http://hdl.handle.net/10400.18/24 Mon, 20 May 2013 06:45:13 GMT 2013-05-20T06:45:13Z http://hdl.handle.net/10400.18/1411 Title: Deteção, transmissão e diversidade genotípica de Giardia duodenalis Authors: Júlio, Cláudia Abstract: Giardia duodenalis é um microrganismo eucariota unicelular flagelado, sendo um dos protozoários parasitas mais comuns no intestino do homem e o agente etiológico da giardiose. Em Portugal é reduzido o número de trabalhos publicados sobre este parasita pelo que, os objetivos deste estudo foram avaliar a frequência de infeção e fatores de risco associados, principais vias de transmissão e caraterização genotípica dos diferentes isolados encontrados. Foram estudadas 844 crianças selecionadas aleatoriamente em 25 centros de saúde, utentes do programa nacional de vacinação, do distrito de Lisboa. Foi recolhida uma amostra de fezes e um questionário de cada criança. A frequência de infeção por Giardia foi diagnosticada por exame direto e pelo método ELISA. Para estudo das fontes de infeção recolheram-se 74 amostras de água, processadas pelo Método USEPA 1623 para detetar Giardia spp. e Cryptosporidium spp. Os indicadores fecais e os parâmetros físico-químicos foram analisados de acordo com a Diretiva (2006/7/EC). Foram igualmente recolhidos 13 líquidos duodenais, 304 biopsias e 217 fezes de individuos sintomaticos. Na caraterização genotípica foram amplificados os genes gdh, bg, tpi e o gene de rRNA 18S. A frequência de infeção nas crianças assintomáticas foi 6,9%. As variáveis analisadas que constituíram fator de risco associado à infeção foram o nível de escolaridade dos pais, coinfecção com H. pylori, ausência de sistema de saneamento básico e contato com animal de estimação. Os resultados obtidos nas amostras ambientais apontam para uma ampla distribuição do protozoário nas praias fluviais portuguesas embora o risco para a saúde pública seja baixo. Foi encontrada uma alta frequência do genótipo A comparativamente ao B, tal como acontece nos restantes países do sul da Europa, e confirmada a existência de transmissão antroponótica em crianças e adultos em Portugal. Foi detetado, pela primeira vez, um surto de giardiose em Portugal continental.; [ENG] Giardia duodenalis is a flagellated unicellular eukaryotic organism, one of the most common protozoan parasites in diarrhoeal disease giardiasis. Since the number of published studies on this parasite is low in Portugal, the aims of this study are to estimate the frequency of infection and associated risk factors, establish transmission routes and genotype obtained isolates. 844 children living in the district of Lisbon were randomly selected from 25 health centers, while attending the national vaccination program. A stool sample and a questionnaire were collected for each child. The infection frequency was diagnosed by direct examination and by ELISA. 74 samples of water were also obtained and processed with 1623 USEPA method for detecting Giardia and Cryptosporidium. Faecal indicators and physicochemical parameters were analyzed according to the Directive (2006/7/EC). In this study, 13 duodenal fluid, 304 biopsies and 217 faeces from symptomatic patients were also collected. Multilocus sequencebased genotyping isolates was performed using genes gdh, bg, tpi and also the 18S rRNA gene. The frequency of infection found in asymptomatic children was 6.9%. Population-variables shown to be associated risk factors for G. duodenalis infection were education level of parents, co-infection with H. pylori, living in houses with own drainage system and reported household pet contact. Results obtained with environmental samples indicate a wide distribution of this protozon in Portuguese river beaches although the risk to public health is low. A high frequency of genotype A compared to B was found similary to other European countries. The existence of human transmission in Portugal was confirmed for children and adults. An outbreak of giardiasis was also detected for the first time in mainland Portugal. Description: Tese de doutoramento, Biologia (Microbiologia), apresentada à Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, 2012. Fri, 07 Dec 2012 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/10400.18/1411 2012-12-07T00:00:00Z http://hdl.handle.net/10400.18/1406 Title: Sistema dinâmico da doença meningocócica em Portugal:caracterização e modelo de transmissão Authors: Simões, Maria João Abstract: [PT] Neisseria meningitidis e um comensal frequente na nasofaringe humana que ocasionalmente causa doença meningocócica invasiva (DM). A DM constitui um problema de Saúde Pública devido a incidência alta em crianças, com elevadas taxas de letalidade e sequelas. A vacinação constitui uma medida de controlo. Receia-se que a introdução da vacina conjugada que apenas protege para meningococos C (MenC) origine a substituição dos serogrupos de meningococos, cenário já conhecido após vacinação de crianças com vacina conjugada para pneumococos, que e igualmente comensal da nasofaringe humana com elevada variabilidade genética. E questão desta tese saber se, depois da introdução da vacina MenC em Portugal, o nicho deixado por estirpes C vira a ser ocupado por outros serogrupos, aumentando a incidência da DM causada por serogrupos não incluídos na vacina. Respondeu-se e esta questão com a descrição da epidemiologia da DM, caracterização da doença em Portugal e desenvolvimento de um modelo, baseado na metodologia de Dinâmica de Sistemas, que traduz o comportamento dinâmico da DM. O modelo permite conhecer a importância relativa das variáveis que afectam a epidemiologia e simular cenários de evolução da doença. As características epidemiológicas (incidência e serogrupos/grupo etário, genótipos, proporção de complexos clonais hiper virulentos em estirpes invasivas, efeito da vacina