Utilize este identificador para referenciar este registo: http://hdl.handle.net/10400.18/5695
Título: Sequenciação do genoma completo como ferramenta da epidemiologia molecular: caracterização de estirpes de Neisseria meningitidis do serogrupo W isoladas em Portugal
Outros títulos: Whole genome sequencing as a tool for molecular epidemiology: characterization of Neisseria meningitidis serogroup W strains isolated in Portugal
Autor: Bettencourt, Célia
Nunes, Alexandra
Simões, Maria João
Palavras-chave: Neisseria meningitidis
Serogrupo W
Vigilância Laboratorial
Infecções Respiratórias
Doenças Infecciosas
Sequenciação de Nova Geração
Sequenciação do Genoma Completo
Saúde Pública
Portugal
Data: Dez-2018
Editora: Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, IP
Citação: Boletim Epidemiológico Observações. 2018;7(Supl 10):29-33
Resumo: Neisseria meningitidis é um comensal da nasofaringe que ocasionalmente causa doença invasiva. Os serogrupos são definidos com base nos antigénios capsulares e a similaridade genética, avaliada por Multilocus Sequence Typing (MLST), permite agrupar as estirpes em complexos clonais (cc). Na Europa, os serogrupos B e C têm sido os mais prevalentes. Desde a epidemia com origem no Hajj em 2000, obser va-se uma incidência crescente de doença invasiva meningocócica (DIM) por estirpes W (MenW), maioritariamente as designadas como a linhagem Hajj. Per tencendo ao cc11, estas estirpes dispersaram-se e evoluíram para várias sublinhagens, nomeadamente a sul-americana, à qual está associada DIM com apresentação clinica atípica e letalidade elevada. É objetivo deste estudo conhecer as características genómicas das estirpes MenW isoladas em Por tugal e compreender a sua relação evolutiva entre estirpes cc11 do mesmo serogrupo, com uma distribuição geográfica e temporal diversa. Caracterizaram-se as estirpes invasivas MenW isoladas em Por tugal entre 2012 e 2018, por MLST e por sequenciação do genoma completo (WGS). Para comparação genómica selecionaram-se os genomas MenWcc11 disponíveis na base de dados Neisseria PubMLST. A análise bioinformática foi realizada com o sof tware chewBBACA e a possível relação evolutiva foi analisada aplicando o algoritmo GoeBURST na plataforma PHYLOViZ Online. No período em análise registaram-se 9 casos de DIM por MenW em Por tugal, agrupadas apenas em dois genótipos cc22 e cc11. As estirpes MenW cc11 incluídas no estudo (4 invasivas e 2 de por tadores) distribuíram-se nas sublinhagens Original UK e Novel UK, emergidas sequencialmente a par tir das estirpes sul-americanas, e numa linhagem da região distal. Tal poder de diferenciação nunca teria sido possível utilizando a metodologia tradicional de caracterização do genótipo (sequenciação de Sanger). O cenário em Por tugal é semelhante ao obser vado noutros países europeus, o que reforça a impor tância da vigilância da DIM, potencialmente com um quadro clínico atípico e letalidade elevada. A metodologia de WGS é uma ferramenta fundamental nesta vigilância e no estudo de sur tos pelo seu poder de diferenciação.
Neisseria meningitidis is a commensal that colonises the nasophar ynx and occasionally causes invasive disease. Capsular polysaccharides define the meningococci serogroups and Multilocus Sequence Typing (MLST) identifies genetic similarities gathering strains into clonal complexes (cc). Serogroups B and C have been the most prevalent in Europe however, since the Haj j epidemics, in 2000, invasive meningococcal disease (IMD) due to W strains (MenW), mostly the referred as the Haj j lineage, are been increasing. Belonging to cc11, these strains spread and evolved into dif ferent sublineage, namely the South American that is associated to an at ypical clinical presentation and high fatalit y rate. This study aims to characterize genetically Por tuguese MenW strains and understand the evolutionar y relationship with MenWcc11 with diverse geographic and temporal distribution. Invasive MenW strains isolated in Por tugal from 2012 to 2018 were characterized by MLST and whole genome sequencing (WGS). For genomic comparison, MenWcc11 available genomes were selected from Neisseria PubMLST database. The sof tware chewBBACA was used for bioinformatics analysis and the algorithm GoeBURST from the PHYLOViZ Online plat form was used for analysis of evolutionar y relationship between strains. Nine cases of IMD due to MenW were obser ved in Por tugal in this 7 years study. Just two genot ypes were identified belonging to cc22 and cc11. The MenWcc11 isolates included in this study (4 invasive and 2 from carriers) were clustered into the sublineages Original UK and Novel UK, that successively emerged from South American strains, and into a distal region lineage. Such dif ferentiation power would never been possible using the traditional genot ype characterization methodology (Sanger sequencing). The scenario in Por tugal is quite similar to other European countries, which reinforces the impor tance of sur veillance of IMD, potentially with an at ypical clinical presentation and high fatalit y rate. WGS is an impor tant tool in this sur veillance and for outbreaks study due to its power to dif ferentiate strains.
URI: http://hdl.handle.net/10400.18/5695
ISSN: 0874-2928
2182-8873 (em linha)
Aparece nas colecções:DDI - Artigos em revistas nacionais

Ficheiros deste registo:
Ficheiro Descrição TamanhoFormato 
Boletim_Epidemiologico_Observacoes_NEspecia10-2018_artigo6.pdf649,15 kBAdobe PDFVer/Abrir


FacebookTwitterDeliciousLinkedInDiggGoogle BookmarksMySpace
Formato BibTex MendeleyEndnote 

Todos os registos no repositório estão protegidos por leis de copyright, com todos os direitos reservados.