Diagnóstico molecular de cancros hereditários por sequenciação de nova geração: cancro da mama e cancro colorretal

Theisen, Patrícia; Silva, Catarina; Caetano, Iris Pereira; Rodrigues, Pedro; Isidro, Glória; Vieira, Luís; Gonçalves, João

http://hdl.handle.net/10400.18/3792

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observacoesNEspecia7-2016_artigo9.pdf		1 MB	Adobe PDF	Download

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Authors

Theisen, Patrícia

Silva, Catarina

Caetano, Iris Pereira

Abstract(s)

O cancro da mama e o cancro colorretal constituem duas das principais causas de morte a nível mundial. Entre 5 a 10% destes casos estão associados a variantes germinais/hereditárias em genes de suscetibilidade para cancro. O objetivo deste trabalho consistiu em validar a utilização da sequenciação de nova geração (NGS) para identificar variantes previamente detetadas pelo método de Sanger em diversos genes de suscetibilidade para cancro da mama e colorretal. Foram sequenciadas por NGS 64 amostras de DNA de utentes com suspeita clínica de predisposição hereditária para cancro da mama ou colorretal, utilizando o painel de sequenciação TruSight Cancer e a plataforma MiSeq (Illumina). Estas amostras tinham sido previamente sequenciadas pelo método de Sanger para os genes BRCA1, BRCA2, TP53, APC, MUTYH, MLH1, MSH2 e STK11. A análise bioinformática dos resultados foi realizada com os softwares MiSeq Reporter, VariantStudio, Isaac Enrichment (Illumina) e Integrative Genomics Viewer (Broad Institute). A NGS demonstrou elevada sensibilidade e especificidade analíticas para a deteção de variantes de sequência em 8 genes de suscetibilidade para cancro colorretal e da mama, uma vez que permitiu identificar a totalidade das 412 variantes (93 únicas, incluindo 27 variantes patogénicas) previamente detetadas pelo método de Sanger. A utilização de painéis de sequenciação de genes de predisposição para cancro por NGS vem possibilitar um diagnóstico molecular mais abrangente, rápido e custo-eficiente, relativamente às metodologias convencionais.

Breast and colorectal cancers are two major causes of cancer-related deaths worldwide. 5-10% of these cases are associated with germline/hereditary variants in cancer susceptibility genes. The aim of this work was to validate a next-generation sequencing (NGS) cancer susceptibility gene panel for the identification of variants previously detected by Sanger sequencing in several breast and colorectal cancer susceptibility genes. DNA samples from 64 patients with a suspected inherited predisposition to breast or colorectal cancers were sequenced on a MiSeq using the Trusight Cancer Sequencing Panel (Illumina). These samples had been previously sequenced by the Sanger method for the BRCA1, BRCA2, TP53, APC, MUTYH, MLH1, MSH2 and STK11 genes. Bioinformatic analysis of NGS data included the MiSeq Reporter, VariantStudio, Isaac Enrichment (Illumina) and Integrative Genomics Viewer (Broad Institute) tools. High analytical sensitivity and specificity was obtained with NGS for the detection of sequence variants in 8 highly penetrant breast and colorectal cancer susceptibility genes, since it successfully identified all 412 sequence variants (93 unique variants, including 27 disease causing variants) previously detected by Sanger sequencing. Clinically useful NGS gene panels for cancer susceptibility will thus provide a more comprehensive and cost-effective molecular diagnosis approach, with a shorter turnaround time when compared to standard methodologies.