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  • Vaccine effectiveness against influenza A in older adults and the effect of chronic conditions: results from the I-MOVE and VEBIS multicentre European hospital case-control studies, 2015/16-2023/24
    Publication . Rose, Angela Mary Catherine; Nicolay, Nathalie; Mazagatos, Clara; Martínez-Baz, Iván; Launay, Odile; De Mot, Laurane; Bella, Antonino; Lazar, Mihaela; Machado, Ausenda; Kuliešė, Monika; Abela, Stephen; Vučina, Vesna Višekruna; van Gageldonk-Lafeber, Rianne; Bino, Silvia; Dürrwald, Ralf; Paradowska-Stankiewicz, Iwona; Horváth, Judit Krisztina; Duffy, Róisín; Husa, Petr; McMenamin, Jim; Pozo, Francisco; Howard, Jennifer; Latorre-Millán, Miriam; Castilla, Jesús; Nguyen, Liem Binh Luong; Dauby, Nicolas; Riccardo, Flavia; Ivanciuc, Alina; Gomez, Verónica; Jančorienė, Ligita; Xuereb, Gerd; Petrović, Goranka; Marbus, Sierk; Vasili, Adela; Tolksdorf, Kristin; Bogusz, Joanna; Oroszi, Beatrix; Domegan, Lisa; Součková, Lenka; Marsh, Kimberley; Bacci, Sabrina; Kissling, Esther; I-MOVE & VEBIS Hospital Network teams
    Background: The Influenza - Monitoring Vaccine Effectiveness in Europe (I-MOVE/I-MOVE+) and Vaccine Effectiveness, Burden and Impact Studies (VEBIS) hospital networks have conducted seasonal multicentre, test-negative, case-control studies in Europe to measure influenza vaccine effectiveness (IVE) since 2015/16. We measured the effect of chronic conditions on VE of influenza A subtypes among older adults (≥ 65 years) using pooled-season data (2015/16-2023/24). Methods: Hospital teams swabbed patients with severe acute respiratory infection (SARI) within 7 days of symptom onset. Cases were RT-PCR positive for influenza A(H1N1)pdm09 or A(H3N2); controls negative for any influenza virus. We calculated overall pooled-season IVE against influenza A(H1N1)pdm09 and A(H3N2), adjusted for study site, sex, age and onset date; and stratified by number of and by each chronic condition (diabetes, heart disease, lung disease/asthma, immunosuppression, kidney disease, liver disease, cancer, obesity). We investigated interaction between vaccination and each condition. Results: We included 1805 A(H1N1)pdm09 cases with 16,329 controls; 2590 A(H3N2) cases with 14,920 controls, from 13 study sites (12 countries). Over all seasons, 63-67% cases and 70% controls had ≥ 2 chronic conditions. Against A(H1N1)pdm09, pooled-season IVE was 37% (95%CI: 29-44) overall; 49% (95%CI: 9-72), 30% (95%CI: 12-44) and 38% (95%CI: 29-46) in those with 0, 1, ≥ 2 chronic conditions. Most IVE point estimates were 34-45%, apart from immunosuppression (-7%), kidney disease (17%) and liver disease (54%), but 95% CIs overlapped. Significant interaction was observed for kidney disease (p = 0.02) and immunosuppression (p = 0.01). Against A(H3N2), pooled-season IVE was 17% (95%CI: 8-25) overall; 15% (95%CI: -26-42), 11% (95%CI: -8-27) and 18% (95%CI: 7-28) in those with 0, 1, ≥ 2 chronic conditions. Here, IVE point estimates ranged 13-25%, apart from immunosuppression (5%), kidney disease (6%) and liver disease (31%), although 95% CIs overlapped. There were no significant interactions. Conclusions: Pooled-season results suggest low-moderate VE against influenza A subtypes among older SARI patients; higher against A(H1N1)pdm09 than A(H3N2), with little evidence of chronic condition modifying effect, apart from kidney disease and immunosuppression. We stress the importance of developing improved influenza vaccines for specific populations, and encourage further research into the effect of chronic conditions on IVE in older adults.
    2025-11-03Artigo científico Acesso aberto Ver mais
  • Desenvolvimento de uma metodologia para sequenciação de regiões altamente polimórficas de HCMV para avaliação dos perfis mutacionais da população viral
    Publication . Carrasqueira, Patrícia Isabel Barreiros; Ferreira, Rita; Paixão, Paulo; Chasqueira, Maria de Jesus
    O citomegalovírus humano (HCMV, do inglês human cytomegalovirus) possui um genoma de ~236 kb sendo o herpesvírus que causa infeções no Homem com maior diversidade genética conhecida. Apesar dos inúmeros esforços para associar os polimorfismos virais e a diversidade da população intra- paciente com o aumento da aptidão viral, com os resultados clínicos e com a latência, as correlações permanecem inconclusivas. Neste estudo, foi desenvolvido um ensaio de tilling PCR multiplex para a sequenciação simultânea de múltiplas regiões genómicas hipervariáveis do HCMV, com o objetivo de caracterizar o polimorfismo deste vírus. Para tirar partido do potencial da sequenciação direcionada de última geração (tNGS, do inglês targeted next-generation sequencing), foi concebida uma tilling PCR multiplex para amplificação de ~ 8% do genoma de HCMV em 7 regiões discretas abrangendo 14 loci polimórficos de interesse (UL33, UL55, UL73, UL74, UL75, UL100, UL115, UL128, UL130, UL131A, UL144, UL146, UL147 e UL147A). Esta abordagem teve por base o desenho de 145 primers diferentes que em conjunto originam 51 amplicões. A otimização de todo o workflow foi realizada tanto ao nível técnico como ao nível da análise bioinformática, com resultados muito promissores. A metodologia foi aplicada a um conjunto de 30 amostras clínicas, tendo-se verificado que cinco apresentavam resultados compatíveis com infeções mistas, sendo que nenhuma destas provinha de infeções congénitas. Da sequenciação das 7 regiões das restantes 25 amostras resultaram sequências consensus de elevada qualidade para a maior parte delas correspondendo a uma elevada taxa de sucesso de 92.6% (162/175). De notar que embora o sucesso da metodologia tenda a diminuir com menores cargas virais foi total mesmo para amostras clínicas com carga viral mais baixa (Ct>25). Verificou-se ainda que, tanto ao nível das sequências concatenadas como gene-a-gene, as amostras clínicas portuguesas não só apresentavam variabilidade genética idêntica à já identificada no conjunto global das sequências retiradas do NCBI (n = 344) como apresentavam diferentes níveis de diversidade entre si. Por fim, focando a análise de polimorfismo em pares de amostras de 3 hospedeiros diferentes verificou-se que estas não apresentavam quaisquer diferenças entre si. Em conclusão a metodologia desenvolvida abre perspetivas promissoras para investigações futuras, que permitam estudar a relação entre polimorfismos do HCMV, a sua aptidão viral e correlacioná-los com os desfechos clínicos.
    2025-11-03Dissertação de mestrado Acesso embargado Ver mais