Departamento de Genética Humana
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Percorrer Departamento de Genética Humana por orientador "Barros, Patrícia"
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- Impact of BCL-6 downregulation in the oncogenic properties of breast cancer cellsPublication . Jorge, João Miguel Dyson de Lima; Barros, Patrícia; Jordan, PeterBreast cancer (BC) incidence has risen over the past two decades, now being the second most prevalent cancer worldwide and the fourth leading cause of cancer-related deaths. Despite advancements in BC treatment, challenges like acquired resistance, recurrence, and metastasis persist. BCL-6, a transcriptional repressor, plays a controversial role in BC development. It is overexpressed in approximately half of primary tumors across all subtypes, correlating with poorer patient prognosis. Conversely, its downregulation is linked to disease progression and metastasis, highlighting the critical need for a deeper understanding of BCL-6's dual role in BC pathogenesis. This study used RNA interference to explore the impact of BCL-6 depletion on the oncogenic progression of MCF-7 cells, a low-tumorigenic estrogen receptor-alpha-positive (ERα+) cell line. While BCL-6 is known to regulate mammary cell proliferation and differentiation, its depletion did not affect MCF-7 cell proliferation or viability but significantly reduced their individual and collective migratory properties. An RNA microarray analysis identified a set of genes upregulated following BCL-6 depletion, including S100A7, previously reported to inhibit MCF-7 cell migration and invasion in ERα+ BC cells. However, our findings showed that S100A7 downregulation alone did not affect MCF-7 migration. Moreover, simultaneous depletion of BCL-6 and S100A7 failed to restore MCF-7 cell migratory behavior. Our results suggest that increased expression of BCL-6 is linked to increased cell migration but is independent of S100A7 upregulation. Further studies are required to clarify the role of BCL-6 in BC, including disease progression.
- Validação de genes alvo da via Rac1/PAK1-BCL6/STAT5 envolvidos na progressão tumoralPublication . Abrantes, Leonor Bárbara Freira; Matos, Paulo Henrique Carrasquinho de; Barros, PatríciaO cancro colorretal é um dos tipos de cancro com maior incidência a nível mundial e também dos mais mortíferos, sendo o seu prognóstico tanto mais limitado quanto mais avançado for o estado da doença. A GTPase Rac1 encontra-se sobre-expressa em vários tipos de carcinoma, nomeadamente colorretal e a desregulação da sua sinalização celular tem sido associada à transformação maligna. Em particular, o eixo de sinalização Rac1/PAK1 encontra-se alterado em cerca de 60% dos tumores sólidos, estando esta alteração associada a tumores mais agressivos e invasivos, com prognósticos clínicos mais desfavoráveis, consequentes, muitas vezes, do desenvolvimento de resistência à quimioterapia. Para além disto, Rac1/PAK1 é também responsável pela ativação de várias vias de sinalização que conduzem à regulação da expressão génica, facto que tem adquirido cada vez mais destaque no estudo da progressão tumoral. O laboratório de acolhimento descreveu, em células de carcinoma colorretal, uma nova via de sinalização em que a ativação de Rac1/PAK1 promove um switch transcricional entre o repressor BCL6 e o ativador STAT5, levando a um aumento da expressão génica. Assim, de forma a identificar todos os locais do genoma nos quais a expressão génica poderia ser modulada por esta via, o grupo de investigação utilizou uma abordagem inovadora de análise de dados de ChIP-seq, explorando a seletividade do switch transcricional, BCL6/STAT5. No presente estudo pretendeu-se validar experimentalmente esta nova abordagem de análise de dados de ChIP-seq, procurando, entre os múltiplos “hits” encontrados, um conjunto de genes cuja modulação da expressão por esta via pudesse elucidar algumas das consequências pro-oncogénicas da sobre-ativação de Rac1 e PAK1 observada em tumores agressivos com mau prognóstico. Os nossos resultados identificaram 2402 genes que respondiam ao switch BCL6/STAT5 aquando da estimulação da via Rac1/PAK. Destes, selecionaram-se para validação experimental um conjunto de 15 genes, para os quais os picos detetados resumiam as características da totalidade dos picos identificados no que respeita a parâmetros como dimensão, amplitude, localização relativa ao respetivo gene, entre outros. Como era esperado, com base em estudos prévios, a variação na expressão dos genes identificados, em resposta à manipulação do estado de ativação da via Rac1/PAK1 é ligeira, não ultrapassando três vezes os valores basais. Curiosamente, alguns destes genes exibiam uma diminuição dos níveis de expressão aquando da ativação da via Rac1/PAK1 e o comportamento contrário na sua inibição. Uma análise mais detalhada das sequências delimitadas pelos picos correspondentes, permitiu identificar dois sub-motivos distintos para os genes que respondiam de forma positiva e negativa à ativação da via Rac1/PAK1, dentro do motivo consensus geral de ligação ao DNA dos fatores BCL6 e STAT5. Em paralelo, realizou-se uma análise de agrupamento funcional, tendo-se observado um enriquecimento dentro da lista de genes identificados de genes envolvidos na resposta e reparação de danos no DNA. Os picos correspondentes a estes genes continham o sub-domínio de resposta positiva à estimulação da via Rac1/PAK1 e a análise funcional da sua expressão demonstrou que os níveis de todos eles aumentavam em resposta à ativação da via e diminuíam aquando da inibição da via. A avaliação do impacto fisiológico da ativação destes genes em células de carcinoma colorretal (DLD1) pelo ensaio do cometa, aquando da ativação da via Rac1/PAK1, revelou que esta via confere uma proteção parcial aos danos induzidos pelo tratamento com o agente alquilante sulfonato de etil-metano (EMS), acelerando o processo de reparação dos mesmos. De notar é o facto de que a inibição desta via com o inibidor seletivo de Rac1, EHT1846, bloqueia significativamente a reparação dos danos genómicos, promovendo mesmo o seu agravamento. Este trabalho veio demonstrar que a nova estratégia de análise de ChIP-seq permite a identificação de pequenas variações transcricionais como a que advém da resposta transcricional ao switch BCL6/STAT5, modulada pela via Rac1/PAK1. Revelou, ainda, o papel da via de sinalização Rac1/PAK1-BCL6/STAT5 na resposta e reparação de danos no DNA, sugerindo que a sua inibição farmacológica poderá ter aplicação terapêutica no cancro, nomeadamente na potenciação dos efeitos de determinados agentes quimioterápicos com efeitos genotóxicos.