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Título: Further contributions towards the molecular analysis of NIPBL and SMC1A genes in a cohort of patients with Cornelia de Lange Syndrome
Autor: Pinto da Costa, Eurico
Orientador: Sousa, Mário
Oliveira, Jorge
Palavras-chave: Doenças Genéticas
Cornelia de Lange
Coesina
hrMCA
Rastreio de Mutações
MLPA
CdLS
NIPBL
SMC1A
Data de Defesa: 2012
Resumo: A Síndrome Cornélia de Lange [CdLS (MIM#122470)] é uma doença multissistémica rara, caracterizada por um fenótipo típico que inclui um dismorfismo facial característico, hirsutismo, atraso no crescimento e desenvolvimento psicomotor, defeitos nos membros, problemas associados a múltiplos sistemas de órgãos, sendo os mais frequentes problemas cardíacos, e refluxo gastrointestinal. A CdLS está associada a defeitos nos genes NIPBL e SMC1A genes (identificados em ~50% e 5% dos doentes, respectivamente), mas outras mutações mais raras foram descritos em outros genes (SMC3, HDCA8, RAD21). A heterogeneidade genética nesta síndrome é explicada ao nível celular, pela proximidade funcional das proteínas codificadas por estes genes, estando envolvidas no complexo das coesinas que unem os cromatídeos irmãos. Em 2005, iniciou-se em Portugal a caracterização clínica e molecular dos doentes com CdLS. A parte inicial deste projecto permitiu a descrição detalhada de treze doentes com novas mutações no gene NIPBL e o desenvolvimento de uma base de dados de mutações específica para este locus (Oliveira et al., 2010). Com a realização desta dissertação de mestrado pretende-se contribuir na caracterização molecular dos restantes 40 doentes Portugueses do grupo de estudo. Os casos não esclarecidos molecularmente foram analisados por outras técnicas nomeadamente, multiplex ligation-dependent probe amplification technique aplicada ao gene NIPBL, e por high resolution melting curve analysis (hrMCA) desenvolvida para o gene SMC1A. A análise do gene NIPBL permitiu a identificação de oito mutações anteriormente descritas na literatura (incluindo um caso com suspeita de mosaicismo somático), três novas mutações (c.86del, c.6983C>G e c.7307C>T), bem como duas grandes delecções neste gene. O desenvolvimento da técnica hrMCA aplicada ao gene SMC1A demonstrou ser eficaz, tratando-se de um método rápido e rentável, tendo permitido a identificação de uma mutação (c.1487G>A). Considerando todos os dados obtidos, foram identificadas mutações em 51% dos doentes Portugueses com CdLS. A utilização de diferentes técnicas moleculares foi essencial para atingir uma taxa de detecção de mutações mais elevada. Devido à recente descoberta de dois genes envolvidos na doença, (HDCA8, RAD21), e existindo ainda uma percentagem razoável de casos sem mutação identificada, é possível que novas causas genéticas de CdLS sejam identificadas neste doentes.
Cornelia de Lange Syndrome [CdLS (MIM#122470)] is a rare multisystemic disorder, characterized by a typical phenotype that includes distinctive facial dysmorphism, hirsutism, growth and psychomotor developmental delay, limb defects, multiple organ system problems such as frequent gastrointestinal and congenital heart defects. CdLS is essentially caused by defects in NIPBL and SMC1A genes (~50% and 5% of cases, respectively), but less frequently mutations have been also described in other genes (SMC3, HDCA8, RAD21). This genetic heterogeneity in CdLS is partially explained by a close functional relationship at the cellular level, since all these genes encode for proteins involved in the sister chromatid cohesion complex. The molecular and clinical characterization of CdLS patients was initiated at the national level in 2005. This initial part of the work enabled the detailed characterization of thirteen CdLS patients with novel NIPBL mutations, and the development of a locus specific database for this gene (Oliveira et al., 2010). The present work intended to unfold new molecular findings in the remaining 40 CdLS patients of our cohort. Molecularly unresolved patients were also analyzed by other techniques such as multiplex ligation-dependent probe amplification technique for NIPBL gene, and by high resolution melting curve analysis (hrMCA) for SMC1A. The analysis of NIPBL gene identified eight mutations previously reported in the literature (including a case with suspected somatic mosaicism), three novel mutations (c.86del, c.6983C>G and c.7307C>T) and two large deletions. The development of hrMCA applied to SMC1A is a fast and cost-effective scanning method, and allowed the identification of one mutation (c.1487G>A). Overall, mutations in SMC1A and NIPBL have been identified in 51% of the Portuguese CdLS patients studied by our group. The combination of different experimental procedure was essential for attaining an enhanced mutation detection rate in CdLS. Considering the distinct gene mutation detection rates a flowchart is proposed for the genetic molecular diagnostic of CdLS. Due to recent discovery of new genes involved in the disease, and considering that several patients are still molecularly uncharacterized, its plausible that in a near future new genetics causes for CdLS will be identified.
Descrição: Dissertação de Mestrado em Biologia apresentada à Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, 2012
Jorge Oliveira, Departamento de Genética Humana do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (Porto)
URI: http://hdl.handle.net/10400.18/1223
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