MenC) revelaram-se semelhantes em Portugal e noutros países europeus. O total anual de doentes devolvido pelo modelo é sobreponível ao número de doentes na base de dados nacional. A idade, número de fumadores e capacidade de infecção/invasão das estirpes são as variáveis que mais afectam o modelo. Meningococos de serogrupos não C não ocuparam o nicho deixado pelas estirpes C depois da introdução da vacina. Contudo, a recombinação genética, base da clonalidade da população bacteriana associada a doença invasiva, ocorre continuamente, pelo que e espectável a emergência de estirpes não C, endémicas se bem adaptadas, ou epidémicas se com elevada capacidade de infecção/invasão.; [ENG] Neisseria meningitidis is a common commensal in the human nasopharynx that occasionally causes invasive meningococcal disease (MD). The MD is a public health problem due to the high incidence in children, with high rates of mortality and sequelae. Vaccination is an effective control measure. After the introduction of a conjugate vaccine that only protects for serogroup C meningococci (MenC), the replacement of meningococcal serogroups can be feared. Such scenario is already known after vaccination of children with pneumococcal conjugate vaccine, which is also a human commensal of the nasopharynx with high genetic variability. The question of this thesis is whether, after the introduction of the MenC vaccine in Portugal, the niche left by C strains will be occupied by other serogroups, increasing the incidence of MD caused by serogroups not included in the vaccine. To find an answer to this question, it was described the epidemiology of MD, characterized the disease in Portugal and developed a model based on the methodology of System Dynamics, which reflects the dynamic behavior of MD. The model shows the relative importance of variables affecting the epidemiology of MD and allows the simulation of scenarios for evolution of the disease. The epidemiological characteristics – incidence and serogroups / age group, genotypes, the proportion of hyper-virulent clonal complex in invasive strains, the effect of MenC vaccine – showed similarities in Portugal and in other European countries. The total number of patients by year returned by the model is overlapped with the number of patients in the national database. Age, number of smoking people and the ability of infection / invasion of the strains are the variables that most affect the model. Meningococci of non C serogroups did not occupy the niche left by C strains after the introduction of the vaccine. However, being the genetic recombination the base of the clonality of bacterial population associated with invasive disease, which occurs continuously, the emergence of non C strains can be expected, endemic if they are well adapted or epidemic if they have high capacity for infection / invasion. Description: Tese de doutoramento, no ramo de Farmácia (Microbiologia), apresentada à Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa, 2012 Sat, 01 Sep 2012 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/10400.18/1406 2012-09-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/10400.18/519 Title: Dynamics of β-lactamases in Gram-negative bacteria Authors: Manageiro, Vera Abstract: β-Lactamase production is the most important resistance mechanism among Gram-negative bacteria. The overall aim of this PhD thesis was to contribute to the knowledge of molecular epidemiology of β-lactamases and to the understanding of their diversity in a structural-functional level. To accomplish this aim, several studies with different approaches were performed. The emergence of β-lactamase-producing isolates, as well as the appearance of new epidemic clones, is of great concern. The studies presented in the first chapter of results, have clearly shown that specific extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-, plasmid-mediated AmpC β-lactamase (PMAβ)- and carbapenem-hydrolyzing class D β-lactamase (CHDL)-producing clones are able to persist in clinical settings for long periods, resulting in a complex β-lactamase endemic situation. A high diversity of β-lactamases was encountered, specifically: CTX-M family which is the most prevalent ESBL, and PMAβ (e.g., DHA-1, CMY-2, CMY-39, MIR-1, MIR-3, FOX-5 and the novel CMY-46 and CMY-50), both in Enterobacteriaceae, as well as CHDLs OXA-23 and OXA-24/40 in Acinetobacter baumannii. The results obtained in this thesis also highlight different strategies for bacterial spread of resistance that can occur through either clonal spread or horizontal gene transfer of mobile genetic elements. In the second chapter of results, structure/function correlation of five novel clinical important β-lactamases, namely three inhibitor-resistant SHV (SHV-72, SHV-84 and SHV-107), one ESBL (SHV-55) and one parental SHV (SHV-99), are presented. One of the key findings we can infer from results is that the conserved motif Lys234-Thr/Ser235-Gly236, present in class A β-lactamases, is a hot-spot for β-lactamase inhibition, meaning that new compounds can be designed to address this structural feature. In summary, the work performed in this thesis allows the elucidation on the dynamics of β-lactamases in Gram-negative bacteria, in Portugal. Molecular characterization together with biochemical data is essential for understanding the emergence of new resistance mechanisms and their spread. Description: Tese de doutoramento, Biologia (Microbiologia), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2011; Tese orientada pela Doutora Manuela Caniça, Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, e pela Professora Doutora Maria Filomena Caeiro, da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa Mon, 10 Oct 2011 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/10400.18/519 2011-10-10T00:00:00Z