Search for inhibitors of the D-ala-D-ala pathway in peptidoglycan synthesis as potential anti-tuberculosis drugs

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Determinants of the Sympatric Host-Pathogen Relationship in Tuberculosis

Publication . David, Susana; Mateus, A.R.A.; Duarte, Elsa; Albuquerque, José Maria; Portugal, Clara; Sancho, Luísa; Lavinha, João; Gonçalves, Guilherme

Major contributions from pathogen genome analysis and host genetics have equated the possibility of Mycobacterium tuberculosis co-evolution with its human host leading to more stable sympatric host–pathogen relationships. However, the attribution to either sympatric or allopatric categories depends on the resolution or grain of genotypic haracterization. We explored the influence on the sympatric host-pathogen relationship of clinical (HIV infection and multidrug-resistant tuberculosis [MDRTB]) and demographic (gender and age) factors in regards to the genotypic grain by using spacer oligonucleotide typing (spoligotyping) for classification of M. tuberculosis strains within the Euro-American lineage. We analyzed a total of 547 tuberculosis (TB) cases, from six year consecutive sampling in a setting with high TB-HIV coinfection (32.0%). Of these, 62.0% were caused by major circulating pathogen genotypes. The sympatric relationship was defined according to spoligotype in comparison to the international spoligotype database SpolDB4. While no significant association with Euro-American lineage was observed with any of the factors analyzed, increasing the resolution with spoligotyping evidenced a significant association of MDRTB with sympatric strains, regardless of the HIV status. Furthermore, distribution curves of theprevalence of sympatric and allopatric TB in relation to patients’ age showed an accentuation of the relevance of the age of onset in the allopatric relationship, as reflected in the trimodal distribution. On the contrary, sympatric TB was characterized by the tendency towards a typical (standard) distribution curve. Our results suggest that within the EuroAmerican lineage a greater degree of genotyping fine-tuning is necessary in modeling the biological processes behind the host-pathogen interplay. Furthermore, prevalence distribution of sympatric TB to age was suggestive of host genetic determinisms driven by more common variants

2015-11-03Journal article

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Evidência para o efeito de um “gene principal” do hospedeiro na suscetibilidade à tuberculose multirresistente em Portugal

Publication . David, Susana; Mateus, Ana R.A.; Duarte, Elsa L.; Albuquerque, José; Portugal, Clara; Sancho, Luísa; Lavinha, João; Gonçalves, Guilherme

A análise do genoma do patógeno e da genética do hospedeiro tem possibilitado o entendimento da coevolução do Mycobacterium tuberculosis com o seu hospedeiro humano, conduzindo a relações simpátricas mais estáveis entre o hospedeiro e o patógeno. A influência de fatores clínicos (coinfeção pelo VIH e tuberculose multirresistente (MDRTB]) e demográficos (sexo e idade) na relação hospedeiro-patógeno simpátrica foi investigada utilizando o spacer oligonucleotide typing (spoligotyping) enquanto método de genotipagem de isolados do M. tuberculosis pertencendo à linhagem Euro-Americana. Foram analisados 547 casos de tuberculose (TB) e os isolados correspondentes, de uma amostragem consecutiva de seis anos num contexto de elevada prevalência para a coinfecção TB-VIH (32,0%). Entre estes, 62,0% resultaram de infeção causada pelos principais genótipos de M. tuberculosis em circulação. A relação simpátrica foi definida de acordo com o spoligotype em comparação com a base de dados internacional de spoligotype SpolDB4. Foi evidenciada uma associação estatisticamente significativa da MDRTB com os isolados simpátricos, independente da coinfeção pelo VIH. Para além disso, o resultado do estudo da prevalência da distribuição da infeção com a idade foi sugestivo de que os determinantes da predisposição genética do hospedeiro à TB simpátrica eram impulsionados por variantes comuns sob efeito de um “gene principal” (“major gene effect ”). Em termos de saúde pública, estes resultados poderão dar um importante contributo para a elaboração de modelos que preveem a duração dos ciclos de transmissão ativa, nomeadamente associada a casos graves de MDRTB.

2018-12Journal article

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Variantes genéticas do gene IFITM3 revelam um potencial modificador da gravidade sintomática da gripe

Publication . David, Susana; Correia, Vanessa; Antunes, Liliana; Faria, Ricardo; Ferrão, José; Faustino, Paula; Nunes, Baltazar; Maltez, Fernando; Lavinha, João; Andrade, Helena Rebelo de

As epidemias de gripe representam um sério problema de saúde pública com elevados custos económicos. Foi sugerido que um dos alelos do gene IFITM3 (rs12252-C) constitui um impor tante fator de risco de base populacional para as formas graves da gripe por infeção pelo vírus A(H1N1)pdm09. Analisámos variantes do IFITM3 associadas à gravidade da doença em doentes por tugueses (n=41). Foram identificados sete SNPs no amplicão de 352bp do IFITM3 em torno do rs12252. De acordo com HapMap, o SNP rs34481144 per tence ao mesmo bloco de desequilíbrio de ligação (LD) que rs12252, e está em LD com rs6421983. A associação negativa com formas sintomáticas graves em relação a ligeiras obser vada para o alelo rs34481144-A é sugestiva de um efeito protetor no modelo de hereditariedade dominante. Para além disso, o haplótipo Hap4 com rs34481144-A, e sem o rs12252-C, mostrou estar significativamente associado a gripe sintomaticamente ligeira. Por outro lado, apesar de a um nível de significância limiar, o haplótipo Hap1 com rs34481144-G, sem rs12252-C, mostrou-se associado à gripe com sintomatologia grave. Em comparação com a população por tuguesa em geral, foram obser vadas diferenças significativas nas frequências do alelo possivelmente protetor rs34481144-A no grupo com sintomatologia grave, do Hap1 deletério no grupo com sintomatologia ligeira e do Hap4 protetor no grupo com doença grave. A proporção de casos com sintomas graves que poderiam ser evitados se todos os indivíduos da população apresentassem o alelo protetor rs34481144-A foi estimada em 56% e 64%, respetivamente na população em geral e no grupo de indivíduos com doença ligeira. A implicação destas variantes nos fenótipos da doença necessita de estudos de validação, nomeadamente de natureza funcional.

2018-12Journal article

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