http://hdl.handle.net/10400.18/25 2013-05-14T21:51:25Z 2013-05-14T21:51:25Z João, Inês http://hdl.handle.net/10400.18/1229 2013-02-11T13:01:58Z 2012-10-31T00:00:00Z

Title: Validação de um algoritmo para identificação de Mycobacterium spp. no diagnóstico laboratorial Authors: João, Inês Abstract: The last decade of the 20th century was marked by the appearance of the HIV pandemic. Together with this plague came not only the resurgence of tuberculosis but also the appearance of opportunistic infections due to nontuberculous mycobacteria (NTM) mainly by members of Mycobacterium avium complex (MAC). Later on these opportunistic infections were also often described in other groups of patients (e.g., organ transplanted and oncologic patients), which shared a compromised immune system. Concurrently, the number of NTM recognized as potential ethological agents of human diseases increased. Among these we highlight M. kansasii, M. abcessus, M. chelonae, M. malmoense and M. xenopi. Currently, NTM infections are an important health care problem, affecting both immunodepressed and immunocompetent individuals, with difficult diagnose and treatment since NTM are highly resistant to the available drugs. This fact lead us to a paradoxical situation in which microorganisms rated as level 1 and 2, based on biohazard classification, represent a threat similar to Mycobacterium tuberculosis multidrug resistant strains. The first step to overcome this problem is the implementation of fast and efficient diagnosis methods. This will enable the physician to diagnose and rapidly implement a therapeutical scheme in order to treat the patient and prevent the spread of the disease within the community. The present work intends to be a step forward to the achievement of this goal. In the present work 54 NTM strains from the INSA, Infection Diseases Department bacterial collection (years 2008-2009) were identified at least by two molecular biology methods following accepted guidelines. The results rendered by three different methods (PRA-hsp65, 16S rRNA and hsp65 sequention) were compared in order to analyze their performance in NTM identification. The main conclusion drawn from this work is that the correct identification of a NTM can only be achieved by the combination of at least two different methods. Usually is necessary to combine genotyping methods with the analysis of key phenotypic characteristics.; O aparecimento da pandemia do VIH na última década do século XX foi responsável pelo aumento do número de casos de tuberculose e também de infecções oportunistas por Micobactérias Não Tuberculosas (MNT) nesta população. O maior número de casos foi devido a infecções por micobactérias do complexo M. avium (MAC). Posteriormente, foi descrito que estas infecções eram frequentes noutros grupos da população que tinham em comum a existência de deficiências no sistema imunitário (e.g., transplantados, indivíduos com problemas do fórum oncológico). Paralelamente, começou a aumentar o número de MNT que eram consideradas como potenciais agentes etiológicos de infecções. Entre estas, salientamos o M. kansasii, M. abcessus, M. chelonae, M. malmoense e M. xenopi. Actualmente, as infecções por MNT são um grave problema de saúde pública, que afecta tanto os indivíduos imunodeprimidos como os imunocompetentes, cujo diagnóstico e tratamento são muito difíceis devido à elevada taxa de resistência aos fármacos actualmente disponíveis. Este facto conduz a uma situação paradoxal em que microrganismos classificados nas classes I e II sejam equiparados a microrganismos como o M. tuberculosis na sua vertente mais assustadora (estirpes multirresistentes). O primeiro passo para a resolução dos problemas levantados por estas infecções é a implementação de métodos de diagnóstico eficazes e rápidos. Estes devem permitir ao clínico não só implementar rapidamente uma terapêutica eficaz, como evitar a propagação das infecções a outros membros da comunidade. Este trabalho pretende ser um contributo para alcançar este objectivo. Para tal, identificámos de acordo com as directrizes vigentes, pelo menos dois métodos de biologia molecular e um método fenotípico, 54 estirpes de MNT (anos 2008-2009) pertencentes à colecção de estirpes bacterianas da Unidade de Micobactérias do Departamento de Doenças Infecciosas do INSA. Os resultados obtidos pelos diferentes métodos foram comparados de forma a avaliar a sua eficácia. A comparação dos três métodos (PRA-hsp65, sequenciação do hsp65 e do 16S rRNA), combinado com algumas características fenotípicas chave (tempo de crescimento e produção de pigmento), demonstraram que a correcta identificação de estirpes isoladas necessita da combinação de pelo menos dois métodos. Description: Dissertação de Mestrado em Microbiologia Clínica, apresentada à Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, 2012; Luísa Jordão, Departamento de Doenças Infecciosas do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge

