi-drug resistance (MDR) behavior from farm to post-farm stages. Our review indicates that organic and antimicrobial-free farms, and group treatment restrictions lead to AMR reduction. Conclusions: Further attention is needed in the Portuguese food system regarding AMR behavior in particular in post-farm stages due to the potential source of MDR bacteria. Our findings support policy- and decision-making on effective interventions to reduce AMR. Keywords: food-producing animals; antimicrobial resistance; zoonotic bacteria; surveillance; food security; One Health.pt_PT
dc.description.abstractContexto: Os microrganismos resistentes e a sua disseminação pelo sistema de produção de alimentos constituem uma ameaça para a saúde animal e para a saúde pública. Foram avaliados: (i) prevalência de resistência aos antimicrobianos (RAM) e fatores de risco associados à sua ocorrência no sistema português de produção de alimentos, (ii) efetividade de intervenções para redução do uso de antimicrobianos em produção animal e assim reduzir a RAM. Métodos: Análise dos dados do Programa de Vigilância de Resistência aos Antimicrobianos em animais e alimentos de origem animal, 2014-2019 em Portugal, para estudar as RAM e os seus perfis em E. coli, Campylobacter e Salmonela, e avaliar fatores de risco associados ao desenvolvimento de RAM em Salmonella, através de modelos de regressão logística e de clustering. A efetividade foi estudada através de revisão sistemática com meta-análise. Os artigos foram identificados na PubMedTM, ScopusTM, The Cochrane LibraryTM, Web of ScienceTM, e literatura cinzenta na DANS EASYTM, WorldCatTM, RCAAPTM. A efetividade foi estimada por tipo de intervenção e produção, espécie bacteriana, e população animal, através de modelos de efeitos fixos ou aleatórios. Resultados: Prevalência elevada de resistência à Salmonella, especialmente durante o Verão na maioria dos antimicrobianos testados e em fases de produção destinadas ao processamento de alimentos, mas também para fluoroquinolonas e quinolonas-F(Q)- ao nível de explorações de animais. A resistência às F(Q) em Salmonella esteve mais associada a frango de engorda. Os grupos formados pelo método de clustering, indicaram um comportamento de multirresistência em cascata desde as unidades de produção de animais até às de retalho. A revisão demonstrou uma redução de RAM associada à produção orgânica, explorações livres de utilização de antimicrobianos e restrições de tratamentos de grupo. Conclusão: É essencial reforçar a atenção ao comportamento das RAM no sistema português de produção de alimentos, principalmente em unidades de processamento de alimentos e de retalho, devido à potencial fonte de bactérias multirresistentes. Os resultados obtidos apresentam informação útil para a definição de ações no combate às RAM.pt_PT
dc.description.sponsorshipFunding: This research was supported by the Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT) (PD/BD/135759/2018 and COVID/BD/152615/2022)pt_PT
dc.description.versionN/Apt_PT
dc.identifier.tid101640366
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10400.18/9163
dc.language.isoengpt_PT
dc.relationAntimicrobial Resistance and Zoonoses: One Health Challenge
dc.relationAntimicrobial Resistance and Zoonoses: One Health Challenge
dc.relation.publisherversionhttps://run.unl.pt/handle/10362/164190pt_PT
dc.subjectAntimicrobial Resistancept_PT
dc.subjectZoonotic Bacteriapt_PT
dc.subjectFood-producing Animalspt_PT
dc.subjectSurveillancept_PT
dc.subjectFood Securitypt_PT
dc.subjectOne Healthpt_PT
dc.subjectResistência aos Antimicrobianospt_PT
dc.subjectAnimaispt_PT
dc.subjectBactérias Zoonóticaspt_PT
dc.subjectVigilânciapt_PT
dc.subjectSegurança Alimentarpt_PT
dc.subjectUma Só Saúdept_PT
dc.subjectDeterminantes da Saúde e da Doençapt_PT
dc.subjectPortugalpt_PT
dc.titleAntimicrobial Resistance and Zoonotic Bacteria: Assessing interventions, risk factors and the occurrence of antimicrobial resistance in the food chain production in Portugalpt_PT
dc.typedoctoral thesis
dcterms.descriptionOrientadora Professora Andreia Leite: ENSP e Departamento de Epidemiologia do INSA.
dspace.entity.typePublication
oaire.awardTitleAntimicrobial Resistance and Zoonoses: One Health Challenge
oaire.awardTitleAntimicrobial Resistance and Zoonoses: One Health Challenge
oaire.awardURIinfo:eu-repo/grantAgreement/FCT/OE/PD%2FBD%2F135759%2F2018/PT
oaire.awardURIinfo:eu-repo/grantAgreement/FCT//COVID%2FBD%2F152615%2F2022/PT
oaire.citation.conferencePlaceLisboa, Portugalpt_PT
oaire.fundingStreamOE
project.funder.identifierhttp://doi.org/10.13039/501100001871
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project.funder.nameFundação para a Ciência e a Tecnologia
project.funder.nameFundação para a Ciência e a Tecnologia
rcaap.embargofctAcesso de acordo com o repositório https://run.unl.pt/pt_PT
rcaap.rightsembargoedAccesspt_PT
rcaap.typedoctoralThesispt_PT
relation.isProjectOfPublication334dcafd-b855-4c97-b45d-103eaa6104f4
relation.isProjectOfPublicationb55bc743-134c-414d-85b8-7d803628872d
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