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  • Unraveling the genome-wide repertoire of the novel chromosomally encoded mcr-8.6 gene variant in Klebsiella michiganensis isolated from manure
    Publication . Rivière, Rani; Teixeira, Pedro; Silva, Catarina; Ramos, Miguel; Dias, Elsa; Manageiro, Vera; Caniça, Manuela
    The increasing rates of colistin resistance worldwide poses a significant threat to public health. While the most commonly described variant is , other variants such as have been detected, typically associated with . However, little is known about the prevalence of in other bacterial species and environmental reservoirs. This study aimed to characterize a novel subvariant identified in a strain isolated from manure in Portugal, collected during an annual longitudinal survey at an Open Air laboratory, as well as to depict its genomic context and potential mobility mechanisms. The strain was subjected to phenotypic susceptibility testing, whole-genome sequencing and hybrid genome assembly. analysis included identification of resistance genes and mobile genetic element. The new gene variant and its genetic environment were characterized. The F731 strain presented susceptibility to colistin with a MIC = 0.25 mg/L, despite carrying a novel subvariant, , which was located within a 61.6 kb chromosomal genomic island. This variant presented 23-24 amino acid substitutions compared to previous characterized MCR-8 proteins. The genomic island also harbored multiple insertion sequences (IS, IS, IS), virulence factors, and metabolic and regulatory proteins, among others. Synteny analysis revealed high sequence identity between this genomic island and both chromosomal and plasmid regions from other bacterial strains isolated from different reservoirs worldwide, indicating prior mobility. Furthermore, other antimicrobial resistance genes were detected [e.g., ', ], but no plasmid replicons were identified. This is the first report of a gene in a , as well as the first occurrence in Portugal. Although F731 remains colistin-susceptible, the presence of a novel chromosomally encoded but located in a mobile genomic island underscores the risk of future horizontal gene transfer. These findings highlight the importance of further monitoring and continued surveillance in environmental and animal compartments in order to track the dissemination of antimicrobial resistance.
    2025-12-03Artigo científico Acesso aberto Ver mais
  • Validation of next generation sequencing technology in the identification of complex and rare cases of hemoglobinopathies
    Publication . Antunes, Mariana
    As hemoglobinopatias estão entre as doenças genéticas mais frequentes no mundo e podem representar um desafio ao diagnóstico devido à sua elevada heterogeneidade molecular e clínica. Em Portugal, assim como em outros países europeus, a sua prevalência e espectro mutacional têm vindo a aumentar devido a fluxos migratórios recentes. As abordagens tradicionais de diagnóstico combinam ensaios hematológicos, bioquímicos e moleculares direcionados. Estes últimos, por serem dirigidos a genes específicos, podem não detetar genótipos raros ou complexos. Neste trabalho foram analisadas 40 amostras anonimizadas de hemoglobinopatias através do painel Devyser Thalassemia versão 1 (v1) de sequenciação de nova geração (NGS) e equipamento MiSeq (Illumina). Foram identificadas 639 alterações genéticas, incluindo 622 variantes de nucleótido único (SNVs) e 17 variações no número de cópias (CNVs), correspondentes a 77 variantes distintas em seis genes e regiões regulatórias. Sempre que necessário, os resultados do NGS foram validados por técnicas moleculares convencionais. Um subconjunto de casos complexos foi ainda reanalisado com o kit Devyser Thalassemia v2. Nos 40 casos identificaram-se 37 variantes distintas clinicamente relevantes: os métodos tradicionais detetaram 35, enquanto o kit NGS v1 identificou 31, falhando sobretudo variantes de δ- e γ-globina devido a cobertura incompleta dos respetivos genes. As discrepâncias foram resolvidas com o kit NGS v2, que alcançou concordância total com as metodologias tradicionais. A avaliação do desempenho diagnóstico entre o kit NGS v1 e os métodos tradicionais revelou elevada sensibilidade e especificidade com concordância substancial para SNVs (κ = 0,65) e quase perfeita para CNVs (κ = 0,95). A utilização da tecnologia de NGS nestes 40 casos permitiu a deteção de três deleções provavelmente novas, localizadas no agrupamento génico da β-globina e associadas a formas de γ-, δ- e δβ-talassemia. Para além disso, permitiu desvendar a base molecular de vários casos invulgares, incluindo uma tripla hemoglobinopatia que mimetizava fenotipicamente a variante Hb C-Harlen. Este trabalho demonstra o valor acrescentado do NGS na caracterização dos casos complexos de hemoglobinopatias. A cobertura alargada do kit Devyser Thalassemia v2 reforça o seu papel como ferramenta de diagnóstico molecular e investigação, possibilitando a deteção de múltiplas alterações, em diferentes genes e regiões regulatórias, e fornecendo informação útil para a gestão clínica e o aconselhamento genético.
    2025-12-03Recurso educativo Acesso aberto Ver mais