2012-10-31T00:00:00Z Cordeiro, Rita http://hdl.handle.net/10400.18/647 2012-02-28T02:34:13Z 2011-10-25T00:00:00Z

Title: Estudo de dois membros da familia das proteínas da membrana externa de Helicobacter pylori, homC e homD Authors: Cordeiro, Rita Abstract: Neste trabalho pretendeu se estudar a diversidade genética e evolução dos genes homC e homD, que codificam para OMPs de H. pylori, num painel de 192 estirpes isoladas de doentes de origem geográfica diferente e com diversas gastropatologias. Foram utilizadas as técnicas de PCR, sequenciação e ferramentas de bioinformática. Posteriormente, pretendeu se esclarecer o papel destes genes na virulência de H. pylori, através de ensaios in vitro e avaliação da antigenicidade das respectivas proteínas. A reconstrução filogenética do gene homC revelou uma segregação geográfica, com três grupos predominantes, Ocidental, Oriental/Ameríndio e Africano. Foram identificadas oito variantes alélicas, com especificidade geográfica nos alelos mais prevalentes. Os resultados sugerem que estas variantes podem estar envolvidas na adaptação da bactéria ao hospedeiro e constituir marcadores da patologia gástrica e da virulência da estirpe. O gene homD mostrou menor diversidade genómica. No entanto, no terminal N das proteínas HomD foi observada uma zona variável de repetições de motivos de KP (2 9 KP), tendo se verificado uma correlação entre um menor número de repetições de motivos KP (≤4 KP) e a UP e o maior número de repetições (≤7 KP) e a gastrite. A análise in silico da proteína HomD mostrou que esta região de repetições exibe um elevado índice de hidrofibicidade e antigenicidade e uma alta probabilidade de exposição à superfície da bactéria. A corroborar estes resultados, demonstrou se que a proteína HomD é antigénica. Os ensaios in vitro sugerem que o gene homC poderá estar envolvido na resposta inflamatória de H. pylori. Globalmente, os resultados obtidos neste estudo sugerem que o gene homC está implicado na interacção entre H. pylori e o hospedeiro, contribuindo para a virulência desta bactéria. O gene homD parece ser um importante antigénio de H. pylori, e devido à sua elevada conservação a nível mundial, poderá constituir um novo alvo vacinal ou terapêutico.; This work aimed to study the genetic diversity and evolution of homC and homD genes, coding for H. pylori OMPs, in a panel of 189 strains isolated from patients from different geographical origins and presenting different gastric diseases. PCR, sequencing and bioinformatics analysis were used. Subsequently, to clarify the role of these genes in H. pylori virulence, in vitro experiments and evaluation of the proteins antigenicity were performed. Phylogenetic reconstruction of homC gene revealed a geographic segregation, with three predominant groups, Western, East Asian/Amerindian and African. Eight allelic variants were identified, with geographic specificity regarding the most prevalent alleles. The results suggest that these variants may be involved in bacteria adaptation to the host and constitute markers of gastric pathology and of strain virulence. homD gene showed a lower genomic diversity. However, in the N-terminus of HomD a region with a variable number of KP motifs repeats (2-9 KP) was observed, with correlation between the lower number of KP motifs repeats ( 4 KP) and peptic ulcer disease and the largest number of repeats ( 7 KP) and gastritis. In silico analysis of HomD protein showed that this region exhibits a strong hidrophilicity and antigenicity and a high probability of being exposed to the bacterial surface. In support of these results, it was demonstrated that HomD protein is antigenic. In vitro experiments suggest that homC gene may be involved in H. pylori inflammatory response. Overall, the results of this study suggest that homC gene is involved in the interaction between H. pylori and the host, contributing to bacterial virulence. homD gene appears to be an important H. pylori antigen, and because of its high global conservation likely constitutes a new therapeutic or vaccine target. Description: Dissertação de mestrado em Microbiologia Clínica apresentada à Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2011

2011-10-25T00:00:00Z